鹿丸点着了打火机，阿斯玛的身影似乎出现在他身边，拍了拍他的肩膀，对他说：“干得漂亮。”鹿丸深吸一口气，将打火机投向了杀害阿斯玛的敌人。
“永别了，老师”看着面前的剧烈爆炸，鹿丸连眼睛都没有眨一下。
飞段被炸得四分五裂，落入深坑之中。拥有不死之身的他用仅剩的头部叫喊着：“你会受到邪神大人的制裁！”
鹿丸则冷漠的说：“你现在的神并不是无能的邪神大人，而是此刻的我！”我会制裁你！说完他将洞口炸毁，飞段被掩埋在了深坑之中，永远不见日。
解决掉飞段后，鹿丸遇到了前来支援的小樱和佐井。小樱想要为他治疗，但鹿丸一刻不停的要赶回队友身边，第十班还在战斗，他不希望再有同伴死伤。好在等他赶到时，战斗已经结束了，角都以一敌五，被前来支援的鸣人用风遁·螺旋手里剑击败。
二战飞段、角都，鹿丸的智商再次刷新了我们的认知，这是足以越级碾压晓组织强敌的智商，只要情报充足、准备充分，他就能将强敌玩弄于股掌。但除了智商，更让我们印象深刻的是阿斯玛死后，鹿丸的性情变化。
鹿丸一直以来都是个温和无害的人，似乎没什么事可以让他生气、愤怒，但这次，无论是与纲手在木叶村门外对峙时的坚决，还是最后他看向飞段那没有任何生机的眼神，都让我们感受到了他心中的怒。阿斯玛是他的恩师，是他的榜样，是用生命保护他的人，是将最重要的“玉”托付给他的人，此仇必报，神魔难挡。
回到村子后，鹿丸让丁次和井野先走一步。现在的他，终于可以祭拜阿斯玛，终于可以面对红老师了。鹿丸对红说：“等阿斯玛老师的孩子出生，也让我当她的老师守护她吧！”完成复仇的鹿丸又变回那个温和的少年，不同的是，他成长为了和阿斯玛一样可以守护未来的男子汉，他也真的做到了。根组织由三代火影的好友志村团藏所建立，名义上是木叶暗部的培训部。起初各家族会把天赋优秀的孩子送入根培养，但团藏却趁机收编学员，把根变成了他的私人武装。团藏还常常收留一些天赋出众的孤儿，用抹杀情感的训练和规则，把他们变成唯命是从的工具，佐井便是其中之一。
幸运的是，组织中有一个孩子和他情同手足，名叫“信”，作为木叶最残酷机构中地位最卑微的战争孤儿，佐井和信以兄弟相称，彼此视为唯一的亲人。然而，他们二人的宿命是自相残杀。这就是根用来抹杀情感的特训，让最亲密的兄弟以命相博，能够亲手杀掉同伴的那个人，就是团藏需要的“工具”。
佐井喜欢画画，信便送了他一本画册，于是佐井开始绘制他与哥哥的故事，他答应可信，当画册完成时一定要给他看。这本画册，佐井是从首页和尾页往中间画的，他和信分别位于两端，不断战胜敌人，向着中间汇合，当他画到最后两页时，根组织的最终试炼到来了。
团藏对他们说：“三天后，如果你们两人都还活着，那么你们都会死。”
不过在这对兄弟上，团藏没能如愿。信早已身患绝症，为了死在与佐井的决斗中才支撑了下来，他要用自己的死成全弟弟。临死前，信对佐井说：“你要扼杀自己的心，只有这样才能活下去。”
那本未完成的画册停留在了最后两页，佐井想不起来原本要画的是什么了，是自己和哥哥的战斗么？这样残酷的内心封闭也罢。所谓“根”没有名字，没有感情，没有过去，没有未来，只有任务。于是佐井成为了没有感情的杀手，属于他的暗杀名簿积累了厚厚一本，里面不乏上忍级别的目标。
后来大蛇丸入侵木叶村，为了对付秽土转生，三代火影舍命使用了尸鬼封尽。这提醒了团藏，根组织也应该具备可靠的封印手段，于是他试图通过佐井的超兽伪画开发封印术。但他们没有成功，超兽伪画的封印需要倾注情感去绘制，而佐井早已封闭了内心，他的体内只剩在暗杀中积攒负面情感，一旦释放就会走火入魔，团藏只好作罢。
再后来，宇智波佐助被大蛇丸拐跑，鸣人等人通过晓组织的蝎掌握了大蛇丸的线索，准备前往天地桥。但因为失去了佐助，卡卡西又负伤住院，第七班人员不足，无法继续任务。于是团藏安排年龄相仿的佐井填补第七班的空缺，“佐井”也正是为这次任务才临时取的名字，除非任务需要，根组织的孤儿派只有代号。但团藏当然不会白送一个部下，他另有图谋。
出于对新同伴的好奇，佐井提前试探了一下鸣人的实力。感受到对方毫无威胁的攻击，他笑眯眯的说出了第一句台词：“你也算是带把的吗？”佐井虽然实力不错，但他的社交经验为零，刚刚脱下面具的他还不知道怎么说人话。
如果只是鸣人倒也罢了，但第七班还有一个脾气火爆，怪力惊人的小樱。最让佐井印象深刻的一次，是当他表示：“想要成为第七班的一员”时，鸣人说：“你只是在佐助不在时被选来填空的，我绝不认可你是我们的一员！”虽然鸣人这是不想承认失去佐助的真情流露，但这话还是挺伤人的。
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