5.6亿斤煤的煤炭供应，导致了煤烟问题。
一到秋季，东南信风向西北信风转移之后，整个京师都会弥漫着煤炭生产的烟尘，普通人家只要开窗，就会有大量的黑灰覆盖，而冬日是煤炭使用的高峰期，呛人的烟气会让整个京师像是泡在烟灰缸里一样，还带着一些硫磺烧灼的味道，就连象征着皇权的皇极殿金顶，琉璃瓦上也被烟尘所覆盖。
监察御史冯梦祯、兵科给事中张鼎思，在奏疏里，请命停止西山煤局的采挖、水洗、烧焦、炼铁等事，而是向外转移，在人烟稀少之地设立，而京师民居烧煤，每年也应该有限定，而且要使用蜂窝煤，一种煤炸捣碎加入黄土的蜂窝状煤炭。
污染问题是存在的，解刳院的大医官敏锐的观察到了一个现象，在之前，西山的黑色蛾和白色蛾数量大致相同，但随着西山煤局的大量开采，煤灰的增多，黑色蛾的数量在快速的增加，而白色蛾的数量锐减，距离西山越近，现象越是严重，黑色蛾较不易被天敌发现捕食，适于生存。
冯梦祯和张鼎思的建议，的确能遏制煤烟问题。
可是有一个极其重要的问题，冯梦祯和张鼎思没有谈及，窑民如何维持生计。
家里没有粥才去门头沟，这两个言官，看到了煤烟的危害，也给出了能够缓解问题的办法，但整篇奏疏里，唯独没有提到西山窑民的生计，西山煤局一万三千窑民，是一万三千个家庭，是涉及超过五万口的切实生活。
“下章工部部议吧。”朱翊钧思索了良久，在奏疏上写道：理当缓减，逐步安置窑民为宜。
冯保低声提醒道：“陛下，工部肯定不会愿意减产的，眼下大明京师毛呢官厂、织造局，都需要煤炭，蒸汽机需要煤炭，炼铁炼钢、制备军械等等都需要煤炭，下章工部，工部亦有考成。”
没了煤炭，什么都干不成，西山煤局停了，京师的各种官厂就无法获得煤炭了，即便是胜州露天矿场开采，能够运抵京师，可是运费呢？洗煤、烧焦、炼铁炼钢、迁徙的再投入，这个钱谁来出呢？
工部有工部的考成，下章询问工部，那皇帝只会得到不同意。
“朕要的就是工部的不同意。”朱翊钧将奏疏放进了工部那个筐里，回答了冯保的疑惑。
污染？大明现在还没有奢侈到谈这个问题的时候。
朱翊钧不会舍本逐末，放弃好不容易开辟的局面，他要的就是工部的反对，同时也让工部想想办法，把这个黑灰、烟气抑制一下，搪塞一下言官那张嘴。
“陛下英明。”冯保收好了今天批阅的奏疏。
今天奏疏里有一篇解刳院大医官，李时珍和陈实功上的奏疏，讨论的是芥子世界，芥子是一个佛家用语，表达微小的世界。
纳须弥于芥子，藏日月于壶中。
佛观一碗水，八万四千虫，一碗水里有许多许多人眼看不到的虫子，这是大明光学发展的成果，望远镜和显微镜的出现和改进，为解刳院的大医官们打开了新世界的大门，在微小世界里，充斥着各种光怪陆离。
经过反复确认之后，人类、猴子、兔子、象、狮、虎、豹、狼等等，没有什么本质性的区别，都是温血动物，体温基本恒定，都有脊柱，都有毛发，都有膈膜，生活习性上，有筑巢、捕食、胎生、哺乳等等特点，而微小世界的虫子，是导致大部分疾病的源头。
多种可驯化的、易于繁衍或传播野生动植物，被人类所驯化变成了多种农作物和家畜，农耕和放牧的基本生产产生了剩余和交换，而剩余和交换让人们形成了定居和人口稠密的阶级化社会，最终诞生了政治框架、文字、刀枪剑戟铳等武器、征服海浪的船舶。
而农作物、家畜、人口稠密都是芥子世界微小虫子的温床，这本解刳院所上奏的《简论卫生疏》也是提醒皇帝为了健康，保持卫生，同样面对近来越来越严重的黑灰、煤烟，解刳院和皇家格物院制作了一种棉纺口罩，打算大规模量产，算是治标之法。
朱翊钧对棉纺口罩，给予了深度好评，对于久镇辽东、应昌等地的军兵而言，这棉纺口罩，也是御寒之物。
他对松江学派非常关注，这个打着自由旗号的学派，在京师设立了书坊和学舍，并且打算创办一个名叫《逍遥异闻》的杂报，而且还派了一个大儒入京。
松江学派在南衙开疆拓土，拓展的极快，在申时行和潘季驯的奏疏里，也说了此事，他们对此学派极为关注，一旦其不再是学派，而是有其他目的，那就要打入异端邪祟，以雷霆手段镇压。
异端邪祟的标准是非常明确的，大明禁止聚啸讲学，鼓噪生事，聚啸讲学的标准不模糊，挑唆民乱就是标准，可以畅所欲言，表述自己的观点，但绝对不能以讲学为理由，鼓噪生事。
万历九年八月初三，天高气爽，中秋将至，京师的行道树的枝叶变得枯黄，西山的枫叶开始变红，松树、枫树、橡树的叶片色彩斑斓，从翠绿到金黄，再到深红，层次分明，风一吹，卷起落叶飞舞。
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