后来汉元帝挑选天下美女做后妃，昭君被选中。王昭君到京城长安后，和其他被选的秀女一样，先到画师毛延寿那儿画像。有的美女为了得到皇帝的宠爱，重金贿赂毛画师，画师就将她们画得美貌非凡。王昭君不信这个邪，没有给毛画师金银财宝，毛画师就有意在王昭君眼睛下面点了一点，结果王昭君没能入汉元帝法眼，寂寞于后宫。
几年之后，以归降汉朝的南匈奴首领呼韩邪单于入京朝贡，以尽藩臣之礼，并请求做汉朝的女婿，汉元帝遂选宫女赐之。临行前，汉元帝召见昭君，一见面就惊呆了，如此美丽的美人，我怎么没有发现呢！一席谈话，更觉昭君才智过人，整个后宫无人可及。而天子又难于失信。
送走昭君后，元帝立即翻看美人画册，终于在不起眼的地方找到了。细细一看，原来昭君眼下多了一个疵点，掩盖了昭君的美貌。皇帝大怒，下令将那个弄虚作假的画师毛延寿杀了。
昭君随呼韩邪来到塞外，在匈奴又举行了隆重的婚礼，二人感情很深，但不久阴山山麓和大漠南北，出现严重的自然灾害，久旱不雨，水草枯死，牧民饥饿混乱，朔漠飞沙中又夹着一股邪风。当地居民说这些灾难都是王昭君带来的，只有用她的血来祭奠匈奴先灵，草原才能化险为夷。呼韩邪终日愁闷，惶惶不安，昭君也愁眉不展，忽然她想起父母在她进宫前曾送给她一个锦囊。
昭君打开锦囊一看，原来里面装有庄稼种子、金剪子和一张黄纸。昭君百思不得其解，伤心地流下了一串串泪珠。这泪珠滴落在冰凉的沙子上，沙地上竟然奇迹般地出现了一股蓝晶晶的小清泉。昭君又惊又喜，有了水，还要有牛羊、水草、庄稼。她拿起了金剪用黄纸剪了一只小羔羊，想不到刚剪成，小纸羊就变成了真羊。昭君又用黄纸剪牛羊、水草花瓣，顿时，身边出现大片的绿草香花，成群的牛羊在其中吃草、休息。最后昭君又将锦囊中的种子撒在沙地上，顷刻便长出了庄稼。牧民们欣喜若狂，奔走相告，世代传颂着昭君的恩德。
呼韩邪归汉与昭君出塞，既促使匈奴结束了多年的分裂和战乱，又为中原王朝的大一统奠定了基础。此外，加强了双方的交流，使当时相对落后的少数民族必然产生对中原先进制度的向往，促使一些少数民效仿中原的制度。
历史评价
汉恩自浅胡恩深，人生乐在相知心。可怜青冢已芜没，尚有哀弦留至今。
——（宋）王安石
绝艳惊人出汉宫，红颜命薄古今同。君王纵使轻颜色，予夺权何畀画工。
——（清）曹雪芹
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