建立了DNA限制性内切酶图谱分析、核酸电泳图谱分析(如鸡传染性法氏囊病病毒、呼肠孤病毒等都有特征性电泳图谱条带)、寡核苷酸指纹图、核酸探针(Northern杂交、Southerm杂交、原位杂交、斑点杂交等)、聚合醇链反应(polymerase chain reaction, PCR)以及新近几年发展起来的DNA芯片(DNAchip)技术等。
在传染病诊断方面，具有代表性的技术主要有三大类：PCR技术、核酸探针和DNA芯片技术。
(1)PCR技术：
又称为体外基因扩增技术，诞生于1985年，由美国PE-cetus公司Mullis等人发明，1987年得到美国专利局的专利授权。
它不仅在疾病诊断领域而且在整个生命科学领域都是应用最广泛、最受青睐的技术。
PCR技术用于传染病的诊断主要是检测病原核酸，不仅可以检测活的病原体，而且还可检出已灭活的病原体，甚至是存放多年的病理标本，只要病原体的核酸未降解。
因此，当由于各种原因无法进行病原分离与鉴定时(如人工方法不能培养或极端危险不宜培养)，该技术将发挥巨大作用，既克服了技术难题，又安全可靠。
传染病的病原体主要有真核生物、原核生物和非细胞型生物(病毒)三大类。
每类病原体都有其特异性的核酸序列。检测出特异性核酸就能确定致病的微生物，从而确诊是哪种传染病。
PCR技术具有高度敏感性和特异性，可从10?个细胞中检出一个被病毒感染的细胞，可将同一病原的不同毒株或菌株区分开来，这是一般诊断方法难以办到的。
同时，PCR方法简便、快速，目前已广泛应用到几乎所有传染病的检测。
另外，由PCR技术与其他技术相结合又衍生出一系列相关技术，如反转录PCR(RT-PCR)、免疫PCR、抗原捕获PCR、毛细管PCR、套式PCR(Nested PCR)、重组PCR、多重PCR、荧光定量PCR等。
(2)核酸探针技术：
核酸探针又称为基因探针或核酸分子杂交技术。
该技术有三大组成部分：
待检核酸(模板)，固相载体(NC硝酸纤维膜或尼龙膜)，同位素、酶或荧光材料等标记的已知核酸片段(探针)。
该方法敏感性高，检测一个单基因仅需10?拷贝，能检测出低至10ˉ13g DNA，用单抗方法则至少需要10\u0027抗原分子；特异性强，可以从混合标本中正确鉴定出目的病原微生物，而且可从一个标本中同时检测几种核酸。
核酸探针诊断技术可用于所有病原体的特异诊断及分类鉴定；在混有大量杂菌或混合感染物中直接检出主要致病原，包括难以在体外培养的病原，检出隐性感染的动物，动物产品或食品的卫生检验。
但该技术由于操作复杂、耗时较长，特别是缺少商品化探针等原因，故仅用于科学研究，还从未在兽医临床诊断实践工作中应用过，因此无法与PCR技术相提并论。
(3)DNA芯片技术：
DNA芯片又称为基因芯片(gene chip)、微阵列(microarray)，属于生物芯片的一种。
根据微阵列上探针不同，DNA芯片又分为寡核苷酸芯片和cDNA芯片。
其技术和设备日趋成熟，在医学、遗传学等许多领域已有产品供应，例如筛选检测HIV蛋白酶基因和反转录酶基因突变的DNA芯片，某些癌症基因的诊断芯片，大肠杆菌、酵母的蛋白表达谱芯片，金黄色葡萄球菌、白色念珠菌DNA芯片等。
国外已有用于动物传染病诊断的报道，国内目前仍处于技术移植、探索和研究阶段，关键是试剂的商品化问题。
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