NERV地下基地机密区
晶液小屏幕上显示红色提醒字：KEEP OUT 立ち入り禁止区域
赤木律子先是解锁键盘处敲打输入密码，然后再从白大褂内掏出一张通行证划过卡槽解锁。
滴滴滴滴滴滴……
一段急促的铃声响起，小屏幕上面显示该密码不通过：已锁定Locked 等待权限密钥Waiting for permission key
赤木律子眼神有些不可置信看着屏幕上的字母，自己的密码是谁改的？又是谁知道的？除了自己和碇源堂还有死去的母亲，没人知道这里！更不可能有谁会知道密码！
很快，赤木律子的疑惑很快就被解惑。
一节冰冷的枪管轻轻抵住赤木律子的后背，美里的声音从后面传来：“没用的，如果没有我的密码和通行证你是进不去的。还有，加上你的虹膜扫描，如此一来，进去之后才能再往更里面前进。”
赤木律子听到美里的解释后，表情恢复了以往的冷静，无所谓的语气说道：“原来如此……是加持做的手脚吧？”
美里没有接她的话，但也没有否定。
眼神坚定的美里对赤木律子说出自己目的：“让我亲眼看看这里面的秘密吧！”
赤木律子知道像美里这种女人是不会善罢甘休的，特别是自己对她所感知的秘密更是千方百计调查。
只不过眼前情况只不过是迟早的时间问题出现罢了。
赤木律子接过美里的话同意道：“可以，不过这个孩子也要一起去。”
话音刚落，赤木律子不远处走出一道人影，那道人影正是碇真嗣！
美里回过头看向一旁的真嗣，眉头紧皱。
都到这地步了，也任由赤木律子说的去做吧。
“可以……开门走吧！”
门被打开后，三人站在电梯里开始往下滑行。
里面的场景是四周都是巨大六边形图案拼接在一起的蜂窝网墙壁，锈迹斑斑模样和透露出一股废土气息。
财団法人
人工进化研究所Artificial Evolution Research Institute
3号分室
铜绿色的铁门被缓缓打开，赤木律子顺便打开里面的灯光。
这室内的环境出现在大家眼前：大小不一的医疗仪器，一张多功能病床，许久没有清理过的地上交叉着些许线缆，还有周围墙壁上铁剂斑斑，空气中散发着铁锈味，药水以及生命之水（LCL液体）混合味道。
其中一台机器仪器的平面上摆满了胶囊药和烧杯，还有各种药剂……
整个房间都充满着压抑，阴暗，狭小……给人一种囚笼感。
真嗣看着里面摆放的设备，他觉得越看越熟悉，这里的一切怎么会……
最后真嗣试探性开口道：“简直像绫波的房间……”
赤木律子双手插着衣兜，平静道：“对，这里就是绫波零的房间，她出生长大的地方。构成零的深沉心里的光和水，保留了对这里的强烈印象。”
美里没有心思放在和自己没有关联的事情上，便打断赤木律子的话说道：“赤木博士，我可不是专程来看这个的。”
赤木律子不紧不慢回应道：“我知道，美里……”
说完，赤木律子打开一扇藏在暗处的后门，露出通道后三人走进去。
到里面后，巨大的场地给人们一种强烈的视觉冲击和震撼感。
巨大的十字架深坑和一些规律对称的圆坑里面都有着巨人型白骨，白骨层层积压在一起，每一具上面还有些残留下来的血肉和血腥味。
“EVA？”真嗣看着下方的累累血骨，忍不住说道。
赤木律子开始给两人解释：“是最初的，也都是些失败品。十年前就废弃在此，这里现在只是个垃圾场，可是也是你的母亲当年消失的地方。
你或许不记得，你应该也看到了自己的母亲消失的瞬间才对。”
真嗣眼睛瞬间瞪大，不可思议看向赤木律子。
美里在后面拿枪指着赤木律子大声喝斥：“律子！”
真嗣眼神恍惚，他对美里摆头道：“没关系的，美里小姐。”
不管发生什么，我都要好好看着！
“然后取而代之的是……绫波零。”赤木律子眼神轻蔑看着两人，语气解气说道。
真嗣更加吃惊和不解，自己的母亲和绫波又有什么关系？
赤木律子接着说道：“就在你母亲消失的同一个地点，那孩子已一个没有灵魂的空壳子状态诞生了。如今，在那幅空盒里的心是我们费心拯救之后放进去的。过来，我让你们看看真相……”
赤木律子一边说一边带领美里和真嗣来到绫波丽维持身体正常的培养室。
也就是克隆实验室……
当真嗣和美里看着顶部上方一堆密密麻麻的粗细不一的管道汇聚到面前的培养舱。
“这是什么呀？”美里收回手中的枪，问赤木律子。
赤木律子回答道：“制造替身插入栓的工厂呀……”
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