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除去上述叛党主谋，仅在天启十一年六月就定罪处死了三万余人，抄没士绅官商数千家，所得金银达数亿两，珍宝古董、田地房产不计其数，所获粮食货物更是天文数字，极大地充盈了大明国库。
此案是为“江南乱党案”，世称“天启第四大案”。
江南乱党案的影响是空前巨大的，此后数年仍然在追查缉捕部分在逃人员，或者在审理办案过程中又出现了新的案犯，只是为了稳定社会人心，之后的案情办理都是尽量低调进行，不再公之于众。
朱由校下旨新设“南京监政院”置于南京六部之上，任命王永光为南京监政院卿，崔呈秀为少卿，直辖于皇帝，重新任命南京六部及南方各地官员，建立新的行政秩序。
由于被江南集团渗透、腐蚀得千疮百孔，朱由校下旨裁撤了锦衣卫南镇抚司，命戚风、杨楷暗中建立新的南镇抚司，从此以后隐姓埋名，不再置于明面之上。
同时仿照山东和北直隶的模式，撤除大部分地方卫所，仅保持一府或一直辖州仅设一个万人卫所作为预备兵源、老兵退伍安置、屯田储粮之用。
江南乱党案给予江南士绅和文官势力沉重打击，使帝国的权力重新集中于皇帝之手。皇帝的一系列措施使大明朝廷得以控制南方各地，重新掌握了全国经济命脉，帝国得到喘息时机和自我拯救的机会。
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