在VS急冻鸟中，小智来到了双子岛，但是此时火箭队已经先一步登陆了这里并且找到了将自己冰封的急冻鸟。小智派出自己的宝可梦和火箭队对战，因为过去的事情，其实小智的宝可梦们还依旧对暴鲤龙心存芥蒂，暴鲤龙虽然很强但因为看到火箭队想起了过往的事情变得愈发的不对劲，在火箭队的臭臭泥的攻击下，暴鲤龙撞碎了急冻鸟冰封自己的冰块，随即溜走。火箭队立刻上前去追急冻鸟，但小智因为担心还在被臭臭泥攻击的暴鲤龙的安危，决定不去追赶火箭队而是先关心暴鲤龙的情况，在小智的说服下，小智的宝可梦也对暴鲤龙放下了偏见开始准备帮助暴鲤龙。而另一边，急冻鸟看到小智的宝可梦不敌火箭队臭臭泥，它发现了火箭队才是邪恶的一方后帮助小智将臭臭泥击败，然后就飞向了远方。
在VS火焰鸟中，小智在抵达红莲岛之前就看见岛上冒出火光。小智走近一看才知道，火箭队正在和一只烈焰马和一只风速狗交战，这时火箭队也发现了小智，火箭队在找的夏伯看见有小孩子被卷入后立刻现身，而火箭队则变本加厉的以小智为人质威胁着夏伯。小智见状派出暴鲤龙攻击了火箭队，然后就被夏伯拉上烈焰马快速逃离，在路上夏伯告诉了小智自己以前是火箭队的科学家的事情，而另一边火箭队派出火焰鸟追击，小智的宝可梦都不敌火焰鸟。夏伯询问小智是否有能飞的宝可梦，小智表示自己并没有，但夏伯看见小智有神秘琥珀后就让他和烈焰马先到自己的研究所去。不明不白的小智来到研究所后误以为夏伯很可能是想囚禁自己，因为他也是火箭队前成员，这个想法遭到烈焰马的攻击。这时，小智捡起了地上的一本书得知了研究室里有可以让古代宝可梦化石复原的机器，他在复活完化石翼龙后，化石翼龙打破研究所的屋顶，冲出去救下了已经奄奄一息的夏伯。因为化石翼龙的出现，使得火箭队也不得不收回处于下风的火焰鸟先行撤退，而夏伯也和小智告别去找超梦。
在VS勇基拉中，小智回到了镇上，但街上一个人都没有，来到大木研究所的小智，遭到了娜姿的勇基拉假扮的大木博士的袭击，发现的小智派出妙蛙草，勇基拉使出招式幻象光线攻击妙蛙和小智，但它最终还是被妙蛙草的寄生种子缠着并原形毕露。这时娜姿从暗处现身告诉小智，勇基拉用的是催眠术，会让人跟宝可梦产生幻觉。还告诉小智因为小智总是在坏火箭队的好事，所以今天才来当面警告，如果小智相救真正的大木博士就请到金黄市去。小智明白镇民的失踪也和火箭队有关。于是生气的让妙蛙草攻击娜姿，却不曾想飞叶快刀根本无法打中娜姿，娜姿跟小智说完后会有期就转身离去。这时，小茂骑着喷火龙降落在小智面前，他告诉小智火箭队的根据地就在金黄市。原来，火箭队之所以会袭击大木研究所是因为他把伊布传回了研究所，小茂表示爷爷之所以会把研究所建在乡下的真新镇就是因为这里是个不会污染宝可梦的地方，而火箭队这次的行为就是在玷污爷爷的的心血，于是他让小智不要插手独自前往金黄市。但小智也随即跟上，要跟火箭队做个了断。
在VS魔墙人偶中，小智和小茂在金黄市上空再次相遇，两人来到光墙的中央寻求薄弱的方法尝试破解，但依旧没能成功。这时，小茂派出哥达鸭借用超能力感知到了光墙的使用者就是西尔佛公司外的魔墙人偶但却没有办法将其打败，而小智则是让皮卡丘凭借着替身进入了光墙内但却不知道使用光强的宝可梦在哪里。在小蓝的撮合下，小智和小茂开始联手合作，一起击败了隐身的魔墙人偶，成功地进入了金黄市。
在VS大嘴蝠中，小智和小茂进入了西尔佛公司，刚进来他们就被地板的机关分开，小智落入了一间四周被电网环绕的密室，带着许多电属性宝可梦的穿着绝缘衣的马志士走了出来，靠着闪电鸟的电力供给马志士的宝可梦的电力攻击疯狂地攻击着小智。小智派出妙蛙但以下就被电倒，不过还是坚持使出了飞叶快刀并且切断了和闪电鸟连接的电压线，闪电鸟身上的大量电压一下就放到了马志士的背上，马志士瞬间倒地不起，小智上前摸走了马志士的橙色徽章。打败马志士的小智，立刻跑上楼支援小茂。
在VS急冻鸟中 ，小智派出蚊香泳士阻挡阿桔大嘴蝠对小茂的攻击，但却被臭臭泥直接打败，而臭臭泥也放开了小茂开始攻击小智。阿桔贴近小茂准备送他上路之际，小茂派出大比鸟偷袭了阿桔。但阿桔立刻将小智作为人质来要挟小茂，他还告诉小智当时急冻鸟之所以会被他捕捉，就是因为急冻鸟用了全部的力量来救你。小智的脚很快就被急冻鸟使出的招式冰冻住，慢慢地小智和小茂全身都被冰包裹，就当阿桔大意收回了急冻鸟后，就遭到了攻击。之前小茂就将喷火龙派出，从急冻鸟冻裂的缝隙里跑到了大楼外不断用火焰加热整个房间，记者小茂和小智联手彻底击败了阿桔。然后他们就听到了楼上小蓝的惨叫，于是小智赶快上楼帮助小蓝，小茂下楼救助大木博士。
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