皮卡丘偶遇捷克罗姆。在小智未察觉的情况下，皮卡丘失去了使用电属性招式的能力。而在与藤藤蛇的对战中才终于察觉，最终对战失败，而被修帝误会比藤藤蛇还要弱。而在艾莉丝与牙牙！，它恢复了它的能力并在小智收服豆豆鸽的对战中被使用。
而在三曜道馆！VS爆香猴、冷水猴、花椰猴!!里，小智在挑战三曜道馆时使用皮卡丘与寇恩的冷水猴对战。尽管它已经尽力了，它还是因为冷水猴快速的速度而连一击都没击中就被打败了。在劲敌对战！强敌轻飘飘！，皮卡丘与已经打败了水水獭和暖暖猪的修帝的咕咕鸽对战。皮卡丘多次被燕返击中，但随后使用伏特攻击打败了修帝的咕咕鸽，也让修帝见识了皮卡丘的电击力量。它之后与已经进化的青藤蛇对战，尽管这次并没有失去电击能力，但皮卡丘最终还是输了。而在泡沫栗鼠有洁癖!?
小智使用皮卡丘与白露的炒炒猪对战。一开始皮卡丘处于劣势，最后它还是使用了伏特攻击逆转情势并获得胜利。 在皮卡丘对黑眼鳄对鸭宝宝!!，三只鸭宝宝偷走了小智的帽子和黑眼鳄的黑色眼镜。其中一只鸭宝宝在皮卡丘将要使出十万伏特时往它身上丢了个雨伞，使它无法使出电击招式。
而黑眼鳄与三只鸭宝宝对战时，皮卡丘也加入了对战，并在被鸭宝宝攻击后，开始释放电力并成功学会了电球，将三只鸭宝宝击飞了。不久，皮卡丘开始与黑眼鳄对战。
虽然在对战中黑眼鳄成功进化成了混混鳄，但皮卡丘使用了电球将混混鳄使出的尖石攻击弹回混混鳄身上，再次将其击飞。 在飞云道馆赛！纯情之心的虫属性宝可梦对战!!，小智在飞云道馆派出皮卡丘与亚堤的保姆虫对战。在经过一场激烈对战之后，皮卡丘使用了铁尾和电球成功获得了胜利。
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