当时正是东汉政治极度黑暗之时。朝廷徵还曹操为东郡太守，拜为议郎，曹操不肯迎合权贵，遂托病回归乡里，春夏读书，秋冬弋猎，暂时隐居了。
当时天下纷乱，发生了冀州刺史王芬联合南阳许攸、沛国周旌等地方豪强，谋划废黜灵帝立合肥侯的事件。王芬等人曾希望曹操加入他们，但被曹操拒绝。曹操在推辞的理由中说：“废立皇帝是天下最不祥的事了。古时有衡量轻重、计算成败而后施行的人，伊尹、霍光便是如此。这两个人都怀着至忠的诚心，以宰相的地位，凭借执政大权，加上同众人的愿望一致，故此能实现计划，成就大事。如今，各位只看到他们当初的轻而易举，而没有看到现在的困难。用这种非常的手段，想一定达到目的，难道不觉得危险吗？”后来王芬果然事败自杀。又有西北金城郡（今甘肃兰州）的边章、韩遂杀死刺史和太守，率兵十余万反叛朝廷，天下为之骚动。
中平五年（188年）八月，汉灵帝为巩固统治，设置西园八校尉，曹操因其家世而被任命为八校尉中的典军校尉。
中平六年（189年），汉灵帝驾崩，太子刘辩登基，何太后临朝听政。大将军何进想趁灵帝驾崩、宦官失势之机诛灭十常侍，但没有取得何太后的支持。于是何进采纳袁绍的建议，不听陈琳的劝谏，便征召停留在河东郡的边将董卓率其部众进京，以便于胁迫何太后同意诛杀宦官。曹操得知后笑道：“阉竖之官，自古至今都有，只是世主不应该把权力交给他们，使他们达到这种程度。既然要治他们的罪，那么只需要诛杀元凶，派一个狱吏就足够了，何必纷纷召外地将领入京？如果要对宦官赶尽杀绝，事情必定会泄露出去，我已经料到他会失败了。”
董卓尚未抵达京城，何进已被宦官下手谋杀。同年九月，董卓入京，执掌朝政，把汉少帝废为弘农王，而改立其弟陈留王刘协，即汉献帝；又派人把弘农王母子毒死，自称太师，专擅朝政。曹操见董卓倒行逆施，不愿与其合作，遂改易姓名逃出洛阳。曹操到陈留后，“散家财，合义兵”，且首倡义兵号召天下英雄讨伐董卓。
初平元年（190年）正月，后将军袁术、冀州牧韩馥、豫州刺史孔伷、兖州刺史刘岱、河内太守王匡、渤海太守袁绍、陈留太守张邈、东郡太守桥瑁、山阳太守袁遗、济北相鲍信等人一同举兵于关东，袁绍被众人推为盟主，曹操行奋武将军。当时袁绍屯河内，袁术屯南阳，孔伷屯颍川，韩馥在邺城，张邈等人屯酸枣。
二月，董卓胁迫献帝迁都长安（今陕西西安西北），自己则焚毁宫室，挖开王陵，劫掠人民，致使洛阳方圆两百里荒芜凋敝无复人烟。而关东联军惧怕董卓精锐的凉州军的战力，无人敢向关西推进。
曹操说道：“我们举义兵是为了除暴乱，如今大军已合，诸位还有何虑？如果董卓得知山东起兵后，仰恃天子的圣威，占据洛阳一带的险要地方，遣兵东进控制天下，尽管他的行动是不道义的，对我们来说仍然是很大的忧患。但现在董卓焚烧宫室，劫持天子西迁，海内震动，百姓不知归属，这是上天要董卓灭亡的时候，一战而天下可定，机不可失。”
于是引军西进，即将进据成皋，张邈也派部将卫兹分兵跟随曹操。曹操行至荥阳汴水（今河南荥阳西南），与董卓大将徐荣交锋大败，士卒死伤甚多，曹操自己被流矢所伤，所骑战马也受了伤，曹操的堂弟曹洪将马让给曹操，才使曹操幸免于难。徐荣见曹操虽众少却能力战许久，认为酸枣不易攻下，也引兵撤回。当时诸军兵十多万，日日置酒高会，不思进取。
曹操回至酸枣后，出言责备他们，并向联军建议：“诸君听我之计，让渤海太守引河内之众兵临孟津，酸枣众将取成皋、据敖仓、封堵轩辕、太谷，将险要之地全部占领；袁将军率南阳大军进军丹、析，攻入武关（今陕西丹凤东南），震动三辅。然后我们都深沟高垒，不与董卓交战，并更设疑兵，让天下看到我们的优势，让天下加入我们讨伐逆贼，如此天下可以立马平定。如今我们举兵是为了大义，却迟疑不肯进，令天下失望，我为诸位感到羞耻！”
关东诸将不肯从。关东诸军名为讨董卓，实际各自心怀鬼胎，意在伺机发展自己势力，不久之后，诸军之间发生摩擦，相互火拼，联军至此解散。
荥阳之战后，曹操兵少，于是与夏侯惇等人前往扬州募兵。扬州刺史陈温、丹阳太守周昕给了曹操一共四千多名兵士。曹操回军到龙亢时，大部分士卒都背叛了。到了轾、建平，曹操又重新招募一千多士兵，进驻河内郡。
袁绍与韩馥谋立幽州牧刘虞为帝，曹操对袁绍说：“董卓之罪，暴于四海，我们集结大众、兴义兵，远近无不响应，正因为我们的行动是正义的。如今幼主微弱，受制于奸臣，却没有昌邑亡国之兆，而一旦改易天子，天下人怎么接受？诸君北面称臣，我自西向。”袁绍还曾经得到一枚玉印，一次曹操在座时，袁绍把这块玉印推到他的肘边，曹操表面大笑，内心却十分厌恶。后来，袁绍、韩馥还是决定立刘虞为帝，但刘虞始终不肯接受。
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