经过一番精心准备，曹操终于决定对黄巾残部发起进攻。首战，他挑选了一支精锐部队，皆由身经百战的老兵组成，趁着夜色，悄悄地摸到黄巾残部的一处营地。此时，那营地中的黄巾士卒大多已进入梦乡，只有几个守夜的士卒无精打采地打着哈欠，丝毫没有察觉到危险的降临。
曹操一声令下，精锐部队如鬼魅般迅速出击，瞬间解决了守夜士卒，而后冲入营地，一时间喊杀声震天。黄巾残部顿时大乱，许多士卒从睡梦中惊醒，慌乱中四处逃窜，甚至连武器都来不及拿。曹操则率领大军乘胜追击，却并未大开杀戒，而是边追边喊：“朝廷招安，放下武器者免死！”那些逃窜的黄巾士卒听闻，不少人纷纷扔掉武器，跪地投降。此役，曹操斩杀俘获众多敌军，缴获了不少物资，首战告捷，极大地鼓舞了士气，也让更多的黄巾士卒看到了朝廷的诚意和曹操军队的厉害。
此后，曹操又接连与黄巾残部交战数次，每次作战，他都会根据不同的情况灵活调整战术。有时采用佯攻一处，实则突袭另一处的计策，打得黄巾残部晕头转向；有时又利用地形优势，设下埋伏，将追击的黄巾士卒一网打尽。而颍川士族源源不断送来的物资支持，也让曹操的军队无后顾之忧，得以持续作战。
在曹操这一系列的打击下，那些黄巾残部眼见大势已去，内部人心惶惶，纷纷开始商讨投降之事。一些头目带着手下士卒，主动来到曹操营中，请求投降。曹操看着眼前这些衣衫褴褛、面露疲惫与惶恐之色的黄巾士卒，心中不禁泛起一丝怜悯，同时也看到了他们身上潜在的力量，若能将他们收编，加以训练，日后必能成为一支可用之军。
于是，曹操召集众将商议此事，有的将领担忧道：“将军，这些黄巾士卒本就是乱民出身，野性难驯，若是收编，恐日后生变啊。”曹操却摆了摆手，目光深邃地说道：“诸位莫忧，这些人大多是穷苦百姓，不过是被黄巾裹挟，为求一口吃食罢了。如今若能给他们一条生路，加以严格训练，让他们为朝廷效力，他们定会感恩戴德，忠心不二。况且我等收编他们，既可解决他们的安置问题，避免再生事端，又能扩充我军兵力，此乃一举多得之事啊。”
众将听了，觉得曹操所言有理，便不再反对。曹操遂向朝廷上表，奏明此事，详细阐述了收编这些投降黄巾士卒的好处，请求将他们编为青州军，开垦军屯，一来可以解决这些人的生计问题，让他们通过开垦荒地，自给自足，为朝廷增加粮食产量，二来也能让他们在劳作之余接受军事训练，增强当地的军事防御力量，可谓是利国利民。
刘辩接到曹操的上表后，极为重视，立刻召集朝中大臣商议。大臣们各抒己见，有的觉得此举风险太大，担心这些收编的士卒难以管束；有的则认为这是个好办法，值得一试。经过一番激烈讨论，刘辩权衡利弊后，觉得此计甚妙，便准了曹操的奏请。
自此，青州军正式成立，曹操亲自负责训练这支新生的军队。他深知这些士卒大多毫无军纪可言，便从最基础的军纪开始抓起，制定了严格的军规，赏罚分明。
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