私淑古今贤
因为在长安任职，又逢“汉之得人，于兹为盛”的汉武盛世，司马迁得以结识汇聚于长安的天下贤能之士。包括贾谊之孙贾嘉，公孙季功（或为公孙弘），樊哙之孙樊他广，平原君朱建之子，冯唐之子冯遂，田叔少子田仁，梁人壶遂，杜陵苏建等。然而，对司马迁影响最大的莫过于董仲舒与孔安国。
司马迁与上大夫壶遂讨论文学之时曾说过：“我听董生说：‘周朝王道衰败废弛，孔子担任鲁国司寇，诸侯害他，卿大夫阻挠他。孔子知道自己的意见不被采纳，政治主张无法实行，便褒贬评定二百四十二年间的是非，作为天下评判是非的标准，贬抑无道的天子，斥责为非的诸侯，声讨乱政的大夫，为使国家政事通达而已’”。而纵观《史记》可知董仲舒之公羊学对司马迁的影响主要为：其一，公羊家颂扬汤武革命，主张以有道伐无道，成为《史记》反暴政的思想基础；其二，公羊家“尊王攘夷“，主张“大一统“的思想，成为《史记》贯串全书的主要观念；其三，公羊家崇让、尚耻之义是《史记》褒贬历史人物的道德标准。
因孔安国为孔子后人，家中有当世失逸的《古文尚书》十余篇，并兼通今古文学。故而司马迁亦尝就《古文尚书》问故于孔安国，学习古文经学的故训，以及别择古文资料的古文学，掌握考信历史的方法。而《古文尚书》作为整个古文学的核心，司马迁写上古三代史亦从中作了大量的引用。
司马迁曾在《史记·孔子世家》给给予孔子“高山仰止，景行行止。”的高度赞扬。其亦吸收孔子学说和六艺经传的精华，效法孔子精神，继《春秋》作《史记》，完成一代大典。
遭受腐刑
汉武帝天汉二年（前99年），武帝想让李陵为出酒泉击匈奴右贤王的贰师将军李广利护送辎重。李陵谢绝，并自请步兵五千涉单于庭以寡击众，武帝赞赏李陵的勇气并答应了他。然而，李陵行至浚稽山时，却遭遇匈奴单于之兵，路博德援兵不到，匈奴之兵却越聚越多，粮尽矢绝之后，李陵最终降敌。武帝愤怒，群臣皆声讨李陵的罪过，唯有司马迁说：“李陵侍奉亲人孝敬，与士人有信，一向怀着报国之心。他只领了五千步兵，吸引了匈奴全部的力量，杀敌一万多，虽然战败降敌，其功可以抵过，我看李陵并非真心降敌，他是活下来想找机会回报汉朝的。”然而，不久后去迎接李陵的公孙敖无功而还，谎报李陵为匈奴练兵以期反击汉朝，武帝便杀了李陵全家，而司马迁也以“欲沮贰师，为陵游说”被定为诬罔罪名。诬罔之罪为大不敬之罪，按律当斩。
面对大辟之刑，慕义而死，虽名节可保，然书未成，名未立，这一死如九牛亡一毛，与蝼蚁之死无异。想到文王拘于囚室而推演《周易》，仲尼困厄之时着作《春秋》，屈原放逐才赋有《离骚》，左丘失明乃有《国语》，孙膑遭膑脚之刑后修兵法，吕不韦被贬蜀地才有《吕氏春秋》传世，韩非被囚秦国，作《说难》和《孤愤》，《诗》三百篇，大概都是贤士圣人发泄愤懑而作。终于，在那个“臧获婢妾犹能引决”的时代，司马迁毅然选择了以腐刑赎身死。至此，司马迁背负着父亲穷尽一生也未能完成的理想，面对极刑而无怯色。在坚忍与屈辱中，完成那个属于太史公的使命。
史记得传
司马迁有一个女儿嫁给杨敞。杨敞在汉昭帝刘弗陵时曾官至宰相，与司马迁之女生二子：大儿子杨忠，小儿子杨恽。杨恽自幼聪颖好学，他的母亲把自己珍藏着的并且深爱着的《史记》，拿出来给他阅读。杨恽初读此书，便被书中的内容吸引住了，爱不释手，一字字、一篇篇，非常用心地把它读完。杨恽成年之后，还把它读了好几遍，每读一遍总是热泪盈眶，扼腕叹息。在汉宣帝的时候，杨恽被封为平通侯，这时候他看到当时朝政清明，想到他的外祖父司马迁这部巨着正是重见天日的时候，就上书汉宣帝，把《史记》献了出来，从此天下人得以共读这部伟大的史着。
主要成就
文史
公元前91年（征和二年），《史记》全书完成。[47]全书130篇，五十二万六千五百余字，包括十二本纪、三十世家、七十列传、十表、八书，对后世的影响极为巨大，被称为“实录、信史”，被鲁迅先生誉为“史家之绝唱，无韵之离骚”，列为“前四史”之首，与《资治通鉴》并称为“史学双璧”。
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