木叶55年基本上剧情的变化不大。主角团里，3月28日，小樱迎来了她的五岁生日，然而她依旧沉浸在玩泥巴的简单乐趣中。小樱的生活轨迹似乎与上一世并无二致，这使得别天樱在梦中的影响变得微乎其微。尽管如此，随着小樱年龄的增长，她与别天樱之间的联系也在逐渐加强。然而，对于别天樱而言，她渴望拯救世界、战胜辉夜的梦想仍旧遥不可及，只能无奈地继续搁置。
原男二号佐助的生活轨迹同样与原世界如出一辙。因陀罗，作为宇智波一族的先祖，拥有强大的天赋。然而，在佐助未开启写轮眼之前，因陀罗无法对他产生任何实质性的影响。只有在佐助面临生死攸关的紧要关头时，因陀罗才有可能接管他的身体。这位天赋异禀的宇智波先祖目前也只能像九尾一样，静静地观察着佐助的生活，仿佛在观看一部关于二柱子的电视剧。
其他小强们的生活轨迹也与原着相同，没有任何变化。唯一变化的是日向宁次，算是长成了阳光少年，因为父亲没有死亡，所以他并没有像原着中那样经历更多的磨难和挫折。虽然比起原着中的他，他失去了更坚韧的心境，但是在父亲的教导下，他的实力得到了大幅提升，成为日向家数十年难得一见的天才。然而，可惜的是，他始终被有着辉夜教导的雏田压在头上，无法超越她。
这一年初暗部多了个代号为天藏的忍者，他的名字是大和，刚刚跟着卡卡西不久，他的故事要从三战前的人体试验开始。
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在实验室的深处，一个巨大的水缸静静地矗立着。缸内充满了淡绿色的液体。在冰冷的实验室水缸中心，一个小小的身影孤独地漂浮着，那是大和。从他记事起，这个世界就只有无尽的黑暗和孤独。大和孤独地度过了他的童年。身边的小伙伴们一个个离他而去，每一次的离别都像是一把尖刀刺入他的心脏。他无能为力，只能眼睁睁地看着他们消失在黑暗中，留下无尽的悲痛和孤独。从最初的恐惧到渐渐麻木，大和学会了忍受孤独和死亡带来的痛苦。
他不知道自己为何而生，也不知道这个世界为何对他充满恶意。死亡就像是悬在他脑袋上的剑，随时可能落下。然而，在这无尽的黑暗中，大和依然保持着对生活的渴望和对未来的期待。
然而，命运并没有放弃大和。大蛇丸的败逃给大和带来了转机。那个曾经统治着实验室的恶魔终于消失了，只剩下水缸里孤独的小孩。
就在这时，一个神秘的身影出现在实验室中。那是团藏，一个自称是守护木叶的根组织的首领。他打开了水缸的盖子，将大和从中解救出来。那一刻，大和第一次感受到了阳光的温度和自由的空气。
大和的心如同一张白纸，虽然拥有出色的血继限界木遁，但对人心一无所知。团藏将大和带入根组织，赐予他名字甲，并告诉他他们是守护木叶的根。团藏替大和为大蛇丸试验而死去的59个孩子建立了坟墓，用行动告诉大和他并非孤独一人。团藏还找来了柱间留下的秘术亲自进行教导并指点大和，帮助他掌握木遁忍术。在根组织里，大和开始了新的生活。他不再是那个孤独无助的小孩，而是一个有着坚定信念和目标的忍者，更认定根的所有行动都是为了更好的保护木叶。
可惜现在的团藏比较天真并没有学会舌祸根之术没有对根组织成员施加。在根的日子里，大和结识了许多志同道合的伙伴，他们一起努力守护木叶村，为了和平与安宁而奋斗。其中，卡卡西成为了他的挚友。两人并肩作战，共同效命团藏。然而，在刺杀三代火影的任务中，卡卡西突然反水了。当时卡卡西用出雷切本想杀死他，不过有着一丝人味的冷酷忍者卡卡西最终心软了，大和得以逃回根部，两人暂时又分道扬镳。尽管与卡卡西分别，但大和始终铭记着这个美少年。他们的友谊如同璀璨的星辰，即使暂时被乌云遮住，也终将在未来的某一天重逢。
随着大蛇丸的逃亡，木叶村笼罩在不安与紧张的氛围中。为了消除隐患，团藏果断下令诛杀成为叛徒的大蛇丸。作为根组织的精英成员，大和被委以重任，前去刺杀大蛇丸。
在前往目标地点的途中，大和内心深处的善良并未因身处的环境而消减。他依旧关心着周围的生命，甚至在路途中拯救了一只受伤的小鸟。
命运的安排让大和遇到了雪见姑娘，一个温柔善良的女子，误将他当作自己失散多年的弟弟。在与雪见的相处中，大和从她的回忆中得知了他的弟弟就是那个在实验室陪他到最后一刻的名为天藏的男孩。他被雪见的深情厚意所感动，不忍伤害她，便暂时扮演起了她弟弟的角色。
对于大和来说，这种安稳平静的生活是陌生而向往的。他珍惜与雪见相处的每一刻，贪婪地享受着这份来之不易的温暖。
然而，平静的日子总是短暂的。那一天来临，不速之客卡卡西突然闯入了他们的生活，打破了这片宁静。看到卡卡西被族人围攻，生命垂危，大和的内心充满了挣扎。他回想起了卡卡西曾经对他的不杀之恩，决定要出手相救。
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