虽然，在他们的共同努力下，有相当一部分经过特定瘟疫病毒改造的灵兽灵宠，和其他一系列敌人被消灭。
但是，令他们万万没想到的是，被消灭的灵兽灵宠残骸突然爆发出刺目的紫光，无数细小的孢子如同活物般钻入土壤。地面开始剧烈震颤，原本荒芜的焦土竟以肉眼可见的速度长出墨色藤蔓，藤蔓顶端绽开的花苞里，爬出体型更为庞大、外壳泛着金属光泽的变异体。衔尾蛇母舰上传来刺耳的电子合成音：“愚蠢的蝼蚁，许德拉三型的真正力量，是让死亡成为新的开始！”
瓦尔特瞳孔骤缩：“这些孢子能将无机物同化成瘟疫载体！快阻止它们蔓延！”他立即调动虚数力场，试图冻结地面生长的异植，却发现藤蔓在接触力场的瞬间竟扭曲重组，反而顺着能量波动反向侵袭。密涅瓦的黄金战宠发射的粒子炮轰在变异体外壳上，只溅起一串火星，对方却甩出带毒的尾刺，将一只战宠当场贯穿。
“这样下去不是办法！”开拓者突然注意到许德拉本体的腹部在有规律地脉动，那里镶嵌着一枚血色核心，“攻击它的腹部！那是控制孢子的关键！”她挥出棒球棍，棍端凝聚的天火之力将迎面扑来的变异兽烧成灰烬，却在靠近母舰时被突然弹出的能量屏障震退。
三月七急得跺脚：“这屏障的能量波动和我们的命途力量对冲！”话音未落，凯德拉和利默娅突然牵起手，周身亮起同谐命途的金色纹路。“我们试试力量共鸣！”两人齐声喊道，在场众人的武器同时泛起微光，不同命途的力量在他们引导下竟形成互补循环。开拓者抓住机会，将银河棒球棍高举过头：“所有人，把力量借给我！”
刹那间，一道汇聚着巡猎的锋芒、毁灭的狂怒、存护的坚韧等多重法则的光柱冲天而起。许德拉本体发出垂死的尖啸，血色核心轰然炸裂。然而在爆炸的余波中，母舰深处传来更加阴森的笑声，一个比许德拉更为庞大的身影，正披着漆黑的能量茧缓缓浮现……
然而，就在如此“危急”之时刻，只见开拓者他们的灵兽灵宠伙伴仿佛像是感受到了自然的力量，进而开始进阶进化升级。
灵兽灵宠们周身腾起氤氲彩雾，三月七的谛听毛发泛起冰晶般的银芒，口中吐出的不再是普通声波，而是裹挟着时空裂隙的凛冽音刃；朱明仙舟的小梦貘背上浮现古老星图，踏碎虚空的每一步都能将周围的瘴气凝成蕴含治愈之力的星辉。更令人震撼的是，开拓者腰间的灵辉阶灵石迸发万道霞光，从中苏醒的上古神兽虚影仰天长啸，整片天空的云层都被震成祥瑞的金色。
“这是……自然本源的回应！”卡罗恩亚希彼斯老师的声音里满是激动，他手中的教鞭突然绽放出生命树的纹样，“万物共生的法则被激活了！”随着灵兽们的进阶，战场的土地开始复苏，原本被毒化的植被重新抽出翠绿新芽，新芽触碰之处，变异兽的外壳竟开始片片剥落。
流萤的萨姆机甲与进阶后的灵兽产生共鸣，肩部炮台展开成十二道光能阵列，发射出的不再是单纯的等离子光束，而是融合了灵兽元素特性的复合型能量弹。饮月君丹枫的青龙长枪吞吐龙息，所过之处，空间被刻下镇压邪恶的古老符文。瓦尔特敏锐捕捉到能量波动的变化，立即发动量子跃迁，带领众人突袭敌人能量屏障最薄弱的节点。
许德拉三型发出不甘的嘶吼，试图召唤更多孢子进行反击，却发现那些曾为它所用的紫色瘴气，此刻竟在灵兽们进阶产生的净化之力下，转化成束缚它行动的锁链。开拓者趁机将凝聚着所有伙伴力量的棒球棍狠狠挥出，棍身燃烧的天火与灵兽们释放的自然本源之力交织，形成一道贯穿天地的净化光柱。
在这之中，开拓者一行人灵兽灵宠进阶升级，即让他们十分惊喜，同时也对接下来的团结协作更有信心。
与此同时，小谛听、机巧鸟、小梦貘见它们的朋友伙伴大幅成长，在这一刻也是十分激动。
很快，在他们彼此之间的共同努力下，他们和其他民众百姓以及朋友伙伴，消除了眼前的最大“危胁”。
紧接着，在寻找研制精确解药，向感染不严重的灵兽灵宠的播撒治愈的阶段时。
一开始，只见官方宇宙量子超纳米能量波在云外星河宇宙跃迁跨跃，同时在算力允许的情况下进行数据获取与分析工作。
与此同时，就在进一步对获取到的数据和原先通过获取到的样本进行分析研究，最后整合数据之时，只见阿提卡阿卡德谟斯学院与墨提斯雅典娜大学的学生，同样农牧业领域专业研究人员和医护工作者奥罗娜菲斯，还有她老师，也是阿提卡阿卡德谟斯学院与墨提斯雅典娜大学的教授以及牧耕部落德墨忒利尔农牧业领域专业院士的卡罗恩亚希彼斯，在这一刻，相关的通讯装置，很快便传来了老酋长诺顿约德尔、大祭司阿弥雅苏克鲁斯，以及研究院和阿提卡阿卡德谟斯学院与墨提斯雅典娜大学研究人员所发来的重要讯息。
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