穿越成崇祯帝，杨毅终于没有自杀，而是逃到南边后又重新打了回来，并逼死了李自成，没有让大明王朝毁在自己的手里。
打下北平后，崇祯皇帝并没有急于将京城从南边迁回北平来，而是在接收了山西和蒙古的兵权，给姜镶安排了一个朝廷闲职后，继续发兵攻打满清。
多尔衮和吴三桂以为能守住山海关，就能挡住明军进攻辽东满清的步伐。岂料崇祯皇帝朱由检是来自后世的杨毅穿越附体而来，对海军是非常重视的。
他可不会去贸然攻打山海关坚城，而是下令郑成功率海军直接从辽东登陆，逃了满清的老巢。
多尔衮得到后方消息后，顿时大吃一惊，面如死灰，不得不率军回援老巢，将山海关丢给了吴三桂。
吴三桂倒是想拼死抵抗，奈何其部下那么多汉人士兵，以前就是明朝的将士，在崇祯皇帝御驾亲征亲自劝降的情况下，许多人就当场叛变，在关城内与吴三桂的亲兵厮杀起来。
明军趁机攻城，在有内应的情况下，轻易就攻进了城内，吴三桂还想带领亲信部下逃跑，去追多尔衮。结果却不幸被明军一名枪手远程狙杀，命丧山海关，一代名将就此陨落。
拿下山海关后，剩下的事情就简单了，明军大张旗鼓杀进辽东，与海军海陆配合，不到半年就征服了满清全境，多尔衮、孝庄、福临（顺治）等等均被俘虏处死，满清遂平。
大明王朝基本平定天下。
即使如此，崇祯皇帝仍然没有把都城从南边迁回来，而是继续下令攻打大西张献忠。尽管张献忠试图依托大巴山、秦岭负隅顽抗，奈何明军先进武器太多，只花了一年的时间就彻底灭亡了大西，张献忠自尽身亡。
至崇祯二十三年底，大明王朝终于重新平定天下，还连关外满清的地盘一起征服了，比崇祯皇帝原来管辖的地盘还大。
如此，到崇祯二十四年，朱由检才下令都城从南京迁到了北平，取消了南京的都城地位，也没有再保留南京留都的设置，将朝廷各部职能部门全部搬迁到了北平。
随后几年，崇祯皇帝继续大力发展科技，改革军事，制造更加先进的武器，最终走向海洋，走向五大洲、四大洋，走向了称霸全球的道路。
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