而对有实土的侨置州郡县则根据人口、土地等情况进行合并，调整其隶属关系，将实土侨置郡县划归目前所属州郡管辖，使州郡与所属郡县不至于相互隔越。
比如把冀州在长江以南所辖的三个郡十六个县合并为一个郡，这个郡不再属于冀州，而是隶属于现在的江州，原来的官员根据能力择优录取，而对于无才无能的则直接辞退，类似于后世的下岗再竞聘上岗。
同时，对于保留下来的有实土的侨置郡县，桓温也采取了限制州府置将和属官的人数的措施，一举解决了自东晋成立以来置官滥乱的现象，大大减轻了人民的负担，减少了财政支出。
通过裁撤、合并侨置州郡县以及限制属官人数虽然大大提高了工作效率，减轻了朝廷的财政负担，但是也不可避免的触动了部分人的利益，在当时，能吃上皇粮至关重要，现在桓温直接把这些侨置郡县的官员的铁饭碗收走了，家族势力大的还好说，而哪些家族不行的就困难了，这就等于断了他们的活路。
所以在桓温推行裁撤、合并侨置州郡县的过程中，也总是伴随着不断的叛乱、造反，他们妄图通过这种方式来抵抗桓温推行的政策，让桓温知难而退。
然而，桓温的崛起就是造不断的打压士族崛起的，又怎么会被这些人的叛乱所吓倒，对于这些叛乱郡县桓温都是直接派兵剿灭，在桓温绝对的军事实力面前，这些叛乱基本上都被平息，叛乱官兵或被杀或被流民，桓温就是通过这种铁腕手段，完成了推行土断的第二步计划。
经过桓温的不懈努力，至兴宁三年正月的时候，东晋已经裁撤掉了六十多个侨置郡，二百多个侨置县，剩下的则合并成了二十二个郡，一百多个县，裁撤了官员达到了数万人，大大的减轻了朝廷的财政支持，也减轻了人民的负担，取得了极大的成功。
在完成裁撤、合并侨置郡县之后，桓温决定推行土断的第三步，也是最核心，也是最难、阻力最大的一步，那就是清查人口，重新核定户籍。
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