时间悄然流逝。
在2161～2190年期间。
露娜救起有着相同的被遗弃遭遇的罗兰，给了罗兰暗淡无光的人生中第一束光，在罗兰的坚持下他成为升格者的一员，从此宣誓追随露娜一生。
居住于015号城市的，环大西洋经济共同体的商业领袖科波菲尔先生与他的女儿艾玛获得在空中花园生活的机会，在登机之前，他给管家里昂下达了保护庄园的最后一条命令。
“Ω档案”完成，拉斯特丽丝复现帕弥什病毒出现失败，但观测到病毒被吸收，她将这套吸收病毒的技术命名为“Ω档案”。留下影像后前往塔顶，亚特兰蒂斯的最后一人死亡。
自此，曲带着华胥转移到九龙城地下守护着那座千万人意识生活的城市—联合共同体九龙。而维里耶则带着华胥的备份，统治着另一大演算系统-九龙夜航船。
丽芙应召参军，作为生命之星救援队成员时执意救援被放弃区域，保存了大量有生战力，但她自己却濒死接受改造成为构造体，后来她获得一级荣誉勋章，升中尉。
同年，莫里安为了救患有心脏病的弟弟莫瑞接受黑野改造，莫瑞和莫里安（后称里）由此获得空中花园的生活资格，里加入黑野编外部队。
万事登上空花后因为重病一直不醒，万绪利用远程链接舱将万事的意识投入拟意识海却险些使万事脆弱的意识被吞噬，随后她在自己与万事的脑中同时植入芯片，一同进入拟意识海，却依旧没有成效。在反复考虑后，为了治愈万事，万绪前往地表某研究机构，参与利用十岁以下的构造体孩子做实验体的构造体意识海研究项目。
在项目中，万绪在接入构造体意识海时发现万事的意识同样可以存在于此，于是利用构造体孩子的意识海维护万事的意识，教导其与地球等相关的知识，并将自己关于该研究机构的记忆封存在万事的意识中。最终在不断的刺激下，远在空中花园的万事带着万绪与众实验体的记忆醒来，只记得自己与母亲在意识海中的相处，能梦到实验体的恐怖经历。
苏醒后的万事由万绪托付的同事梅尔薇照顾，在生命之星儿科做康复训练。一次偶然的机会中，万事见到了构造体维护科在大型作战后抢救构造体伤员的场面，并戳破了实习医生对失去母亲的佩洛的谎言。在这次经历后一周，万事被送往青少年培育中心，与佩洛成为室友。
2163～2165年，常羽辗转至奥赛兰姆号；科亚牺牲，卡穆初现。
薇拉、库洛姆、万事…相继成为构造体。
罗塞塔成为守林人，阿尔法出现。
2166年，露铭为了测试自己的能力，炸毁了1/8的空中花园，5月后开始组织修复。
2167年，赛琳娜出生。
2169年，艾拉出生。
2170年，诺安出生。
2171年，希卡出生。
2185年，空中花园修复完毕。
2186年，首席因为任务原因错过了赛琳娜盛情邀请的阿卡狄亚大撤退话剧首演。
2187年，4月，20岁的赛琳娜在多年创作经历的影响下，为了触碰更真实的世界而选择成为构造体，隶属于空中花园艺术协会考古小队，因为国际空间站搜寻作业之故。
她失约于与首席约定的舞会，她所在的艺术协会特别小队偶然发现隐藏在空间站内的帕弥什异聚核心，为了保护来之不易的异聚核心碎片样本，小队全体牺牲，赛琳娜与空中花园失联，忍受着巨大痛苦的她独自一人守护着核心碎片并不断向外发送《暴风雨》特征讯息，以求有朝一日挚友艾拉能够发现。
同年，艾拉也怀着同样的目标接受改造成为构造体，加入空中花园艺术协会考古第3小队，她从未放弃过寻找赛琳娜。
同年，灰鸦指挥官以法奥斯军事指挥学校首席指挥官的身份毕业，加入执行部队。
在进行小队自由组建时于安排下选择重启后的露西亚作为队长，后来在尼科拉和黑野的授意、以及露西亚的同意下，里和丽芙加入灰鸦小队，新灰鸦小队由此成立。
同时间，提法所在的朱雀小队成立。
同年冬天，17岁的诺安初次见到贝拉·贝特，进行工作交接。工作期间出现事故，一人死亡，诺安与工蜂部队队员交谈。
之后，上层守卫发现“幸运盒子”有问题要检查（其内是蕾切尔为下层反抗而准备的武器），事故死亡者的妻子操作机械砸死三名上层守卫，众人决定上报其死因为事故，贝拉决定为此作证。最后诺安知道贝拉的名字，但贝拉不知诺安的名字。
2190年，干预无尽轮回实验，提法成为苦刑之女；…………
…………………
画面一转。
时间：2190年。
地点：空中花园—司令部—尼科拉办公室。
露铭一脸不可置信地看着尼科拉说道。
“合着我才上来几天，你就得让我下去执行任务了？这也太突然了吧！”
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