根据流行病学、临床症状和病理变化可做出初步诊断。
确诊需进行细菌学检查。
一般采取血液、内脏组织如肝、脾和肠管等病料进行细菌学检查。
先将病料涂片、染色、镜检，再进行分离培养；对分离出的疑似大肠杆菌应进行生化反应和血清学鉴定，然后再根据需要，做动物致病性试验，确定其致病性，只有证明分离株具有致病性，才有诊断意义。
鉴别诊断：
猪的大肠杆菌病应与仔猪红痢(产气荚膜梭菌性腹泻)、仔猪副伤寒、猪传染性胃肠炎、流行性腹泻、轮状病毒感染等引起的仔猪腹泻相区别。
ETEC引起的腹泻液呈酸性，而传染性胃肠炎病毒或轮状病毒引起的腹泻液呈碱性，有助于鉴别诊断。
牛的大肠杆菌病要与犊牛副伤寒相区别；羊的大肠杆菌病需与羔羊痢疾相区别；马的大肠杆菌病要与幼驹副伤寒相区别；禽大肠杆菌病则要与鸡白痢、鸡伤寒、禽副伤寒等相区别。
【防控】
本病的治疗可根据药敏试验使用抗菌药物，如土霉素、阿米卡星、庆大霉素、卡那霉素、氨苄西林、氨苯磺胺、呋喃妥因等，并辅以对症治疗。
近年来，使用活菌制剂，如促菌生、调痢生等治疗腹泻，有良好功效。
犊牛患病时，可用下述配方以调整胃肠机能：葡萄糖67.53%，氯化钠14.34%，甘氨酸10.3%，枸橡酸0.81%，枸橡酸钾0.21%，磷酸二氢钾 6.8%，取上述制剂64 g，加水2000 mL，即成等渗溶液，喂药前停乳2d，每天喂2次，每次1000 mL。
控制本病重在预防。
妊娠动物应加强产前、产后的饲养和护理，初生动物应及时吮吸初乳，饲料配比适当，勿使饥饿或过饱，断乳期间饲料不要突然改变。
对密闭关养的动物，要防止各种应激因素的不良影响。用针对本地流行的优势血清型的大肠杆菌制备的灭活苗接种妊娠动物，可使初生动物获得被动免疫。
在我国，消除鸡新城疫、低致病性禽流感及免疫抑制性疾病等诱因，对降低禽大肠杆菌病的发病率有重要意义。
使用一些对病原性大肠杆菌有竞争抑制作用的非病原性大肠杆菌(如NY-10菌株、SY-30菌株等)以预防仔猪黄痢的菌群调整疗法，已在国内某些地区推行，收到了较好的效果。
我国用重组DNA技术研制成功的仔猪大肠杆菌病K88、K99双价基因工程苗，以及K88、K99、987P三价基因工程苗，均取得了一定的预防效果。
【公共卫生】
本病的公共卫生意义主要是以0157：H7为代表的EHEC引起的食物中毒。
如1996年日本暴发流行的O157：H7事件，波及36个都府县，发病达万余人，死亡20余人，一时引起全球性恐慌。2011年德国暴发O104：H4大肠杆菌感染，短短两个月就出现4000多个病例，50人死亡，并扩散至瑞士、波兰、荷兰、瑞典、丹麦、英国、加拿大及美国。该事件再一次将全世界的目光聚焦在大肠杆菌病上。我国自1987年以来，曾在江苏、山东、北京等地分离到O157：H7，虽尚无感染暴发的报道，但EHEC在我国的潜在危险性不容忽视。
人的普通大肠杆菌病发病大多急骤，主要临床症状是腹泻，常为水样稀便，每天数次至10多次，伴有恶心、呕吐、腹痛、里急后重、胃寒发热、咳嗽、咽痛和周身乏力等表现。一般成人临床症状较轻，多数仅有腹泻，数日可愈。少数病情严重者，可呈霍乱样腹泻而导致虚脱或表现为菌痢型肠炎。
由O157：H7引起者，呈急性发病，突发性腹痛，先排水样稀粪，后转为血性粪便，呕吐，低热或不发热。小儿能导致溶血性尿毒综合征，血小板减少，有紫瘢，造成肾脏损害，难以恢复。婴幼儿和年老体弱者多发，并可引起死亡。也可表现为无临床症状的隐性感染，但有传染性。
0104:H4感染患者的临床表现主要包括出血性肠炎(腹泻、血便)、腹痛、溶血性尿毒综合征(HUS)、肾功能衰竭、溶血性贫血、血小板减少、血栓性血小板减少紫瘢(TTP)。最终可因肾衰竭和多脏器受损而死亡。
人大肠杆菌病最有效的预防是搞好饮食卫生。发病早期控制饮食，减轻肠道负荷，一般可迅速痊愈。婴幼儿多因腹泻而失水严重，应予以水、电解质的补充和调节，一般不用抗生素治疗，但对EIEC所致急性菌痢型肠炎，可选用敏感的抗生素和磺胺类药。EHEC感染多发生于儿童和老人，只要及时采用抗生素治疗，辅以对症疗法，一般不会危及生命，关键在于及时诊断，防止病情恶化，若发展为溶血性尿毒综合征，损害肾脏，则难以治愈。迄今尚无人大肠杆菌病的疫苗。
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