在比翼道馆赛！呱头蛙VS坐骑山羊！中，小智的呱头蛙在比翼道馆与福爷的对战中作为小智的最后一只宝可梦出场。虽然自身在战斗中处于劣势，但还是用燕返击败了福爷的口呆花。随后福爷派出了他的最后一只宝可梦坐骑山羊，坐骑山羊使用寄生种子夺取呱头蛙的体力。之后坐骑山羊使用飞叶快刀盘旋在呱头蛙周围，同时发出叶片攻击呱头蛙。结果小智和呱头蛙无法找到坐骑山羊。霎那之间小智想起了福爷给的建议：光被眼前的事物所迷惑，会看不到很重要的东西。冷静下来仔细观察就能看到很重要的东西。小智让呱头蛙感觉坐骑山羊的气息。之后呱头蛙找到坐骑山羊的位置，冲过飞叶快刀并使用燕返使其造成伤害。最终呱头蛙利用影子分身在坐骑山羊使用藤鞭摧毁分身时，使出水之波动将坐骑山羊击倒，获得了植物徽章。
迈向明日的三回合劲敌对战!!中，小智的呱头蛙在对战中打败了翔太的森林蜥蜴，并确立了劲敌关系。
在拍摄传说！稍纵即逝的火焰鸟!!中， 小智一行人来到亚尔特陆山的和多罗巴寻找火焰鸟，由于火箭队的骚乱，使得愤怒的火焰鸟在轰飞了火箭队后，把小智等人也以为是火箭队的伙伴，所以开始攻击小智等人，小智等人躲到岩石后面派出呱头蛙使出水之波动，但招式被火焰鸟的身上的火焰直接给蒸发掉了。而这时，火箭雀冲了上去但很快也被火焰鸟的火焰击倒在岩浆旁的岩石上。小智忍不住冲上前要去救火箭雀，而火焰鸟看见小智从岩石后面出来立刻使出喷射火焰攻击小智和呱头蛙，火箭雀看见小智遭到危险全力飞了过来，身上被进化之光包围着挡下了火焰鸟的攻击，掌握了勇鸟猛攻的烈箭鹰在空中和火焰鸟开始战斗，但还是不敌火焰鸟的大字爆炎，被打中眼看就要掉入岩浆，小智冲上去抱住了烈箭鹰，呱头蛙使出呱呱泡沫救下了小智等人。这时，一边的火焰鸟看见了这幕得知了小智等人不是敌人，就飞走了。多罗巴在和小智等人离别前也拍摄了小智和呱头蛙、烈箭鹰的照片，他觉得这一幕十分的美好。
还是呱头蛙的时候
在卡洛斯的危机！巨大日晷前的战斗!!中，葛吉花告诉小智一行人这只呱头蛙的过去，并预言它会获得更进一步的力量，与小智一起登上谁都未曾见过的巅峰。
在百刻道馆的双打对战！葛吉花的预知未来!!中，为了得到第七枚徽章，小智使用它与烈箭鹰对抗葛吉花的超能妙喵，之后葛吉花再度预言它与小智必定能登上更高的巅峰。
在欢迎来到忍者村！英雄甲贺忍蛙的传说!!中，当小智等人在吃午餐时，小软和呱头蛙都发现了三平的气息，呱头蛙使出了水之波动打向了三平，三平立刻和甲贺忍蛙现身。三平夸奖呱头蛙的成长，并表示自己很高兴见到小智等人。随后，三平在吃午餐时告诉小智等人自己要回忍者村，于是大家就一起出发前往忍者村。来到忍者村后，呱头蛙和小智还有三平线穿过了山洞里的隧道，两名忍者为他开门并欢迎他回来，也对小智和呱头蛙表示他们在祭典上一定会玩的很开心的。当柚丽嘉向阿忍提出收下她哥哥时，阿忍变回了真正的模样，吓了呱头蛙一大跳。再接着呱头蛙也在一旁旁观了整场对战，在甲贺忍蛙倒下后，小智和呱头蛙连忙上前查看甲贺忍蛙的情况。三平表示自己和哥哥们的程度还是有很大距离。接着，三平带着大家穿过山洞来到自己房间，呱头蛙看到了三平房间里拍的照片，三平告诉大家这是他和呱呱泡蛙出门旅行前拍的照片，并且他想成为很强的训练家。之后，因为咚咚鼠和小软和它一起掉入了地道，众人也钻入地道寻找。小智和呱头蛙来到地道下，三平告诉小智等人这里是供奉英雄专用的祠堂，一平打开祠堂让小智参观，他告诉小智和呱头蛙以前守护村子不断战斗的就是祠堂里画像上的宝可梦，不过他们为什么要战斗就不得而知了，其中甲贺忍蛙是宝可梦们的领导者，自己也是因为十分崇拜甲贺忍蛙才选择了呱呱泡蛙作为伙伴的，三平也表示自己也和一平一样。这时忍者军团开始攻击忍者村，洞窟里小智和呱头蛙等人也注意到了骚动，此时警报也响了起来。一平让三平带着小智等人去找半藏，而自己则和二平去村子查看情况。三平和小智还有呱头蛙赶到了半藏的房间，而这时，景友突然出现在他们眼前，并用冰冻之风奇袭了呱头蛙还有大家，他表示自己是来带走半藏的。半藏被带走后，小智和三平还有呱头蛙和甲贺忍蛙连忙冲了上去追赶。
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