治国理政，稳固政权
姚苌称帝后，面临着诸多挑战 。关陇地区历经战乱，民生凋敝，经济亟待恢复；周边还有前秦的残余势力以及其他少数民族政权虎视眈眈 。为了稳固后秦政权，姚苌采取了一系列措施 。
在政治上，他重用汉族士人，吸收他们参与政权管理 。他设立太学，选拔优秀人才，培养了一批忠诚于后秦的官员 。他还礼遇先贤后代，以此来争取汉族地主阶级的支持 。姚苌与群臣聚宴时，曾半开玩笑地问：“你们全都与朕北面称臣于秦朝，今天突然成为君臣关系，不感到耻辱吗？”大臣赵迁机智地回答：“上天不耻于以陛下作为儿子，我们为什么耻于作为臣下呢！”姚苌听后开怀大笑，君臣之间的关系也因此更加融洽 。
在经济上，姚苌推行休养生息政策，鼓励百姓开垦荒地，发展农业生产 。他减轻百姓的赋税负担，让百姓能够安居乐业 。他还下令各镇都要设置学官，由他们评核人才优劣再随其才能擢用，重视教育的发展 。在安定，姚苌修治德政，大行教化，省却不必要的支出，表彰平民户中有善行的人 。
在军事上，姚苌亲自统领军队，与前秦的残余势力苻登展开了连年的战争 。他深知苻登是个劲敌，因此采取了灵活多变的战术 。有一次，苻登进逼安定，诸将劝姚苌与其决战，姚苌却说：“与穷寇竞胜，兵家之下。吾将以计取之。”于是他留尚书令姚旻守安定，自率3万轻骑乘夜再袭前秦辎重地，攻克大界，杀毛皇后及苻登之子南安王苻弁、北海王苻尚，擒名将数十人，驱掠男女5万余人而还 。
屡战苻登，身心俱疲
姚苌与苻登的战争持续了数年，双方互有胜负 。苻登是前秦的宗室，他一心想要为苻坚报仇，恢复前秦的统治，因此对姚苌恨之入骨 。每次作战，苻登都身先士卒，鼓舞着前秦军队的士气 。
在一次战斗中，苻登升楼，遥对姚苌说：“为臣弑君，而立像求福，庸有益乎？”原来，姚苌在屡败于苻登后，认为是苻坚亡魂的助力，于是在军中树立苻坚神像祈求道：“新平之祸，不是臣姚苌的错啊，臣的兄长姚襄从陕州北渡，顺着道路要往西边去，像狐狸死时把头朝向原本洞穴一样，只是想要见一见乡里啊。陛下与苻眉拦阻于路上攻击他，害他不能成功就死了，姚襄遗命臣一定要报仇。苻登是陛下的远亲亦想复仇，臣为自己的兄长报仇，又怎么说是辜负了义理呢？当年陛下封我为龙骧将军，跟我说：‘朕从龙骧将军当上了皇帝，卿也好好努力罢！’这明明白白的诏谕非常显然，好像还在耳边一样。陛下已经过世成为神明了，怎么会透过苻登而谋害臣，忘却当年说的话呢！现在为陛下立神像，请陛下的灵魂进入这里，听臣至诚的祷告。” 然而，战况并未因此改善，姚苌反而时有夜惊，最终他毁掉了苻坚像 。
建初五年（公元390年）三月，后秦主姚苌发兵攻克前秦之新罗堡，前秦扶风太守齐益男逃走 。同年四月，前秦镇东将军魏揭飞自称大将军、冲天王，率氐、胡数万人马进攻后秦安北将军姚当成于杏城 。镇军将军雷恶地也反叛后秦响应，进攻后秦镇东将军姚汉得于李润镇 。姚苌决定亲自攻打魏揭飞，诸将都很疑惑，认为他不担心近在咫尺的苻登，却去担忧远在六百里外的魏揭飞 。姚苌解释道：“登非可卒殄，吾城亦非登所能卒图。恶地多智，非常人也。南引褐飞，东结董成，甘言美说以成奸谋，若得杏城、李润，恶地据之，控制远近，相为羽翼，长安东北非复吾有。” 于是，姚苌亲率1600精兵讨之 。魏揭飞率氐、胡数万人来攻，姚苌每见一军至，不忧反喜，他对群臣说：“今同恶相济，皆来会集，吾得乘胜席卷，一举而覆其巢穴，东北无复余也。” 姚苌采取先固垒不战、示之以弱的战法，诱其来攻 。揭飞果然中计，仗恃人多，率全部人马围攻后秦军 。姚苌秘遣其子姚崇领数百轻骑偷袭其后，攻其无备 。在魏揭飞军大乱之时，又命镇远将军王超正面纵兵攻之，大获全胜，阵斩魏揭飞及将士万余人 。雷恶地战败，请降，姚苌待之如初，加以安抚，使雷恶地心悦诚服 。
晚年病重，含恨离世
建初八年（公元393年），姚苌已经64岁，长期的征战和操劳让他的身体每况愈下 。这一年，苻登闻姚苌染疾，即率兵进逼安定 。八月，姚苌带病出拒，另遣将军姚熙隆率部袭苻登行营，苻登被迫退兵 。姚苌趁夜率兵悄悄地跟在苻登军的后面 。早晨前秦军候骑报告说：“贼诸营已空，不知所向。”苻登大惊道：“彼为何人，去令我不知，来令我不觉，谓其将死，忽然复来，朕与此羌同世，何其厄哉。” 苻登遂还雍城，姚苌亦还安定 。
同年十月，姚苌病重，回到长安后病情愈发严重 。据说他死前曾梦见苻坚率天官、鬼兵去袭击他，期间他被救援自己的士兵误伤阴部至大量出血 。醒后就发现阴部肿胀，医者刺肿处则如梦中一样大量出血 。如此吓得姚苌发狂胡言，又求苻坚原谅 。不久，姚苌伤重身亡，临终前跪伏床头，叩首不已 。
姚苌死后，他的儿子姚兴即位 。姚兴继承了姚苌的遗志，继续巩固和发展后秦政权，使后秦在一段时间内成为北方的强国 。而姚苌作为后秦的开国皇帝，他的一生充满了传奇与争议 。他从一个前秦的将领，到叛秦自立，建立后秦，历经无数艰难险阻 。他的智谋和勇气令人钦佩，他的政治手腕和军事才能也在那个乱世中留下了深刻的印记 。他的谥号“武昭”，正是对他一生功绩的一种肯定 。虽然他与苻坚之间的恩怨情仇饱受争议，但不可否认的是，他在十六国的历史舞台上，书写了属于自己的篇章 。
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