韩建觉得唐昭宗不好摆布，就想废黜他，拥立其兄吉王李保。此时传来李克用起兵勤王的消息。患有恐李症的韩建害怕了，忙留下精兵宿卫京师，自己回到本镇华州。
李克用不依不饶，当年七月率军渡过黄河进围华州。韩建登城对李克用说：“我未尝失礼于河东，为何被攻打？”李克用道：“你身为人臣，逼天子杀大臣，无礼至甚！如果你是有礼者，那谁是无礼者呢？”
韩建深得华州军民拥戴，他们不肯向李克用屈服。李克用得知李茂贞和王行瑜试图劫持昭宗，遂将兵锋转向王行瑜。
王行瑜很快败亡，李克用一不做二不休，请求唐昭宗同意他消灭李茂贞。哪知道昭宗怕李克用做大，坚决不予批准。李克用担心河东有失见好就收。韩、李二人故态复萌，又变得傲慢起来。
求人不如求己。深知军阀靠不住的唐昭宗决心亲自掌控兵权，于是拿出家底，选补数万人为殿后四军，让诸王统领，缓和韩建等军阀的压力。
还没等韩建出手，李茂贞就迫不及待地跳出来。他认为昭宗让亲王典兵明显是针对自己，一旦天子新军编练完成，自己的好日子就一去不返了。于是再度进军长安。
昭宗只得向李克用求援，可李克用这次却不肯奉诏。李茂贞击败新军逼近长安。昭宗只得率百官和诸王逃离长安。
昭宗离京后不知道该去投奔哪家藩镇，这时韩建又奉表奏请昭宗就近巡幸华州。想起韩建的逼宫嘴脸，昭宗有心不许，哪知道韩建不停上表。昭宗实在抹不开面子，加上随行官员也不愿走远，于是就派人召韩建面议。韩建光着脚跑进行在哭着说：“现在跋扈的藩臣不止李茂贞，陛下要是离开宗庙园陵远巡边疆，臣害怕车驾渡河就回不来了！如今华州兵力虽微，却控带关辅足以自保。且西距长安不远，愿陛下驾临以图兴复。”昭宗一听感动得哭了。韩建或许不靠谱，但谁又能保证李克用靠谱呢？
于是七月十五日昭宗移驾华州，以府署为行宫，韩建则避居龙兴寺办公。
昭宗明白韩建接自己到华州的目的，索性加封韩建为中书令。
韩建手里有了天子这张好牌，不免有些得意忘形。他让李巨川传檄天下诸藩把粮饷送到华州，用来修复被李茂贞破坏的长安城。
昭宗在华州呆得久了，君臣间的矛盾再次浮出水面，特别是韩建和护驾诸王的矛盾愈演愈烈。作为一个地方实力派出身的权臣，韩建一点也不喜欢护驾诸王和他们掌控的殿后四军。于是他和李巨川合谋，借口西汉七国之乱和西晋八王之乱，说诸王典兵预政不利国家，应该让他们解散军队回家读书。他甚至指使人密告昭宗，说诸王欲谋杀韩建后劫驾去河中。昭宗无奈，只得解散四军，然后勒令诸王归十六宅思过。其甲兵都交给韩建掌管。殿后四军二万余人也全部解散。
韩建上表称李嗣周、李戒丕等诸王谋反，请杀之。昭宗不予回复。韩建便与宦官刘季述矫诏抓捕十一王，将他们及侍者驱赶到石堤谷，无论老少通通杀死。
韩建经营南庄，起楼阁，想邀昭宗游幸时废了他，改立太子李裕。其父韩叔丰对他说：“你只是陈、许间的一介田夫，蒙天子厚恩才有了现在的地位，却想凭两州百里之地行大事，我不忍见灭族之祸，不如先死！”说着就哭起来。韩建只好作罢。
乾宁五年（898年），朱温占据东都洛阳，局势发生了重大变化。李茂贞、韩建和李克用建立暂时联盟，他们觉得宁可让昭宗回到长安，也不能让他落到朱温手里。于是唐昭宗回到长安，改元“光化”，以资庆祝。
光化三年（公元900年）十一月，昭宗出猎皇家猎场，多饮了几杯酒，醉意甚浓，回到宫中天色已是昏暗。一小太监与二、三宫女在殿头捉迷藏，不提防万岁驾到，小太监和宫女们慌忙趴在地上叩头。昭宗拔下佩剑亲自砍下他们的脑袋，血染袍袖，然后怒冲冲地跑到皇后宫中，责备何皇后约束不严。何皇后立即伏地请罪！
谁知昭宗杀死几个太监、宫女，竟惹起宫中数千太监的公怒。第二天早朝，小太监们相约不开宫门，群臣等候多时宫门不开。大太监刘季述已知内情，随即带领事先准备好的禁兵千人破门而入！那宫中太监一齐围住刘季述，诉说皇帝杀死太监和宫女的情形。刘季述本身也是太监，一听自然大怒，立即把在朝的文武大臣唤进宫去，对着众大臣说道：“主上如此作为，怎么可以治理天下？废昏君，立明主，自古如此。今为国家请立太子，愿大臣们联名上书，劝上禅位！”崔胤等大臣见殿前陈列着许多兵甲，谁敢不从！于是都用发抖的手在联名状上签上了自己的名字。
有了大臣们的联名状，刘季述有恃无恐，带领甲士包国了昭宗所在的乞巧楼。甲士们逢人就砍，见人就杀，可怜宫女太监们服侍皇帝不周要被杀，忠于保护皇上同样要被杀！为宫女、太监抱不平不过是刘季述废帝立帝的借口而已！
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