在坎纳诺尔附近的海面上，达·伽马捕获了一艘从麦加驶来的埃及商船“梅丽号”（Meri）。船上载有300名乘客，包括妇女和儿童。达·伽马下令将这艘商船上的所有乘客全部烧死，这一事件被称为“米里号事件”。这一残酷的行为不仅展示了葡萄牙人的冷酷无情，也进一步加剧了与穆斯林商人的敌对情绪。
为了削弱和打击阿拉伯商人在印度半岛上的利益，达·伽马下令卡利卡特城的统治者驱逐当地的阿拉伯人。随后，他在附近海域的一次战斗中击溃了阿拉伯船队，进一步巩固了葡萄牙在印度洋的军事优势。对于萨摩林而言，这次葡萄牙人的远征不仅仅是贸易和勒索，而是对印度洋贸易路线的全面控制。达·伽马在回国后，留下了5艘船在科钦和奎隆，成为近代欧洲人在亚洲地区的第一支常驻舰队。这些战船不仅保护了两个城市的葡萄牙商站，还负责在贸易季节封锁红海，阻止穆斯林商船进入印度洋，从而确保香料贸易被葡萄牙独享。
在整个过程中，军事行动虽然占据了重要位置，但利益与外交才是达·伽马这样的葡萄牙指挥官的制胜之道。通过与科钦、奎隆和坎那诺尔等城市的结盟，葡萄牙不仅获得了稳定的贸易伙伴，还建立了一个可靠的海上基地网络，为未来的殖民扩张奠定了基础。
1503年2月，达·伽马满载着从印度西南海岸掠夺来的大量价值昂贵的香料，率领13艘船只返回葡萄牙。同年10月，他安全抵达里斯本。据记载，达·伽马此次航行掠夺而来的香料、丝绸、宝石等，其所得纯利竟超过第二次航行总费用的60倍以上。这次成功的远航不仅为葡萄牙带来了巨大的经济利益，还进一步巩固了达·伽马在葡萄牙社会中的地位。他用这些财富买下了原先属于布拉干萨（Bragan?a）皇室的许多土地，成为葡萄牙最富有的贵族之一。
然而，达·伽马在之后的二十年里过着相对平静的生活，这段期间他不受宫廷的欢迎，也没有积极参与印度的事务。葡萄牙皇室更倾向于支持阿方索·德·阿尔布克尔克（Afonso de Albuquerque）等人参与印度事务。直到斐迪南·麦哲伦投靠西班牙后，达·伽马才向国王威胁说他也会效仿麦哲伦，希望国王能让他留在葡萄牙，避免将印度总督的职位落到西班牙手中。
五、因病去世
当瓦斯科·达·伽马完成了第二次远航印度的使命后，他得到了葡萄牙国王曼努埃尔一世的额外赏赐。1519年12月29日，国王签署了一项皇家法令，封达·伽马为维迪格拉伯爵一世。这项法令不仅授予达·伽马及其子孙许多特权，还使他成为第一个没有王室血统的贵族。这一荣誉不仅是对他航海成就的认可，也是对他为葡萄牙带来的巨大经济利益的表彰。
曼努埃尔一世在1521年去世后，他的儿子若昂三世继位。若昂三世开始重整葡萄牙的海上霸权，达·伽马成为新国王的重要顾问，提供新国王关于海上战略的意见和建议。面对西班牙对摩鹿加群岛的威胁，达·伽马主张将重点放在印度，而不是像曼努埃尔一世那样将重心放在阿拉伯。他认为印度的战略地位更为重要，可以为葡萄牙带来更大的经济利益。
当时，葡萄牙在印度的统治者杜阿尔特·德·梅内塞斯（Duarte de Menezes）既无能又腐败，引起了多方的不满。若昂三世决定用达·伽马取代梅内塞斯，相信达·伽马的名声和以往的成就能够建立他在葡属印度的权威，并实施新的治理策略。1524年，若昂三世任命达·伽马为印度总督，这是继1505年弗朗西斯科·德·阿尔梅达（Francisco de Almeida）之后，第二个享有这一称号的人。达·伽马的第二个儿子埃斯特万（Estêv?o）被任命为印度海军指挥官，取代梅内塞斯的兄弟。此外，若昂三世还答应任命达·伽马的几个儿子先后担任葡萄牙麻六甲舰队的队长。
1524年，达·伽马以“武力至上的问题调停者”的可怕称呼再次前往印度。他派遣了更多军舰到东非和西印度，试图替换当地的无能统治者梅内塞斯，并巩固葡萄牙在这些地区的控制。然而，达·伽马抵达印度果阿后不久，便感染了疟疾。疟疾在当时的印度是一种常见的致命疾病，尤其是对于外来者来说更为危险。尽管达·伽马的医疗条件相对较好，但疟疾的严重程度还是超过了医疗技术的应对能力。
1524年12月，达·伽马在卡利卡特逝世。他被火化后，遗体被埋葬在印度科钦的圣法兰西斯教堂。达·伽马的去世不仅对葡萄牙在印度的殖民事业造成了影响，也标志着一个时代的结束。他的去世使得葡萄牙失去了一个重要的海上领导者，但他的遗产和成就将继续激励后来的航海家和探险家。
1539年，达·伽马的遗体被运回葡萄牙，重新安葬在维迪格拉（Vidigueira）。维迪格拉是达·伽马的封地，也是他生前居住的地方。重新安葬的仪式庄严肃穆，体现了葡萄牙王室和人民对这位伟大航海家的尊重和怀念。达·伽马的墓地成为了葡萄牙的一个重要历史遗迹，吸引了无数游客和历史爱好者的参观。
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