孙传庭率领秦军返回陕西之后，立刻展开了对李自成农民军的围剿。秦军刚刚在京畿之战中击败清军，士气正盛，战斗力强悍。李自成的农民军虽然在陕西恢复了一些实力，但与秦军相比，还是稍逊一筹。
在孙传庭的指挥下，秦军先后攻克了李自成农民军占据的多个州县，斩杀了大量的农民军士兵。李自成被迫率领残部，向陕西南部的商洛山区撤退。
“陛下，孙传庭将军传来捷报，秦军已经攻克了李自成农民军占据的西安、宝鸡等地，李自成率领残部逃往商洛山区。”王承恩将孙传庭的捷报，呈给了李明。
“好！孙传庭果然没有让朕失望！”李明大喜过望，“传朕旨意，嘉奖孙传庭和秦军将士，赏白银二十万两，绸缎两万匹。同时，命孙传庭率领秦军，继续追击李自成的残部，务必将其彻底消灭，永绝后患！”
“老奴遵旨。”王承恩躬身退下。
然而，就在孙传庭准备率领秦军追击李自成残部的时候，陕西地区突然爆发了大规模的瘟疫。瘟疫迅速蔓延，秦军中有很多将士都感染了瘟疫，战斗力受到了严重的影响。
“陛下，陕西爆发瘟疫，秦军将士大量感染，孙传庭将军请求陛下派遣太医前往陕西，救治将士，同时调拨药材，控制瘟疫的蔓延。”兵部尚书再次跪倒在地，神色慌张地奏报。
李明的心一下子沉了下去。瘟疫是古代战争中最可怕的敌人之一，一旦控制不好，不仅会影响军队的战斗力，还会蔓延到民间，造成更大的灾难。
“传朕旨意，命太医院院长率领一批医术高明的太医，立刻前往陕西，救治秦军将士。同时，命户部调拨大量的药材，运往陕西，控制瘟疫的蔓延。另外，命陕西地方官员，组织百姓，做好防疫工作，防止瘟疫扩散。”李明沉声道。
“臣遵旨！”兵部尚书躬身退下。
太医和药材很快就被运往了陕西。在太医的救治和地方官员的努力下，瘟疫的蔓延终于得到了控制。秦军将士的病情也逐渐好转，战斗力开始恢复。
孙传庭见将士们的病情好转，立刻率领秦军，再次向商洛山区进发，追击李自成的残部。
商洛山区地形复杂，易守难攻。李自成的残部凭借着有利的地形，与秦军展开了周旋。秦军虽然战斗力强悍，但在山区作战中，却受到了很大的限制，进展缓慢。
“陛下，孙传庭将军传来消息，商洛山区地形复杂，李自成的残部凭借有利地形负隅顽抗，秦军进展缓慢，请求陛下指示。”王承恩再次将孙传庭的奏报，呈给了李明。
李明皱了皱眉。他知道，商洛山区确实地形复杂，不利于大规模军队作战。如果秦军一味地追击，只会陷入消耗战，损失惨重。
“传朕旨意，命孙传庭暂停追击，率领秦军驻守商洛山区外围，封锁所有进出商洛山区的通道，切断李自成残部的粮草供应。同时，命陕西地方官员，加强对商洛山区周边百姓的管理，防止百姓向李自成的残部提供粮食和物资。”李明沉声道。
他决定采用围而不攻的策略，将李自成的残部困在商洛山区，等到他们粮草断绝，弹尽粮绝的时候，再一举将其消灭。
孙传庭接到旨意后，立刻按照陛下的指示，率领秦军驻守商洛山区外围，封锁了所有进出商洛山区的通道。同时，陕西地方官员也加强了对周边百姓的管理，严禁百姓向李自成的残部提供粮食和物资。
时间一天天过去，李自成的残部在商洛山区内，粮草逐渐断绝，士兵们开始出现了饥饿和恐慌的情绪。很多士兵都纷纷逃离了农民军，向秦军投降。
李自成见大势已去，知道再坚持下去也没有意义。于是，他率领少数亲信，试图突围，但被秦军发现。秦军立刻展开了追击，最终，李自成在突围过程中，被秦军斩杀。
“陛下，大喜！孙传庭将军传来捷报，李自成已经被斩杀，其残部也已经被彻底消灭！”王承恩兴奋地跑到李明面前，大声喊道。
“太好了！”李明猛地站起来，激动得浑身发抖。李自成的农民军，这个困扰大明多年的心腹大患，终于被彻底消灭了！这对于大明来说，是一个天大的好消息。
“传朕旨意，加封孙传庭为太傅，世袭罔替，赏白银五十万两，绸缎五万匹。同时，嘉奖秦军全体将士，每人赏白银十两，阵亡将士的家属，由朝廷负责赡养。另外，昭告天下，庆祝剿灭李自成匪患，让天下百姓都知道，大明已经消除了一个心腹大患！”李明沉声道。
旨意一下，朝野上下一片欢腾。百姓们也纷纷走上街头，庆祝这一胜利。大明的局势，终于开始朝着好的方向发展了。
剿灭李自成的农民军之后，李明终于可以将全部的精力，放在对付关外的清军和发展国内经济上了。他下旨，减免陕西、河南等地的赋税，让百姓们能够休养生息，恢复生产。同时，他还鼓励商人发展商业，加强与外国的贸易往来，增加朝廷的财政收入。
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