崇祯帝的三个儿子都被李自成俘虏，其他近支藩王如惠、瑞、桂等王都远在外地，皇位只能在避难淮安的福王朱由崧和潞王朱常淓中挑选。按亲疏关系来说，福王是神宗之孙，支派最近，最占优势。
而潞王则是穆宗之孙、神宗之 侄，关系较为疏远。
但多数大臣却认为福王朱由崧品行恶劣，曾盗窃王印。况且几十年前国本之争记忆犹新，因此不愿他继位。
另一方面，南京也有坚持以立亲为原则的意见。
都谏章正宸力主立福王，认为“若谓潞可越福，犹谓福可越光庙也，于国本安居！”
路振飞在答复高杰、刘泽清等武将关于继嗣的问题时亦强调：“议贤则乱，议亲则一，现在唯有福王。”
马士英亦不动声色地展开拥立福王幕后活动，贿赂勋臣刘孔炤和武将刘泽清等，从而获得内外两方面的助力。
同时致书史可法、 吕大器等大臣说：“以序以贤，无如福王。”
史可法表示反对，马士英暂时没有反驳，还特遣私人向史可法传话说：“立君以贤， 伦序不宜固泥。”
史可法信以为 真，随即移书于马士英“答以七不可之说”。
另一方面，马士英部署江北四镇黄得功、高杰、刘泽清、刘良佐等各率大军，形成一支声势浩大的护驾队伍，簇拥着乘路振飞之船的朱由崧到达仪真，陈师江北，向南京诸臣示威。
勋臣刘孔炤等则与主张拥立潞王的诸臣在南京展开了一场激烈的较量。
四月二十六日，张慎言、姜曰广与南京户部尚书高弘图、 吏科给事中李沾、河南道御史郭维经及诚意伯刘孔炤、司礼太监韩赞周等齐集于朝内会议继嗣问题。
拥福和拥潞两派各执一词，互不相让，署礼、兵部印的吕大器进入会场，揭发福王有七不可，阐述其不可为君，力主立潞王，刘孔炤则怒形于色，与李沾、郭维经等破口大骂，从气势上压倒拥潞诸臣。
在混乱中，韩赞周拿出刘孔炤等事先拟好的拥立福王的誓文，忙说：“快取笔来！”要求众臣签字。
很多官员迫于其气势，在誓文上签名，并通告朝外，史可法也只好承认这个既成事实。
四月二十八日，朱由崧到达浦口，受到魏国公徐弘基等众官员的恭迎。
翌日渡江，停泊燕子矶。四月三十日，闻讯福王到达的南京诸臣都前来叩见。
当时朱由崧穿着角巾葛衣，“旧枕敝裘，孑影空囊”，十分落魄。
他在答兵部劝进之书时说：“国母（邹妃）尚无消息，支身避难，宫眷未携一人。初意欲避难浙东僻地，迎立决不敢当。”
当群臣行礼时，他“皆以手扶，待茶款语，极其宽和”，并竭力推辞群臣劝进，说： “封疆大计，唯仗众先生主持。”
经过三推三让，朱由崧勉强接受劝进，于五月初一日从南京西南的三山门处离船登岸，在诸臣簇拥下先乘轿由南京城外直至孝陵门前，祭告明太祖，其后又特地祭拜懿文太子朱标。
随后，他从正阳门进入南京城，直至东华门入皇城，下马步行通过皇极殿，参拜奉先殿，之后走出西华门，离开皇城，进入行宫（内守备府），接受文武百官的觐见。
他传令大臣上殿共商战守之策，史可法上殿后说：“王当素服郊次，发师讨罪，示天下以必报仇之义。”
朱由崧只说“是”，但没有具体答复。接着徐弘基及内守备等各有所奏，朱由崧仍是倾耳静听默不作声，于是宣布退朝，次日再次接见群臣。
当天，南京群臣决定朱由崧先以监国名义上台，然后登基，于是上第一道劝进表，朱由崧表示只同意监国，第二道劝进表上来时，朱由崧坚持只监国。
翌日，朱由崧行监国告天大礼，并宣布初六日为崇祯帝发丧。
五月十一日，群臣上第三道劝进表，朱由崧正式接受，择日登基。
五月十五日，朱由崧即皇帝位于南京武英殿，改元弘光。
他在登极诏中痛斥“潢池盗弄”，发誓复仇，同时颁二十五款新政，包括减免钱粮，整顿漕粮，激励垦屯等项内容，不过只字未提当时已入据北京、真正能威胁南明的满清政权。
朱由崧求助于三镇军阀拥立，对以后的局势变化产生了重大影响。
最直接的作用即是使他自己得偿心愿，顺利地登上了至尊的宝座。
而间接影响，则是江北诸镇以“天子恩人”，“从龙元勋”自居，南京从皇帝到重臣再没有人可以控制这支飞扬跋扈的军队。
从此开了南明军阀勋镇势力尾大不掉的滥觞。
其实，高杰与黄得功、刘良佐等都是出自行伍的悍勇匹夫，其部下各怀心事，却不乏良将猛士。
倘若朱由崧稍有他祖上明太祖、明成祖的权谋阅历，只要驾驭得当，完全可以在仰仗三镇拥立之时，施加手段影响，使三镇为己所用。
可惜，朱由崧继承了乃父的心宽体胖，却没有继承乃祖的雄才武略。
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