当然张超在这个过程中将大批他夹带中的基层军官调入军中，进行了十分隐蔽的渗透，他的渗透很成功。一来镇压宁王之『乱』产生了大量功臣，张超顺理成章的调入京中任职；二来他带兵多年，手里面出来的人数不胜数。
当然张超带兵多年，谁都知道他手下的人才太多，所以盯得人也非常多，但是这些人很快就发现张超在高级将领的任命上十分公平，也很注意避嫌，他的亲信将领都尽可能安排在外，并没有入京，可以说真正做到了来自五湖四海。
所以文官集团对于这一加强中央军事力量的行为予以了支持，这个十分复杂的新军编组也获得了巨大的成功。
时代已经变了，还在以老眼光看人的大明高层并不明白新军制的内涵，也并不清楚教化和参军的意义，他们只是注意主将，而忽视了太多东西，这一疏忽影响将极其深远。
事实上这些人并不知道，随着大明内地在陕西宣大蓟镇辽东这些战略要地都驻有强大的『荡』倭营系统的军队，在南方有『荡』寇军，在海外有张家军团，可以说张超在军事上的布局已经基本完成，随时可以借用中央的名义对于地方进行干预。
所以在嘉靖二年正月，大明新年来第一次上朝，张超就上书朝廷开始对大明的军屯进行清查，这是所有人都知道的问题，只是害怕官军造反，谁也不敢随便动，这一次张超动手了，当然文臣们觉得张超在军中的巨大威望足以支持他进行这一次调查，也愿意支持他整顿一番。
根据张超的安排，明朝中枢由兵部和都察院联合派出调查组分赴各镇，这一次调查组的力量空前强大，派出的都是公认的能臣干员，并且都挂着御史衔。
张超在这些人离京之前，在军机房特别召见他们说的十分清楚，这一次清理军屯，至少要『逼』出七成的土地，就算是有人造反也不怕，他已经坐好了一切军事准备，随时大军会出兵镇压。
所以派出的每一个调查组都从新团营调出了一个百户负责安全，同时锦衣卫和情报司也受命全力支持各个调查组。见到这样的阵势，天下人都知道张超开始玩真格了，有的人开始担忧，有的人却在家中哈哈大笑。
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