昌平镇总兵驻顺天府昌平州，管辖从原蓟州镇防区划出的渤海所、黄花镇、居庸关、白羊口、长峪城、横岭口、镇边城诸城堡长城线，其东北起于慕田峪关东界，西至紫荆关，全长230公里。
真保镇总兵驻保定，管辖北起紫荆关，经倒马关、龙泉关、娘子关、南至故关的长城，全长390公里。
山海镇总兵驻山海关，管辖喜峰口、密云、山海关一线。
宣府镇总兵驻张家口宣府卫。管辖东起慕田峪渤海所和四海治所分界处，西至西阳河的长城，全长510多公里。
大同镇总兵驻大同，管辖东起镇口台，西至鸦角山的长城，全长330多公里。
太原镇也称山西镇或三关镇，总兵初驻偏头关，后移驻宁武所。管辖西起河曲的黄河岸边，经偏头关、老营堡、宁武关、雁门关、平型关，东至太行山岭真保镇的长城，全长800多公里。
延绥镇也称榆林镇，总兵初驻绥德州，成化以后移治榆林卫。管辖东起黄甫川堡，西至花马池的长城，全长880多公里。
固原镇也称陕西镇，总兵驻固原州，三边总督也驻固原。管辖东起延绥镇饶阳水堡西界，西达兰州、临洮的长城，全长约500公里。
宁夏镇总兵驻宁夏卫，宁夏银川。管辖东起花马池，西至宁夏中卫喜鹊沟黄河北岸的长城，全长约1000公里。
甘肃镇总兵驻甘州卫，甘肃张掖。管辖东南起自兰州黄河北岸，西北至嘉峪关讨赖河一带的长城，全长约800公里。
临洮镇总兵驻临洮，临洮为古吐蕃地，皋兰南峙，离固原300公里。管辖区域为东自会宁，抵固原、靖虏，西至宏化寺、抵甘肃镇庄浪界，北至松山、永太川边墙，南由黑城子至洮、岷、四川松潘界。
为统筹指挥，九边十三镇分别受蓟辽总督、宣大总督、三边总督节制。
蓟辽总督设立于嘉靖年间，全衔为总督蓟辽保定等处军务兼理粮饷。节制顺天、保定、辽东三抚，蓟州、昌平、真保、山海、辽东五镇。蓟辽是一个地理概念，指的是北直隶至山海关一线到辽东的地区。
蓟辽总督驻密云，蓟辽巡抚驻蓟州，防秋之日改驻昌平。万历11年，不再节制顺天巡抚。
宣大总督设立于嘉靖年间，全衔为总督宣大、山西等处军务兼理粮饷。节制宣府、大同、山西三抚三镇。宣大总督先后驻宣府、张家口怀来，最后移驻山西大同阳和。
三边总督设立于嘉靖年间，全衔为总督陕西、甘肃、延绥、宁夏军务兼理粮饷，三边总督节制河西巡抚、河东巡抚、陕西巡抚以及以及甘、凉、肃、西、宁夏、延绥、神道岭、兴安、固原的九总兵。
明代中期陕西、延绥、宁夏和甘肃四镇，各镇独自承担辖区内御边任务，凡遇战事，相互无协防职责，多有败绩，为有效巩固西北边防,于嘉靖4年设立三边总督，总督陕西、甘肃、延绥、宁夏军务，总督衙门固原。
在长期御边活动中，三边总制的管理逐渐形成体系化。这一御边体系的核心，是以总制为首的文臣总理、武臣统兵和内臣监军的三权分掌制，其实质在于加强大明西北军事防御能力，提高各镇协防御边效果，强化中央集权。三边总督设置后，在明代西北边疆御边活动中较好发挥了军事与民政作用。
明朝后期，吏治腐败，九边十三镇防守兵力又过于分散，女真或蒙古入寇只要上万规模，九边防务就成了四处漏风的筛子，成为了摆设。
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