明清时期，中国武术技法异彩纷呈，创造了众多门派，拳种，尤其是少林拳已名扬天下。
养生术也与武术结合，内功就此形成，从而使“内外兼修”成为中国武术区别于世界其他技击术的重要特征之一。明清时期这些有关武术的着作大量出现，确立了中国武术在世界武坛的地位。
少林寺最早是北魏孝文（495 年），为安顿印度高僧跋陀，诏令在嵩山少室山北麓修建少林寺。少林寺开辟译场，佛学重镇。被尊为“禅宗祖庭”。
到了北周武帝宇文邕在位时，下令禁佛、道活动，少林寺遭重创，佛像被毁，僧众被遣散，寺院一度荒废。
直至少林寺昙宗等十三位僧人擒拿王仁则，助秦王李世民夺取辕州城，受到封赏，少林寺名声大振，习武之风代代相传。
唐高宗、武则天等皇族对少林寺恩宠有加，御书、题碑、留幡象及施物甚至亲临幸巡，少林寺逐渐成为禅学重镇。
由于佛教盛行，佛教寺院经济过分扩张损害国库收入、与普通地主存在矛盾、唐武宗崇信道教以及政治斗争等因素。唐武宗李炎进行“会昌毁佛”运动，清查天下寺院及僧侣人数，规定全国东西二都可以留寺两所，每寺留僧 30 人。
天下各节度使治所留寺一所，留僧 5 至 30 人不等；其它寺庙全部拆毁，僧尼全部还俗。
据记载，此次灭佛共拆毁寺院 4600 余所，拆除山野中的小寺庙（兰若）4 万余所。没收寺产良田数千万顷（此数存疑，可能“顷”为“亩”之讹），奴婢 15 万人，僧尼迫令还俗者共 26 万零 500 人。
元朝时期少林寺经历了从兴盛到受战乱衰落， 雪庭福裕是元初少林寺住持，重整了少林寺的下院永庆寺，恢复白马寺，建立少林寺的宗法制度，制定了七十字的传法辈份，标志着少林寺从此形成了一个子孙相继的禅院，对少林寺的传承和管理有着深远意义。
在雪庭福裕的带领和官方的支持下，吸引了众多僧人和信徒前来，成为禅宗教派的重要朝圣地，涌现出了许多优秀的僧人。庆公（慧庆），俗姓蒋，为少林寺免除捐税等事务积极奔走，还整理雪庭和尚的着述并刊刻传世，还有足庵禅师、灵隐禅师等，他们在佛法的修行和弘扬方面都有一定的贡献，推动了少林寺的发展。
元代是少林禅医大发展时期，建立了“主伤科兼修内科、儿科，医众僧兼俗疾，方为普渡众生”的僧医方针。
惠定禅师、慧炬、慧朋、慧远等在医学方面有专长的僧人。惠定禅师着有《少林骨科旨要》《少林丸散谱》等；慧炬总结了此前僧医针灸经验，对经验穴研究颇深，传弟子甚多；慧朋主修内科，对于胃肠疾患治疗尤长；慧远善于使用少林寺周围新鲜中草药治疗疾患，对中草药炮制学研究甚深。
元末，红巾军起义，天下大乱，少林寺受到战火波及。少林寺的建筑和部分经书、武术书籍遭焚毁，寺僧大多逃散，少林寺再次衰落。
在这一艰难时期，嵩溪子定担任少林寺住持。他带领剩下的二十多名老弱残僧“率众农作，以身先之。日则耕耘，夜则参道”，使得僧众渐渐回寺，但也难以恢复少林寺往日的辉煌。
到了明朝，少林武术的理论着作和实战水平得到空前发展，是少林功夫武术水平精进、体系及门派形成的时期。少林僧兵多次受朝廷征调参与抗倭作战等，屡建功勋，受到朝廷嘉奖。
清朝初期，少林寺重新受到朝廷重视，康熙帝御书“宝树芳莲”“少林寺”及“天下第一祖庭”匾额，雍正帝御批重修少林寺，整顿门头。乾隆皇帝于乾隆十五年夜宿少林寺方丈室。他留下了《宿少林寺》一诗：“明日瞻中岳，今宵宿少林。心依六禅静，寺据万山深。树古风留籁，地灵夕作阴。应教半岩雨，发我夜窗吟。” 还为少林寺的殿堂题写了五块匾额、四副楹联。
由于存在许多反清复明的组织，习武练功这在一定程度上推动了武术在民间的发展。门派林立、拳种丰富。
以区域分有南派、北派，南方如闽粤一带的洪拳、五祖拳、白鹤拳等，北方则有通臂拳、梅花拳、义和拳、二郎拳、大小红拳、八卦拳、太极拳、螳螂拳、莲花拳等。
以山川分有少林派、武当派等；以宗教分有佛家外功、道家内功；以门类分有太极门、形意门、八卦门、迷踪门等。不同的流派有着各自的传承体系、技术特点和理论基础。
道家的阴阳五行、儒家的仁义道德等，进一步深入地渗透到武术理论和实践中。武术与导引养生术的结合更加紧密，内功的形成成为中国武术区别于世界其他技击术的重要特征之一。
1928 年，国民军石友三火烧少林寺，天王殿、大雄宝殿等主体建筑除立雪亭与千佛殿、山门外，几乎全部化为灰烬，寺僧被迫逃亡他乡。
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