朱儁的司马张超及徐璆、秦颉皆欲听之。朱儁不同意，他说：“出兵有形同而实异的地方。当初在秦末的时候，人民没有稳定的君主，所以以赏附来劝降。现在海内一统，只有黄巾造反，纳降他们不能使人向善，讨伐他们足以惩恶。现在如果接受他们的投降，那就滋长他们造反的意念，给他们有利就进战，不利就乞降的想法，这是纵敌长寇的策略，不是良计。”说完，下令急攻，但一连数日，都未能攻克。[13]
朱儁登上土山，了望黄巾营垒，然后对张超说道：“我知道了！贼人的外围坚固，内营逼急，求降不得，想出也出来不得，所以他们殊死战斗。万人一心，尚且不可当，何况是十万呢！强攻的害处太大了。不如把包围撤除，集合部队进城。韩忠看见包围已经解除了，一定会自己出来，等他们出来，兵心就散了，这是易于攻破的方法啊。”[14]于是下令解围。韩忠见围解，果然引军出战，朱儁乘势进击，大破其军，追击十余里，斩杀一万余人。韩忠等人只好投降。秦颉杀死韩忠，黄巾余众不能自安，又以孙夏为帅，还驻宛城。朱儁进攻，孙夏败走，朱儁纵兵击杀上万人。黄巾因此破散流离。
中平二年（185年）春天，朝廷任命朱儁为右车骑将军。朱儁率兵回京，被任命为光禄大夫，增加食邑五千户，改封钱塘侯，加位特进。后来因为母亲丧离职。服毕起家，任将作大匠，转任少府、太仆。
黄巾起义之后，各地农民纷纷起义。其中大声的就自称雷公，骑白马的就自称张白骑，行动轻便的就说是飞燕，胡须多的就号称于氐根，大眼的就说大目，如此多的称号，都各有原因。人多的聚众二三万，小的也有六七千人。其中，以常山人张燕势力最大，他轻勇矫捷，军中都号称是“飞燕”，他善得士卒的爱戴。据众百万，占据黑山，朝廷无法讨平。后来，他遣使至京师，投降了朝廷，被拜为平难中郎将，领河北诸山谷事。
后来，张燕渐渐率兵侵犯河内郡，进逼京师。朝廷任命朱儁为河内太守，率领家兵击退张燕。后来他们大多都被袁绍所讨平。此后，朱儁历任光禄大夫、屯骑校尉、城门校尉、河南尹。
中平六年（189年），董卓把持政权。因朱儁是功高望重的将领，董卓对他格外小心。外表与他亲近交结，内心则对他颇为忌惮。
初平元年（190年），关东州郡起兵讨伐董卓，推袁绍为盟主，兵锋甚为强盛。董卓感到恐惧，想请公卿们商议迁都长安，朱儁屡次阻止。董卓虽然厌恶朱儁和自己作对，但贪图他的高名，于是上表奏请朱儁为太仆，做自己的副手。
使者到朱儁府上后想要宣示诏命，朱儁坚决推辞，不肯接受，却乘机说：“国家西迁，必孤天下之望，以成山东之衅，臣不见其可也。”
使者听了，很感奇怪，问他：“召您受任，您坚决拒绝；没问您迁都的事，您却说了半天，这是为什么呢？”
朱儁说：“副相国，我不能胜任，迁都计，也不是急事。辞却不能胜任的职务，说点不关紧急的话，是我们做臣子的本分。”
使者又问：“迁都的事，我从没听到过。就算朝廷有此打算，也还没有透露出来，您怎么知道的呢？”
朱儁又煞有其事地说：“这可是董相国告诉我的，否则，我怎能知道？”使者没办法，只好回去复命。此事于是作罢。
初平二年（191年），董卓进入关中后，留朱儁守洛阳，朱儁便和山东诸将通谋，想作内应。后来，朱儁害怕董卓袭击自己，弃官逃往荆州。董卓任命弘农人杨懿为河南尹，驻守洛阳。朱儁闻讯，率兵还洛阳，杨懿退走。朱儁见河南残破，无法作为屏障依靠，于是引军向东面，屯驻在中牟县。并传信给各个州郡，召请部队讨伐董卓。徐州刺史陶谦派来精兵三千。其他州郡也派了一些兵来，陶谦便上表奏任朱儁代理车骑将军。董卓闻知后，派部将李傕、郭汜率领数万人屯驻河南抵挡朱儁。朱儁出击，被击败。朱儁自知众寡不敌，于是停留关下，不再前进。
初平三年（192年），李傕、郭汜掌权。朱儁当时还在中牟，陶谦认为朱儁是名臣宿将，屡立战功，可以委以大任，于是和诸豪杰共同推举他为太师，并传檄给各州牧伯，相邀一同讨伐李傕，奉迎天子。
正好李傕听从太尉周忠、尚书贾诩的计策，派人用天子诏书征召朱儁入朝。军吏将士都不愿入关，想与陶谦等联合。朱儁却认为：“用天子的命令召臣子，应当不等征召就要去，何况是天子的诏命呢？而且李傕、郭汜是奸乱小人，樊稠是平庸无用的人，没有别的什么远大的谋略，又势力相等，变乱必定发生。我乘他们的不备，突然行动，那大事就可以成功了。”当下辞谢陶谦等人，奉诏入京任太仆。陶谦也只好作罢。
初平四年（193年），朱儁接替周忠为太尉，录尚书事。
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