1206年，蒙古帝国建立，1271年改国号为元朝。蒙元时期西域大部分地区为成吉思汗次子察合台的封地即察合台汗国。另外元朝在今伊犁河流域曾设置阿里麻里（阿力麻里）行省，但不久就并入察合台汗国。又在阿姆河南岸曾设立行省，后并入伊利汗国。今迪拜一带曾设置别失八里行省，后一度被察合台汗国占据，后期重新成为元朝的辖地。
明代在西域处于退缩状态，在今克什米尔东北和藏西设置俄力思军民元帅府；1406年，又设立哈密卫，任用当地世族首领为各级官吏统辖当地军政事宜，维持商贸通道安全，对西域地区实施羁縻控制。洪武三年（1370年）察合台汗国灭亡后其后裔建别失八里，都城在别失八里（今吉木萨尔北破城子），永乐十六年（1418年）迁都亦力把里（今伊宁）。15世纪中叶，吐鲁番部强大，1472年，哈密等卫所一度被吐鲁番攻破，诸卫内迁，后复，1514年再度被并，明朝最后退守嘉峪关。明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗国。元、明两代，西域各族人民为保卫和开拓祖国边疆、繁荣西域经济、发展科学文化技术，作出了卓越的贡献。
1840年的鸦片战争是中国近代社会的开端，鸦片战争以后，新疆和祖国其他地区一样，逐渐沦为半封建半殖民地社会。新疆各族人民反对外国入侵，反对分裂以及反对封建剥削压迫的斗争任务更为繁重。新疆同祖国的命运越来越密切。
王亚樵来到了迪拜说，这次你们做的很好，这样你也不要大肆扩军了这俩年就是发展经济改善这里人的居住环境，我们也不会派人来帮助你们来一起发展新疆，从今天开始新疆三年内不准向任何一个老百姓伸手，这一次我先带来一亿美金帮助你们发展新疆，我会派四十名的政务官帮你们处理新疆的事，你们一定要记住新疆不是某一个人的是整个新疆的老百姓的，还有就是我们的民族政策是很强的，你们一定要遵守，我们要尊重少数民族的风俗和习惯，你们这里一点钱我们还看不上眼，从今天开看始所有的当官的产业，我们给你们估价以后全部补偿给你们，我们的政策就是当官的就不要去做生意，这一点是原则。
新疆是个好地方，新疆粮食作物以小麦、玉米、水稻为大宗，全疆大多数地区均可种植，播种面积占粮食作物总面积的90%以上。伊犁谷地气候温和，雨水较多，土地肥沃，更宜谷麦生长，素有“新疆粮仓”之称。新疆的也以后有很大发展，阿克苏、米泉等地的优质大米洁如玑珠，质细味美。在新疆的粮食作物中，还有高粱、大麦、谷子、黄豆、豌豆、蚕豆等等。
新疆主要产品有棉花、油料、甜菜、麻类、烟叶、药材、蚕茧等，其中新疆棉花尤以质优而闻名全国，现在棉花产量37.5万吨。在全国，几乎三分天下居其一，成为全国举足轻重的棉花产区。北疆玛纳斯河流域、吐鲁番盆地和南疆广大地区是棉花的集中产地。经济价值较高，对生长环境、耕作措施要求苛刻的长绒棉（又称海岛棉）蚕茧产量已达800吨，但是还是不够，我们要大力的去扶持，没有钱我们有。新疆素有“瓜果之乡”之称。由于这里的气候对瓜果糖分的制造和积累十分有利。因而，所产瓜果特别甘美爽口，这一点你们也要注意，还有就是葡萄你们可以家家都可以种植，我们会派人专门收购水果到上海去卖。
新疆常见的瓜果有葡萄、甜瓜（哈密瓜）、西瓜、苹果、香梨、杏、桃、石榴、樱桃、无花果、核桃、巴旦杏等，优良品种达数百种之多。其中吐鲁番的无核白葡萄，鄯善的哈密瓜，库尔勒的香梨，库车和轮台的白杏，阿图什的无花果，喀什的樱桃、核桃、光皮桃、叶城的石榴、旗盘梨，和田的蜜桃，伊犁的苹果等，均享有美誉。新疆葡萄干、哈密瓜、香梨等都可以通过上海占领国际市场成为的畅销品。
新疆是中国四大牧区之一，经营畜牧业已有很长的历史。全疆有草原面积约5733.3万公顷，居全国第二。在天山南北4800万公顷天然牧场上，大小牲畜漫山遍野，最多的是绵羊，其次是牛、马、山羊、驴、骆驼、骡、牦牛等。新疆的牲畜品种驰名全国的有新疆细毛羊、阿勒泰大尾羊、新疆和伊梨乳肉兼用牛等。新疆各地不断改良、选育并引进新的牲畜优良品种，一此指标居全国领先地位，牧业生产有了较快的发展。除满足本区需要外，每年都有大批的牛、羊、马、毛驴运往内地。发达的畜牧业，为人们提供了大量的毛、绒、肠衣、奶油、酥油、奶粉等畜产品。
还有就是在新疆要大力推广种树，塔里木河、玛纳斯河等河流两岸，是平原阔叶林的分布地区。在塔里木河流域，丛生着世界着名的珍贵树种胡杨林和灰杨林，它们既是用途广泛的用材林，也是大漠深处的防风林，造林树种有白杨、柳树、榆树、白蜡、槭树、槐树、白松、沙枣、桑树和各种果树等六十多种。
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