原时空，星矢、紫龙、冰河、瞬分别击倒了四名暗黑凤凰，夺得人马座黄金圣衣的双腕及双腿四个部分，从他们的口中得知他们只是被一辉的力量所支配，而且暗黑军团还有最强的四人还未现身。大家知道与暗黑军团的一战在所难免，但是天马座及天龙座的圣衣已经损坏了，紫龙为了修补圣衣，于是带着两件圣衣返回中国。
由于银河擂台赛的突然终止，沙织的城户财团被传媒逼得透不过气来。为了找寻一辉的下落，星矢带着猎犬四出搜寻，而瞬因为怀念着童年时候的一辉，来到了昔日一辉练拳的一棵大树下。瞬发现了白鸟座的十字架标志，同时周围突然下起雪来，暗黑四天王的暗黑天鹅出现了。他向瞬施展了猛烈的攻击，但是被真正的白鸟冰河所阻止，而星矢也跟着猎犬来到了。冰河的冻气把暗黑天鹅击退了。暗黑四天王的暗黑天马、暗黑天龙、暗黑天鹅及暗黑仙女从死亡皇后岛来到了一辉的面前，一辉把黄金圣衣的四个部份交给了他们保管，自已则保管着头部，誓要消灭青铜圣斗士，夺回其馀的四个部份。
一辉的挑战书终於送到青铜圣斗士的手上，定下了决战的日期及地点，而星矢则担心着紫龙的安全。另一方面，紫龙回到庐山五老峰上，从老师童虎口中得知有一个叫穆先生的人，他深居於帕尔米高原上，是世上唯一拥有修补圣衣能力的人。紫龙通过了老师的考验后，带着两件圣衣起行。来到了圣衣坟场的紫龙，受到了亡灵的攻击，幸好紫龙得到老师的提点，安全地闯过了圣衣坟场。紫龙来到穆先生的公馆，遇上了顽皮的贵鬼，同时也见到了穆先生。因为圣衣已经死了，所以连穆先生也无能为力，不过着急的紫龙却愿意牺牲自己的生命，救活天马及天龙的圣衣。
决战的日期终于来到了，星矢、冰河、瞬依约来到杀生谷，但是紫龙还没有回来，不过贵鬼把修补好的天马圣衣带来给星矢。原来救活已死的圣衣是需要大量圣斗士的血液，紫龙为了友情，不惜流出身上过半的鲜血，昏倒在穆先生的面前。星矢为了报答紫龙的友情，决心打败一辉，取回黄金圣衣。星矢在途中遇上了暗黑天马，使出天马流星拳把他打败，不过自己也中了暗黑流星拳。另一方面，冰河再次遇上暗黑天鹅，暗黑天鹅明知不敌也不向冰河求饶，令冰河非常敬佩他，於是使出了最强的极光雷鸣攻击把他打败。星矢前进的途中，发现身上中拳的地方发黑，而且像是被火烧一般，抵受不了的星矢最后掉下山崖，昏了过去。
冰河先到达了狮子崖，与一辉决战，可是连极光雷鸣攻击也不能损一辉分毫，而且更被一辉的幻魔拳打中，陷入了恐怖之中。冰河的心脏也受到了重创而倒下了。瞬在途中发现了山崖下的星矢，欲把他救起来，不过由於要拉着星矢，所以被暗黑仙女的锁链攻击。星矢不忍见到瞬被连累，自己切断了锁链掉下深处。悲愤的瞬用星云锁链打败了暗黑仙女，接着要面对的是暗黑天龙。从鬼门关回来的紫龙与暗黑天龙接战，而瞬则爬下山崖救星矢上来。
紫龙为了修补圣衣，失血过多，所以面对暗黑天龙的攻击渐渐无法招架。不过，相信友情的紫龙冒着生命危险，在血液不足的情况下使出了升龙霸，打败了暗黑天龙，自己则静待死亡。最后，暗黑天龙被他的友情感动了，用最后的一口气点了紫龙的真穴点，救回紫龙。瞬把全身发黑的星矢拉了上来，紫龙打破了星矢天马座的十三个星命点，尝试把坏血放尽。救回星矢的紫龙和瞬也来到了狮子崖，瞬因为不想累及紫龙，因此把紫龙打晕，自己则跪下求一辉放过星矢等人。不过正当一辉要夺去瞬的性命时，星矢也赶到了。
冰河因为得到北十字架的保护，保全了性命﹔而紫龙也醒了过来。一辉以一敌四，但是没有丝毫的畏惧。冰河誓言要破解一辉的幻魔拳，他利用钻石星尘拳造出镜子的效果，果然把幻魔拳反射了回去，令中了自己一拳的一辉陷入了幻觉中。一辉不单只没有被幻魔拳打倒，还使出了绝技凤翼天翔，幸好星矢得到黄金圣衣的保护，避过了一击，而且更击破了一辉的圣衣。但是有不死鸟之称的凤凰圣衣能自行修补，而且实力变得更强，不过星矢得到紫龙、冰河、瞬的小宇宙帮助下，最终也把一辉打败了。
一辉被打败后，终於把这六年的遭遇说了出来。原来死亡皇后岛就有如人间地狱，一辉的师父基鲁提每天都毒打一辉，目的是要一辉对世界的一切充满憎恨。幸好负伤回家的一辉，时常得到心地善良、长得像瞬一样的少女艾斯美拉达为他疗伤。有一天，因为一辉的一时犹豫，令基鲁提杀死了自己的女儿艾斯美拉达，愤怒中的一辉终於化身成凤凰，杀掉了自己的师父。之后的事情就更加不用说了，他成了死亡皇后道的主人，统领手下这些暗黑圣斗士。
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