在罗马居民的鼓励下，阿德尔巴尔坚持抵抗，希望罗马能派军援。
然而，罗马军队正忙于金布里战争（Cimbrian War），元老院只是派出了两批使者与朱古达进行交涉，而朱古达则拖延时间，直到他攻陷了希尔塔。
他的军队随后对许多居民，包括罗马人进行了大屠杀。
这使朱古达与罗马发生了直接冲突，罗马派出卢修斯·卡尔普尼乌斯·贝斯蒂亚（Lucius Calpurnius Bestia）执政官带领的军队。
尽管罗马军队在努米底亚取得了一定的进展，但他们的重步兵对包括大量轻骑兵的朱古达军队未能造成显着伤亡。
希尔塔被攻陷后，贝斯蒂亚接受了朱古达提出的谈判，签署了一项极为有利的和平条约，再次引发了贿赂的怀疑。
当地罗马指挥官被召回罗马，面对由他的政治对手、当选的民众代表盖乌斯·梅弥乌斯（Gaius Memmius）提出的腐败指控。
梅弥乌斯还促使部落大会投票，允许朱古达来罗马作证，控告那些被怀疑受贿的官员。
然而，当朱古达到达罗马后，另一位民众代表利用否决权阻止证据的提交。
朱古达还利用在罗马的时间对他的一个表亲马西瓦（Massiva）施加了压力，后者是他在努米底亚王位的潜在竞争对手，从而严重损害了自己的声誉并削弱了自己的地位。
罗马公民和精英的舆论开始转向反对他，朱古达再次与罗马共和国开战。
努米底亚与罗马共和国之间再次爆发战争，几支军团在执政官昆图斯·凯基利乌斯·梅泰卢斯·努米迪库斯（Quintus Caecilius Metellus Numidicus）的指挥下被派往北非。
这场战争拖延成了一场漫长而似乎没有尽头的战役，因为罗马试图对朱古达造成决定性的打击。
在这场重新爆发的战争中，一系列无能的罗马将领接连上阵。
公元前110年，朱古达迫使由奥卢斯·波斯图米乌斯·阿尔比努斯（Aulus Postumius Albinus）指挥的整个军队投降，并将罗马军队彻底驱逐出努米底亚。
梅泰卢斯在公元前109年赢得了几场与朱古达的战斗，但未能迫使朱古达投降。
梅泰卢斯因战争停滞而感到沮丧，同时可能面临来自罗马的政治压力，他的副手盖乌斯·马略于公元前107年回到罗马寻求竞选执政官。
马略成功当选后，返回努米底亚，接管了朱古达通过成功的游击战延续的战争。
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朱古达通过婚姻与他的西邻毛利塔尼亚（Mauretania）结盟，毛利塔尼亚的博库斯一世（Bocchus I）既是他的盟友也是他的岳父，这是一种古老的外交手段。
在主要战争的开端（公元前112年至105年），博库斯在此事上保持中立，最终于公元前107年加入朱古达的阵营与马略作战。
然而，这种支持并不持久，因为在公元前105年，马略派他的财务官卢修斯·科尔内利乌斯·苏拉·菲利克斯（Lucius Cornelius Sulla Felix）前往毛利塔尼亚，以削弱朱古达。
博库斯同意背叛朱古达，并将他交给苏拉，以换取将他的领土扩展到努米底亚西部的穆卢恰河（Mulucha River）。这场战争因此结束。
朱古达被铐住后带到罗马，作为盖乌斯·马略的凯旋游行被游街示众，随后他的王袍被剥去，耳环也被扯下，过程中耳垂被割掉。
他随后被扔进图利安姆监狱（Tullianum），于公元前104年被饿死或（更可能是）被勒死。
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