甲板上的对话抵达机库的晚上，阿尼独自坐在机库外。当三笠让她去和莱纳练习一下新型立体机动装置时，阿尼再次对三笠表示自己会退出救世小队，阿尼表示对拯救人类这种事实在不懂，并对为了拯救她的故乡而赌上一切的救世小队感到抱歉，只希望最后的时间能安稳度过。阿尼在说话时不自觉的看向了在机库里工作的阿明，被敏锐的三笠立刻察觉，注意到自己偷看被发现的阿尼害羞的低下了头。
看到这一幕的三笠吃惊的说不出话来，问阿尼：“从什么时候?”阿尼反问道：“什么？”三笠又说：“没什么，我知道了。”阿尼听到了更加害羞和不耐烦的问：“知道什么？”但三笠接下来却说：“你不必再增加痛苦的回忆了，不过阿明会和我们一起上飞艇去找艾伦。”
阿尼听到了后表情变得失落，问三笠：“然后呢？你打算怎么做?为了人类杀掉艾伦吗？”三笠答道：“我不会这么做，我只是要把艾伦带回来。”阿尼还注意到三笠没有戴围巾，于是问了下围巾的下落，三笠说：“我有带着，只是现在没围上。”
被三笠发现对阿明的情愫第二天，阿尼在机库外向莱纳、皮克告别，阿尼对只有自己当了逃兵感到过意不去，皮克安慰说阿尼从未真正效忠过马莱，不必为此介怀。莱纳也为当年强行让阿尼和贝尔托特破坏墙壁的事向阿尼道歉，阿尼坦言说不知道多少次想杀了莱纳，莱纳苦笑道:“亏你忍了这么久。”
二人做了一个别扭的“拥抱”，莱纳拜托阿尼照顾好贾碧和法尔科，之后阿尼离开机库登上轮船，阿尼在离开时也对阿明等调查兵团众人挥手告别。随后“地鸣”抵达机库，阿尼在“地鸣”摧毁机库之前与清美、贾碧、法尔科等人乘船逃离。
离别返回战场在坐轮船前往日出国的路上，阿尼在甲板上与清美交谈，当听到清美说:“为什么我在失去之前都没能察觉呢?不是去计算利害得失，而是去单纯的尊重他人的想法......”时，阿尼陷入了回忆，想到了父亲、战士队、104期和阿明挥手向她告别的场景，内心痛苦的说:“不过，已经太迟了。”
正当阿尼惆怅之时，贾碧和法尔科说法尔科做了一个在空中飞翔的梦，而且法尔科相信因喝了吉克脊髓液继承了颚之巨人的自己能够做到，并表示他们将前往战场。阿尼对此感到不可思议，激动的说：如果法尔科这里变身会导致轮船沉没，大家都会因此而死，“已经失去的东西是回不来的，已经太迟了!”一旁的清美表示船沉了也没有关系，“与其，再让后悔增加的话。”阿尼听到后陷入了沉默中......
回想过去，内心痛苦此时，三笠、柯尼、让、利威尔、莱纳、皮克与始祖尤米尔召唤出的历代九大巨人激战，很快救世小队便陷入了危机。正当他们处于绝境中时，阿尼和贾碧乘坐法尔科的巨人飞到了战场并救下了他们，众人看到阿尼到来都十分激动，阿尼淡淡的说道：“我也没有想到巨人真的能飞，不过既然会飞，那我只好来了......不过，幸好我来了。”
赶到战场阿尼随后询问阿明的下落，三笠告诉她阿明被巨人吞食生命垂危，并向阿尼寻求帮助，阿尼吐槽道：“你的儿时玩伴怎么都被困住了......当然，我们去把他抢回来。”接下来众人讨论对策，利威尔建议兵分两路，一路去营救阿明，一路去炸断艾伦始祖巨人的脖子。
于是阿尼又返回始祖巨人战场，同三笠、柯尼前去营救阿明，在从一堆巨人中确认了吞下阿明的巨人后，阿尼决定先把那只巨人逼到始祖巨人的尾骨，阿尼喊着“把阿明抢回来!”从空中跳下，变身为女巨人。
当阿尼与巨人交战时，吞下了阿明的巨人乘机从阿尼身边逃走，阿尼察觉它是往头骨的方向逃走，于是和三笠、柯尼一起追击那只巨人，但是接下来始祖巨人召唤出来的超大型巨人和无数九大巨人挡在了他们面前......
和三笠、柯尼一起营救阿明在与大量巨人激战许久后，阿尼不慎被一个巨人摔倒，然后四周巨人纷纷向阿尼冲来。正当阿尼陷入危机中时，吊挂在始祖巨人骨架上的超大型巨人（贝尔托特）突然挥手驱散了包围阿尼的巨人，阿尼见此情景十分惊讶。
与此同时，三笠和柯尼正在追赶吞下阿明的巨人，贾碧在空中使用步枪击中了巨人，三笠趁机用刀劈砍巨人，迫使巨人吐出了阿明。但是巨人仍然不肯罢休，吐出舌头贯穿了阿明的大腿，阿明清醒之后立刻回身使用雷枪杀死了巨人，柯尼也迅速将巨人舌头斩断，之后阿尼用（女巨人的）手接住了从空中掉下来的阿明，格力沙、枭、库沙瓦的巨人们消灭了周围的巨人。
随后阿尼与其他人一起在法尔科巨人的背上看阿明利用变身超大型巨人产生的爆炸攻击始祖巨人。同众人在空中看超大型巨人的爆炸
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