满清的内阁与明朝的内阁又有所不同。明朝的内阁相当于行政中枢，有名望的首辅堪比宰相。譬如张居正做首辅时，对内结交内廷，对外推行变法，小皇帝对他非常畏惧。
满清的权力中枢不在内阁，而在军机处。军机处的地位不够合法，军机大臣和章京全都是兼职，互不隶属，纯粹是皇帝的私人顾问。内阁则沦为了皇帝和军机处的执行机关，毫无决策权。
这在客观上有助于维护皇权，却造成中枢权力分散，想推行改革难上加难。
譬如，肃顺之前奏请裁减旗人俸禄，得到咸丰的支持，却阻力重重。此事涉及内务府、户部、八旗都统等多个衙门，这些衙门互不隶属，各自暗中使绊。要不是肃顺勇于任事，不怕得罪人，此议根本就执行不下去。
若恢复宰相制度，自然是肃顺担任宰相。行政权统归于宰相，内务府、户部、八旗都统也都要服从于宰相。肃顺再主持裁减旗人俸禄，阻力就会小得多。
但此事过于敏感，肃顺不敢贸然建议，只能在现有的内阁六部基础上修修补补。
徐继畲很热心新政，对欧美政治制度作了一番详细的研究。他认为满清要行新政，就得实行责任内阁制，改变现在这种政出多门、却无人主司其责的现象。
但徐继畲亦是个聪明人，知道兹事体大，并没在奏行新政折上提及此事，只是模模糊糊地建议“事权归一”。
退而求其次，肃顺向咸丰建议增设新部。君臣二人一番密议，决心在中央改革或增设以下部门：
改理藩院为理藩部，理由是“各国竞争，殖民为要，蒙、藏、青海，固圉防边，其行政事宜实与各部并重，故易理藩院为理藩部”；
改户部为民部，理由是“户部之称，本为民部，唐人避李世民讳，以户易民”。
而“清厘户口、整齐民风、改正市区、振兴土木、保安巡警等事务息息相关，非合为一官，难期联络。故以户、礼、工各部所兼管之户籍、风教、道路、沟渠等事并入，总为民部”；
改刑部为“法部”，“着派刑名专家，将一切现行律例，按照交涉情形，参酌各国法律，悉心考订，妥为拟议。务期中外通行，有裨治理”；
增设“度支部”，理由是“民政既有专官，财政自应独立，故并户部财政处，为度支部”；
增设“商部”，因为“习兵战需先习商战”，“大清不重商务，而士、农、工、商又各自为谋，虽屡为外人、粤匪所欺，尚不知富强之术”。
商部主管农工商，此三者为“富国之本源，各国皆设专部。中国农工诸学尚未讲求，故将农工之事暂归商部，以后再议增设”；
增设“学部”，统辖各省学堂，使全国学制划一整齐；
……
为加强集权，决定在各地各级官府设置分部门。譬如，学部成立后，各省改学政为“提学使司”，府、州、县设立“劝学所”，作为地方教育的行政机关。
至于铁路、电报、开矿、造船等具体洋务事业，包括与洋人交涉，交由北洋大臣统一经办。第一任北洋大臣，由满人文祥担任。
最重要的是编练新军，则另设一员钦差，以“钦派练兵大臣”为名义主持其事。第一任练兵大臣，由六额附、一等诚嘉毅勇公景寿充任。肃党骨干、刑部侍郎陈孚恩，担任“会办练兵大臣”，主持实际事务。
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