但二者的区别在于：
仔猪黄痢的病原致病性大肠杆菌。
仔猪黄痢表现为腹泻的粪便呈黄色，而仔猪红痢腹泻便一般为红褐色；
仔猪黄痢表现为生后12小时突然有1~2头发病，以后相继发生腹泻。
病变部位主要在十二指肠、空肠，肠壁变薄，严重的呈透明状。
胃黏膜可见红色出血斑。
仔猪红痢一般在胃和十二指肠不见病变，空肠可见出血、呈暗红色；
仔猪黄痢肠内容物多为黄色，而仔猪红痢多为红褐色。
细菌分离鉴定，仔猪黄痢可从粪便和肠内容物中分离到致病性大肠杆菌。
②与仔猪白痢的鉴别
二者均有精神沉郁，体温升高，食欲不振，腹泻等临床症状。
但二者的区别在于：
仔猪白痢的病原为致病性大肠杆菌，主要以10~30日龄多发，以20日龄左右最常见。
病猪粪便的颜色为乳白色，有特异腥臭味。
剖检病变主要在胃和小肠的前部，肠壁菲薄透明，不见出血表现。
细菌分离鉴定可见致病性大肠杆菌。
③与猪传染性胃肠炎的鉴别
二者均有精神沉郁，体温升高，食欲不振，腹泻等临床症状。
但二者的区别在于：
猪传染性胃肠炎的病原为猪传染性胃肠炎病毒，主要多发于冬、春寒冷季节，从出生的仔猪到成年猪均可发病。
仔猪红痢主要是7日龄以内的仔猪，尤其以1~3日龄的发病更为严重。
传染性胃肠炎有部分猪只出现呕吐，而仔猪红痢不见呕吐。
传染性胃肠炎腹泻粪便呈水样，粪便黄色、绿色或白色，不见血样便，偶见胃黏膜出血点，或胃底潮红，胃黏膜溃疡，十二指肠、空肠小肠段肠壁变薄透明。
抗生素、磺胺类药物治疗无效。
实验室诊断可以通过直接免疫荧光、酶联免疫吸附试验等方法确诊。
④与猪流行性腹泻的鉴别
二者均有精神沉郁，体温升高，食欲不振，腹泻等临床症状。
但二者的区别在于：
猪流行性腹泻的病原为猪流行性腹泻病毒，主要多发于冬、春寒冷季节，从出生的仔猪到成年猪均可发病。
仔猪红痢主要是7日龄以内的仔猪，尤其以1~3日龄的发病更为严重。
流行性腹泻有部分猪只出现呕吐，而仔猪红痢不见呕吐。
流行性腹泻粪便呈水样，粪便灰黄色、灰白色，不见血样便，偶见胃黏膜出血点，胃黏膜溃疡，十二指肠、空肠小肠段肠壁变薄透明。
抗生素、磺胺类药物治疗无效。
实验室诊断可以通过直接免疫荧光、酶联免疫吸附试验等方法确诊。
⑤与猪伪狂犬病的鉴别
二者均有精神沉郁，体温升高，食欲不振，腹泻等临床症状。
但二者的区别在于：
猪伪狂犬病的病原为猪伪狂犬病病毒。
病猪体温升高达41~41.5℃，发病后有呕吐，同时表现出神经症状，遇到声音的刺激兴奋尖叫，步态不稳，肌肉痉挛，角弓反张等。
同群或同场的怀孕母猪出现流产、死胎、木乃伊胎儿等症状。
剖检可见鼻出血性或化脓性炎症，肺水肿，胃底部大面积出血，小肠黏膜充血。
抗生素、磺胺类药物治疗无效。
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