三焦能够通行元气，元气为脏腑气化活动的动力，因此，三焦通行元气的功能，关系到整个人体的气化作用。
故曰：“三焦者，人之三元气也，……总领五脏六腑营卫经络，内外上下左右之气也。三焦通，则内外上下皆通也。其于周身灌体，和调内外，营左养右，导上宣下，莫大于此者也”。
二、疏通水道：“三焦者，决渎之官，水道出焉”。三焦能“通调水道”，调控体内整个水液代谢过程，在水液代谢过程中起着重要作用。
人体水液代谢是由多个脏腑参与，共同完成的一个复杂生理过程。其中，上焦之肺，为水之上源，以宣发肃降而通调水道。
中焦之脾胃，运化并输布津液于肺；下焦之肾、膀胱，蒸腾气化，使水液上归于脾肺，再参与体内代谢，下形成尿液排出体外。
三焦为水液的生成敷布、升降出入的道路。三焦气治，则脉络通而水道利。三焦在水液代谢过程中的协调平衡作用，称之为“三焦气化”。
三焦通行水液的功能，实际上是对肺、脾、肾等脏腑参与水液代谢功能的总括。
三、运行水谷：“三焦者，水谷之道”。三焦具有运行水谷，协助输布精微，排泄废物的作用。
其中，“上焦开发，宣五谷味，熏肤，充肌，泽毛”，有输布精微之功。
中焦“泌糟粕，蒸津液，化其精微，上注于肺脉”，有消化吸收和转输之用；下焦则“成糟粕而俱下人大肠，循下焦而渗入膀胱”，有排泄粪便和尿液的作用。
三焦运化水谷协助消化吸收的功能，是对脾胃、肝肾、心肺、大小肠等脏腑完成水谷消化吸收与排泄的功能的概括。
三焦的生理特性:
一、上焦如雾：上焦如雾是指上焦主宣发卫气，敷布精微的作用。
上焦接受来自中焦脾胃的水谷精微，通过心肺的宣发敷布，布散于全身，发挥其营养滋润作用，若雾露之溉，故称“上焦如雾”，因上焦接纳精微而布散，故又称“上焦主纳”。
二、中焦如沤：中焦如沤是指脾胃运化水谷，化生气血的作用。
胃受纳腐熟水谷，由脾之运化而形成水谷精微，以此化生气血，并通过脾的升清转输作用，将水谷精微上输于心肺以濡养周身。
因为脾胃有腐熟水谷、运化精微的生理功能，故喻之为“中焦如沤”，又因中焦运化水谷精微，故称“中焦主化”。
三、下焦如渎：下焦如渎是指肾、膀胱、大小肠等脏腑主分别清浊，排泄废物的作用。
下焦将饮食物的残渣糟粕传送到大肠，变成粪便，从肛门排出体外，并将体内剩余的水液，通过肾和膀胱的气化作用变成尿液，从尿道排出体外。
这种生理过程具有向下疏通，向外排泄之势，故称“下焦如渎”。因下焦疏通二便，排泄废物，故又称“下焦主出”。
综上所述，三焦关系到饮食水谷受纳、消化吸收与输布排泄的全部气化过程，所以三焦是通行元气，运行水谷的通道，是人体脏腑生理功能的综合，为“五脏六腑之总司”。
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