初平二年（191年），董卓入长安，邀请韩遂、马腾共同策划进攻山东诸将。二人见天下大乱，也想要依靠董卓起兵。
初平三年（192年），韩遂、马腾投降朝廷，率众来到长安。李傕控制下的朝廷任命韩遂为镇西将军，遣还金城，马腾任征西将军，驻军郿县。
《后汉纪》则记载：韩遂、马腾率兵救天子。韩遂屯郿县、马腾屯鄠县（与三国志不同）。
兴平元年（194年），马腾从凉州来朝，驻扎在霸桥。但他因私事有求于李傕未得到满足而大怒，调集军队准备进攻李傕。益州牧刘焉、故凉州刺史种邵、侍中马宇、左中郎将刘范、中郎将杜禀皆与马腾共谋袭长安。当时马宇、刘范等人身在朝中，便密谋自己为内应，助马腾诛灭李傕等。献帝派使者劝和，马腾不听。韩遂率军从金城来调解二人的纠纷，结果又与马腾联合。
三月，马腾、韩遂率军进驻长平观，马宇等人的计划泄露，马宇逃到槐里，杜禀胁迫扶风吏人帮助马腾；刘范逃到马腾营中，刘焉又派校尉孙肇率兵前往长安助战。李傕派樊稠、郭汜及自己的侄子李利进攻，大战于长平观，马腾等大败，死伤一万多人，种邵、刘范战死，韩遂、马腾退还凉州。李傕又令樊稠、李利率数万人围攻槐里，城破后，斩杀马宇、杜禀。
韩遂、马腾退军时，樊稠率军追到陈仓。韩遂对樊稠说：“天下之事反复无常难以预料，双方相争本不是因为私怨，而是为了王家之事。我与足下是同州人。今天虽有些小摩擦，恐怕还会走到一起的，想和你谈一谈。邂逅万一不如意，以后还可以相见嘛！”二人于是并马拉着手臂，说笑了很久。
四月，李傕下诏赦免马腾等，以马腾为安狄将军，韩遂为安降将军（一作安羌将军）。
后来爆发三辅乱，马腾不再东行，而与韩遂结为异姓兄弟，甚为亲近。后来，因部曲间的矛盾，马腾、韩遂二人成为仇敌，马腾攻韩遂，韩遂败走，又合兵还攻马腾，二人成为仇敌，韩遂杀掉了马腾的妻儿，二人连年交战。
建安初，曹操表钟繇以侍中守司隶校尉，持节督关中诸军，又令钟繇与凉州牧韦端前去劝和韩遂、马腾。钟繇致信韩遂、马腾等人，为他们陈述利弊祸福，韩遂、马腾都送自己的一个儿子到朝廷为人质。曹操又令马腾屯驻在槐里。
建安七年（202年），袁尚派高干、郭援率军数万，与南匈奴单于栾提呼厨泉进攻河东郡，并派使者与韩遂等关中诸将联合出兵，曹操派钟繇对抗，钟繇令张既劝说马腾出兵，傅干也劝马腾支持曹操。马腾听从他们的建议，派马超率精兵一万多人，连同韩遂等的军队，与钟繇并力攻击郭援军，大获全胜。
献帝拜马腾为征南将军、韩遂为征西将军，允许他们开府。
建安十三年（208年），马腾与韩遂不和，请求入京，于是被朝廷征为卫尉，其子马超统领其部众。（一说马腾自见年老入京）
建安十四年（209年），韩遂派阎行前往拜谒曹操，曹操厚待阎行，上表朝廷授阎行为犍为太守。阎行趁机请让他的父亲入朝任职，阎行西还见韩遂，把曹操劝韩遂入朝的话告诉他。并趁机劝韩遂归附曹操，劝他先派一个儿子入朝作为人质。韩遂说：“暂且再观望几年！”后来就派自己的儿子与阎行的父母一起入朝。
建安十五年（210年），韩遂亲自率军，讨伐之前杀雍州刺史邯郸商而反叛的武威太守张猛，留阎行守旧营，张猛派兵向东抵御。他手下的官吏百姓畏惧韩遂，于是反而一同攻张猛，张猛登楼自焚而死。
建安十六年（211年）三月，曹操派钟繇讨张鲁。让夏侯渊等率军出河东与钟繇合兵。而马超、侯选、程银、李堪、张横、梁兴、成宜、马玩、杨秋九部意图反叛，推举韩遂为都督。韩遂当时刚讨平张猛回师，马超便劝韩遂一同起兵。马超对韩遂说道：“如今，我马超弃父，以韩将军为父。韩将军亦当弃子，以我马超为子。”
阎行劝谏韩遂，不想让他与马超联合。韩遂不听，说道：“今诸将不谋而同，似有天数。”于是向东至华阴。韩遂等人的军队十万，进军至潼关。
韩遂、马超起兵时，弘农、冯翊很多人都举县邑响应。数万家关西人为躲避战乱，从子午谷逃到汉中依附张鲁。
七月，曹操西征，与马超联军夹关对峙。曹操军驻扎在蒲阪，想要西行渡河，马超听说后对韩遂说：“可以在渭河北岸据守，不到二十天，河东粮尽，敌军自己便会走了。”但是被韩遂拒绝。曹操被马超进攻，险些无法渡河，赖帐下校尉丁斐在河岸放出大量牛马，使马超军争相追赶牛马，马超控制不住，曹操因此得以成功渡河。
九月， 马超等人向曹操请战，曹操不许。马超等人又请求割地送任子和解，曹操采取贾诩的计策，假意答应，再想办法离间联军。当时，韩遂请求与曹操相见。韩遂的父亲与曹操在同一年举孝廉，韩遂与曹操过去又是朋友，于是，两人来到阵前，马头相交，在一起说了很长时间，没有说到军事，只是谈论京都的往事与老朋友们，高兴时拍手欢笑。阎行跟在韩遂后面，曹操又对阎行说：“记得要做个孝子。”
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