孙元化非常担心故人们卷入纷争，又得袁崇焕吩咐，多次写信给孔有德，告知登州正在依照孔家寨的方式训练新军，非常缺少军官和教官。皮岛已非善地，不如来此掌军，以便大展鸿途不负生平所学。
孔有德闭关，那些信件都落到耿、尚、曹手中。他们看过之后都觉得这也是条出路。当年父母带自己逃往登州，自家兄弟成长与登州，相聚与登州，扬名与登州，被赶离登州，再回到登州有何不可，总好过在皮岛饿死。
孔有德看过信件后得出和战友们相同的结论，尚可喜留在皮岛，孔有德携数百士兵千余家人渡海前往登州，孙元化亲自到港口相迎。
过去孙元化铸炮，孔有德领兵，大家亲密合作两度将满洲狗逼入绝境，奈何天不佑华夏，汉人豪杰屡屡遭戗，满洲狗嚣张依旧，如今再见心中万分感慨。
孙元化同毛文龙一样有自知之明，身为文人的他对兵事一知半解，当场以登莱巡抚的身份任命孔有德为参将，统率训练所有新军。孔有德将追随自己的将校士兵分到各个部队充当军官骨干，迅速改变登州有兵无将的尴尬局面，也可以说迅速掌控这支新军。
孙元化同毛文龙一样，对孔有德反客为主的举动不以为然。找他来就是干这个的，孔有德要造反在皮岛就动手了，何必到登州来。
孙元化的新军与皮岛军不同。皮岛军同八路军游击队一样几乎没有军饷，全靠仇恨、信仰和领导者的个人魅力进行凝聚。登州新军相当于国民党中央军，绝对的嫡系部队，有丰厚的军饷，优厚的待遇。单是他们的装备就令人恐惧：
每营4000人，战斗部队2000人，后勤人员2000人（战斗激烈时也是战斗部队），配有双轮车120辆，炮车120辆（这几乎就是坦克、装甲车雏形)，士兵藏在车厢内躲避敌人的弓箭，车厢上有射击孔，可以发射火铳和中国独有的火器--火箭，粮车60辆，共300辆。
武器装备，西洋大炮16门、中炮80门、鹰铳100支、鸟铳1200支，炮手还配备手铳（手枪）。为适应近战，每个士兵装备一把日本刀。
他们采取的战斗策略是，与敌对阵时，以双轮车围成环形防御阵地，将火炮架在车上。士兵以车为掩体，释放火铳（火枪）火炮，让敌人无法近前。如果敌人突破火力线攻入车阵，士兵可以拔出刀与敌近战。日本刀及刀法的锋利凶猛众所周知。平时拉车的马装上鞍具，就变成战马，使步兵变成骑兵。
徐光启认为这样的部队不用多，成就四五营关内安危不必担心；成就十营不必害怕关外势力；成就十五营不必担心收复失土的问题。
车营制不是徐光启的首创，但装备如此多火器的部队绝对是国内第一，亚洲第一，甚至是世界第一。孙元化所要打造的辽东兵部队即为此类精锐火器营的样板试点。
过惯苦日子的皮岛士兵们握着崭新的火枪倭刀，披着坚固的铠甲，骑着肥壮的健马，操着新式大炮，吃着白面馒头，指挥着新收的小弟，都以为自己身在梦中，全都焕发出惊人的热情，拼命操练自己和手下的新兵。
登州的新兵对训练阳奉阴违毫无热情。他们对这些空降军官非常不满：凭什么你们一来就骑在我们头上？
上面要练，下面拒绝，军官和士兵矛盾迅速激化，打架斗殴时有发生。孔有德本想采取温和一些的手法练兵，见此情形决定采取戚继光大元帅的毒辣兵法对付手下。
戚帅的练兵之法十分不人道，可以归纳为这么几个字：士兵每日互殴，胜者得赏银，败者挨军棍，连胜者升官。
戚家军士兵为了不在切磋中败北挨军棍只能拼命训练，比武时玩命打战友。在每天近乎实战的训练中戚家军练就精湛的武艺冲天的杀气，在严密组织下，在名将指挥下建立赫赫战功，成为中国历史上唯二的两支以将领姓氏为名的军队。另一支军队叫作岳家军。
任职基层军官的皮岛士兵在孔有德指使下大冬天里光着膀子，露出满身虬结遍体伤疤，一顿拳打脚踢将所属士兵都打得站不起来，然后指着他们鼻子大骂废物，宣称谁能将他打败谁就顶替他的位子当官。登州的新兵们知道了自己的渺小，败得心服口服，这才老实下来俯首听令。
孔有德这些高级军官不用与士兵切磋，都被孙元化拉到学堂向洋鬼子们学习新式武器的使用方法。
孙元化在登州网罗西学英才，大胆募用西士，组建一支有27名欧人的外籍军团，使登州成为“东陲之西学堡垒”。
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