而山中的义军天天生活在一起、挤在一起，细菌病毒滋生，各种交叉感染，天气一转暖，疫病立刻就集中爆发开来。在山上缺乏治疗，缺乏药物，而鼠疫一旦感染，发病极快，死亡率极高。
一时间许多发病之人纷纷逃离义军队伍，跑下山寻求医治，但很多都没撑住发病死在了半道上，那一段时间，平顺县和壶关县一带的山道上时不时就可以看到紫黑发臭的尸体。
而那些成功活着下了山的人则是被送到隔离营寨进行隔离治疗。接着越来越多义军走出太行山向官军投降，并乞求得到治疗，无一例外全都被送去隔离。
眼见山中瘟疫肆虐如此严重，孙传庭也不敢让属下官兵进山围剿，便全都停在山下等着义军出来投降。直到一个月后再也没见到有人从山中出来，便找来之前投降的义兵带路，带着锄头、铁锹和石灰上山，将死在山路上的尸体挖坑洒上石灰然后掩埋。
最后在引导下找到义军营寨，却发现外面静悄悄一片，没有一个人影，攀上墙头打开寨门才发现里面的人早已病发死去，整座寨子臭气熏天，蝇虫弥漫。
无奈之下，官兵只能一把火把寨子连同腐烂发臭的尸体一起点燃烧掉。
后面再找到了其他几个山寨，有些已人去寨空，有些已经自行放火焚毁，有些也如前面的寨子一样全部死于瘟疫之手。
终于，山西义军或降、或逃、或死于瘟疫，全都自行溃散，至此山西民乱基本平定。
于是，孙传庭率晋绥军进入陕西。
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