两个人又朝前走了很久，最终来到了一扇比赤木律子进入的那扇更大更厚实的金属闸门前，这时参森注意到，门口的读卡器前正站着一个身穿深色制服的男人，正在那里输入密码。这时，葛城美里突然掏出枪朝那个人走去。
见此情景，参森顿时紧张起来，迅速的藏到角落里。美里来到那人的身后，并将枪抵在了他的后脑勺上，那人立即举起双手，但他稍稍向后一暼，马上一脸轻松的说：“嗬，原来是你呀！”原来那人是加持良治。
“这就是你真正的工作吧？还是说这又是一份兼职？”葛城美里凶气逼人的问，“NERV特务监察部所属的加持良治，同时也是日本政府内务省调查部所属的加持良治。”
听见这话，参森心中的疑惑终于被解开了，原来加持良治是双面间谍。
“暴露了吗？”听了美里所说的，加持的表情变得像一只斗败了的公鸡。
“别小瞧了NERV！”美里步步紧逼。
“我可以对这件事情保密。”美里说，“但我也得让你知道，再干这份兼职，当心小命不保！”
“碇司令对此也已经有所察觉，可他现在还需要利用我，所以暂时还能多活一阵子。”加持回答，“但对葛城你隐瞒真相这件事还请允许我向你道歉。”
“你以为道歉我就会高兴了吗？”美里的情绪十分激动，但参森还是听出葛城美里说话的语气似乎是在担心加持，所以他猜测美里的枪里根本没装子弹。
“那么就让我告诉你，碇司令和律子瞒着你的一些事吧。”加持说着将自己的通行卡在读卡器上刷了一下。
金属制成的闸门在一阵沉闷的轰鸣声中缓慢的开启了，当大门完全打开后，美里和藏在角落里的参森看见门后面的东西后都惊呆了，只见在一座比EVA还要高大的巨型深红色金属十字架上，钉着一个全身乳白色的半身巨人！那巨人身上没有一根毛发，皮肤白的发亮，而且从外型上根本看不出是男是女。巨人的身上有好几处缝合伤疤，面部被一只白色面具覆盖住，只在面具的眼睛部位开了两颗黑洞洞的窟隆。巨人的身子从腹部以下就都全部没有了，但在腹部的位置却伸出了密密麻麻得如同树根一般的女性的腿脚。
看着眼前的这个巨人，参森和美里都目瞪口呆，“这…这难道是…EVA？”震惊之余，美里颤抖着说，但她突然想起了什么似的，急忙改口，“等等…难道说…”
“没错，这就是第二次冲击后所发生一切的关键，也是一切的始因，第一使徒，莉莉丝。”加持告诉美里。
“这就是莉莉丝！？”听了加持所说的，参森先是感到吃惊，马上愤怒起来。
傍晚，在新歌舞伎町二町目三番的一间狭小的饭馆内……
“果然是尼菲林人！”参森放下手中的茶杯，神情有些郁闷的朝坐在自己旁边，正在大口喝啤酒的鱶尾信吉说，茶杯里是据说能苦到摧人泪下的东京七草茶。
“你终于发现NERV地底下藏着的秘密了。”鱶尾放下手中的酒杯，对参森的反应似乎很满意。
“真嗣的父亲居然把这种恐怖的禁忌之物藏在这座城市下面，还以梦魇女妖的名字来命名！”参森越想越来气，“而且最令我感到不可思议的是，这尼菲林人居然和十五年前的第二次冲击有关！”
“现在你相信我说的话了？不过，这还只是冰山一角！”鱶尾不慌不忙的用筷子夹起锅中的一块烤好的牛肉送进嘴里，开始咀嚼起来，“第三新东京市虽然在名义上属于日本，但经过仔细分析后就不难看出，这座城市有它自己的一套独立运作的方式，无论从政治还是经济上都已经脱离了日本政府的掌控。”
“你的意思是……”参森似乎听出了其中的隐意。
“MAGI电脑负责一切政治事务，同时控制人口使得粮食生产可以自给自足，武装力量也全都掌握在NERV手里，整个第三新东京市已经完全成为了一个由碇元度统治的独立小国！”鱶尾说出了令人震惊的答案。
“是吗...”参森看着茶杯中的茶叶，发呆了……
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