随后几年中姚启圣一直跟随康亲王杰书对耿精忠进行剿灭，康熙十五年（1676年），姚启圣一直跟随杰书攻到福建，这一年杰书光复福建，耿精忠投降，后来在三藩之乱平息之后遭凌迟处死。
姚启圣在跟随杰书收服福建战斗中非常英勇，得到了杰书的认可，当然，这其中也跟姚启圣在中央有人有很大关系，姚启圣的亲妹夫乃是康熙朝初期汉人大学士黄锡衮，自古以来就是朝中有人好做官。
正是黄锡衮当初拜托杰书关照大舅哥姚启圣，外加姚启圣作战确实勇猛，所以杰书才十分重用姚启圣，表功时杰书也把姚启圣立为头功上表康熙，因此康熙才知道有姚启圣这么一号勇将，姚启圣也因平定耿精忠叛乱的功劳被康熙任命为福建布政使，这属于地方大员了，一省第二号人物了。
吴三桂在兴起叛乱之初就曾经秘密联络台湾的郑成功之子郑经，希望郑经从台湾出兵登陆福建漳州和泉州共同打击清政府，同时为了响应郑经，吴三桂还派出勇将韩大任从江西出兵入福建与郑经会师。
结果就是吴三桂部下的这名勇将韩大任看到福建耿精忠被灭，有预感三藩之乱早晚要失败，于是起了投降之心，恰好韩大任与姚启圣曾有一面之缘，于是姚启圣单身入营劝降了韩大任，所以韩大任所部3000余人全部被姚启圣收编。
姚启圣带领韩大任直接将驻扎在漳州和泉州的郑经击退，郑经一看韩大任投降了，吓得赶紧撤军回了厦门，姚启圣很顺利的就收复了漳州和泉州。时任福建总督郎廷佐十分看好姚启圣，恰好郎廷佐当时病重准备退休，临退休前郎廷佐向康熙保举姚启圣接替自己出任福建总督，于是康熙批准了郎廷佐的建议，姚启圣出任福建总督。
也就是从姚启圣出任福建总督起，他才和收复台湾结下了渊源。三藩之乱平定后，出任福建总督的姚启圣就一直负责福建海防，主要就是与郑经交战。
郑经曾经多次率大将刘国轩和冯锡范等侵扰福建沿海地区，康熙十九年（1680年）姚启圣率军彻底击退郑经、刘国轩、冯锡范等人，收复了郑经常年占据的金门和厦门，因此功劳，康熙加封姚启圣为兵部尚书、太子太保，世袭骑都尉和云骑尉爵位。
李光地，李光地这个人呢，他是康熙朝非常有名的理学大臣，并且李光地后期在康熙朝成为了文渊阁大学士，在没有宰相的清代也算是拜相了。后来呢，他几次三番向这个康熙推荐施琅，请求以他为将。收复台湾，但是康熙皇帝非常迟疑，就问这个李光地啊，说你能担保他没有二心吗？李光地说了八个字儿，琅必灭郑氏报父仇。
姚启胜多次向康熙上书说，郑军成燎原之势，其主要原因在于其独善其长啊，且此时水战。更重于陆战以路攻水，断难尽决。要想，在这个海战中取胜，设立水师提督，乃重中之重。而且这个人应该，深识水性，并且会治水军，所以在他的心目当中，唯有施琅能胜任此职，他甚至愿意全家百余口性命作为担保。然而，这个康熙皇帝此时对施琅还是不信任，任谁请求都没有用，最终，否定了他的请求。
这个郑经看到清朝拆解福建水师，就和这个吴三桂儿耿精忠联手，不断骚扰广东福建沿海地区，占领了厦门呐，泉州啊，潮州啊这些地方儿。并且以金门厦门为据点，跟清军对峙，清朝四次派人劝说郑经退回台湾，都没有奏效。
中国自古以来的智慧就是先礼后兵，打是肯定要打的，但是必须得是无奈之下才要打，只要有一丝的希望也要和。
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