经过了半年的征战，广东、福建两省基本光复，战事也趋于平缓。在去年，郑氏集团除了这两处之外，尚且经营着南直隶的战场，那里先有定西侯张名振、兵部侍郎张煌言所部的明军先后于永历八年的正月和三月进入长江，突破江防，打击沿江清军，同时接应可能会如约而至的西南明军主力。
两次之后，饶是在崇明屯田，军中粮草亦是不足。为此，张名振先是到温州购粮，随后又南下中左所与郑成功会面，请援。而为了支援张名振和张煌言在南直隶的作战，郑成功派出了忠靖伯陈辉率领五千水师、一万陆师北上，借助于这支生力军的战力来继续扩大战果。
九月初六，大军抵近上海县城城下，城内百姓“有执梃而阻遏官府者，有包戴网巾者，有讹言惑众者，有恐喝官府者”，几如累卵之势。若非江宁巡抚周国佐火速领兵来援，以屠城相威胁，否则这座县城便会就此易手也是极有可能发生的事情。
没能拿下上海县城，明军却也没有就此返回。舰队北上崇明，于九月二十六举行祭江大典，准备进入长江，一时声势颇盛。
但是，随着舰队的开拔，陈辉所部那边，由陈辉的旗舰升起了大纛。这是主帅的身份象征，陈辉此举，是俨然以主帅自居。为此，张名振要求陈辉降下大纛，陈辉则执意不肯，两人话不投机，舰队遂于濠头分裂，陈辉就此率所部南下。
这一遭，陈辉并没有直接返回福建，而是在浙江海域游荡，逗留于温州、台州、宁波三府沿海。而张名振那边，到了腊月，也就是江门之战前夕，突然率领舰队自崇明出发，进入长江。此次比前两次又深入了一步，舰队于腊月十八直抵南京城外的燕子矶，气势恢宏的南京城和巍峨耸立的钟山，近在咫尺！
“横江楼橹自雄飞，霜仗云麾尽国威。
夹岸火轮排叠阵，中流铁锁斗重围。
战余落日鲛人窟，春到长风燕子矶。
指点兴亡倍感慨，当年此地是王畿。”
苏州府常熟县红豆山庄，略显昏暗的书房里，钱谦益诵过了这首诗，旋即点头称赞道：“张苍水的诗，总有一份雄浑气魄在里面，寻常儒生是比不得的。”
“牧翁言之有理，亦是苍水久历军中，昔年在四明山结寨、而后入卫舟山、再后迎战虏师、南下闽海，到了今时今日，已有多年了。”
对座的，乃是浙东士人黄宗羲。此人，乃是东林七君子之一的黄尊素的儿子。其父在东林，素来是与汪文言并称的两大智囊，阉党修东林点将录，其人是为天空星急先锋山东道御史黄尊素。这样的人物，等到阉党在党争中大获全胜，东林群贤成批成批的被投入诏狱之中，其人便被害死狱中。等到了崇祯即位，东林党反扑，黄宗羲在廷上锥刺许显纯、痛击崔应元，拔其须归祭父灵，由此变得了“余姚黄孝子”的美名。
南明以来，黄宗羲先是在复社与马士英、阮大钺作难。等到弘光朝覆灭，他便与浙东士人共同参与鲁监国朝的建立和维持。再到江上师溃，黄宗羲领变卖家产自行募集的世忠营兵败乍浦，退入四明山锡杖寺，其部因骚扰百姓而被山民聚众烧死在寺中，而他当时因事外出才得脱此难。
自此之后，黄宗羲参与过赴日乞师之事，但绝大多数的时间还是处于潜伏状态，暗地里为明军搜集情报，联络士绅，由此便与钱谦益有了联系。钱谦益组织抗清，于浙东的很多事情都有黄宗羲的参与，二人相交莫逆，甚至等到钱谦益病故，临死前还要求黄宗羲为他作墓文，结果还是因为钱谦益的儿子改请了旁人代笔，才没能成行，但是黄宗羲还是在第二年做了首哀悼钱谦益的诗文，其中“心期末后与谁传”之句，指的就是他们那些年密谋抗清，但却不便大肆宣传的旧事。
“舰队抵近南京，并且在上元县的朱家嘴焚掳江西粮船，这已经是多年来王师距离南京最近的一次了。”
“只可惜了，西南的王师还是没能赶来。”
张名振、张煌言的舰队抵近南京，极大的震动了清廷的江南官场。为此，江南江西总督马国柱和江南汉军提督管效忠统领大军，方才将明军驱逐。至永历九年正月初，明军已退回了崇明那里。
说起来，这三入长江之役，钱谦益是背后的策划者，凭借着与郑成功的师徒关系加以劝说，随后由为姚志卓组织了一支军队助战。而黄宗羲那边，于浙东积极联络张名振的舰队，张名振为此还派人从天台登岸，前去联络黄宗羲，以便于在浙东造起更大的声势，结果来人被清廷抓获，黄宗羲被按图索骥，东躲西藏。
原本，黄宗羲在这一次是躲藏深山，为此还赋诗以“只将苦字啼宛转，落尽荒村寒食花”道出他避入深山荒村时的心情。但是，今时不同往日，闽粤两省的巨变传来，他便不得不冒险前来见一次钱谦益，为的就是在局势发生了这么大的变化的情况下，商讨清楚下一步的方略。
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