为追剿卢循，刘裕从山东跑到越南，来回几千公里。灭掉卢循，刘裕气都没喘一口，又急着往回赶。这回不是后院被打劫，而是后院被人摘桃。
趁刘裕不在京城，刘毅开始给自己划拉地盘，不但给自己封个荆州刺史，还聚拢了几万嫡系部队，打算学桓温，做个荆州王。只可惜刘毅不懂天时，连卢循都对付不了，还想跟刘裕煮酒，这个呆子。
刘裕一路上火急火燎，可回到建康，竟然不闻不问，跟没事人一样。不是心大，而是有耐心，因为刘裕懂天时。
公元412年，天时终于到了。纯属人造天时，刘毅装病，要堂弟刘藩去荆州协助他。刘藩是兖州刺史，去荆州要路过建康，得向皇帝请安。等刘藩进了建康，刘裕果断下手，秘密处死了刘藩。
随后兴兵讨伐刘毅，王镇恶为先锋，刘裕率大军后援。临行前口授锦囊妙计：“假装刘藩队伍，如果能混进江陵，就自行决断，如果过早露馅进不了城，就坐等后援，不能擅自攻城。”
王镇恶是王猛的孙子，有勇有谋。到江陵后，留几个小兵在船上舞旗造势，几千个人拉长好几里行军。碰上巡逻队盘查，说是刘兖州的队伍，问刘藩人呢，说是在后边。巡逻队逆着队伍往后找，好几里长的队伍，等发现上当，前队已经进了城，再想关城门已经来不及了。
刘毅兵多，但分散扎营，遇到偷袭，根本来不及聚拢，只好坚守内城。双方势均力敌，互殴了一天，王镇恶有朝廷背景，有刘裕撑腰，越战越勇。刘毅既不符合道义，又找不着借口，士气越战越弱。刘毅心灰意冷，趁夜黑休战，带着几百个亲信突围出城，逃上一阵，身边剩了几十个人，再跑一阵，身边剩了十几个人。刘毅彻底绝望，找了棵歪脖树，自己吊死了。
刘毅死后，刘裕才赶到江陵，跟旅游似的，一点不着急。就这速度，根本没把刘毅当回事。等清理完刘毅的余党，刘裕又做了两件事，一件事是切割荆州，划出十个郡组建成湘州，自己担任湘州刺史。封司马休之为荆州刺史，管理剩余地区。
司马休之是皇家人，属于愣头青，没能耐，没心机，就是不安分。几次剿匪，他都没缺席，就是没赢过，唯一的优点是跑得快，会保命。让他管荆州，刘裕也放心，倒不是他忠心，而是好对付。
安顿好荆州，刘裕又做了第二件事，伐谯蜀。谯蜀又叫后蜀，是桓玄之乱时新建的酱油国，原本是东晋的地盘。当初益州刺史派参军谯纵领兵出川，协助政府剿灭桓玄，路走了一半，当兵的不干了，都不愿出川，逼着谯纵造反。
谯纵是个本分人，人缘好，做事谨慎，大家都服他，才推他当头。谯纵死活不干，逼的没办法，干脆跳河自杀了。随从赶紧把他捞上来，又给折腾活了。谯纵无奈，领着兵折回成都，杀了刺史，自封成都王，建立了谯蜀。
公元408年，刘裕派刘敬宣讨伐谯蜀。刘敬宣是刘牢之的儿子，有勇有谋，就是军功少，地位低。刘裕有意培养他，可惜家当太薄，只给了五千兵。况且谯纵派兵守住隘口，刘敬宣攻了两个月，最后弹尽粮绝都没攻下，只好撤兵。
这次，刘裕又想起谯蜀，不消化掉，始终是块心病。选帅的时候，刘裕照样培养新人，派参军朱龄石带兵。朱龄石跟马谡一样，是贴身参谋，没挂过帅，所以群臣反对。但刘裕有魄力，坚持用他，这时家底也厚，给了两万兵，外送一个锦囊，并且强调过了白帝城才能打开。
锦囊里装着疑兵之计，入川有两条水路，一条走内水，是近路。一条走外水，是远路。刘裕建议内水虚攻诱敌，外水搞偷袭。就是孙子兵法上说的：以正相合，出奇制胜。只是这次奇兵人多，是主力。
大军一路顺畅，直逼成都。快到成都的时候，谯纵在沿江设了一串堡垒，晋军只好登岸，挨个捣毁，跟闯关一样。战报传回成都，没等大军围城，谯纵先逃了。半道上遇到谯蜀的护国将军谯道福，以为是救星，可谯道福看不惯谯纵这么胆怯，干脆把谯纵给砍了。随后朱龄石攻杀谯道福，谯蜀灭亡。
收复四川后，刘裕打算继续搞内政，偏偏这时候，司马休之又不安分了，这次闹事的是司马休之的大儿子司马文思。这小子是个混混，也是个狠人，在京城招募轻侠，要行刺刘裕。碰上刘裕密探多，还没动手就露馅了。
刘裕很恼火，杀光了其他人，就留司马文思没杀，交给司马休之处置。知道司马休之是个老实人，还专门给了暗示。但司马休之太心疼儿子，舍不得杀，想道个歉了事。刘裕更生气，干脆自己动手，先砍了司马休之留在建康的小儿子和侄子，然后挥师江陵，讨伐司马休之。
刘裕向来打仗都是连根拔，可惜这次却失手了，因为对手是司马休之。司马休之确实不会用兵，刘裕一个冲锋，司马休之手下四万精兵当时就溃散了。刘裕想去擒贼王，可司马休之早没影了，人家天生会逃。刘裕一路追去襄阳，还是没抓着。
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