但是由于当时对手波士顿凯尔特人队实力太强大，火箭队与球队的历史上的第一座总冠军奖杯擦肩而过。
1981-82赛季，摩西·马龙迎来一个辉煌的一个赛季，联盟场均第二（仅次于乔治·格文）的31.1分及排名第一的14.7个篮板使他第二次竞逐MVP奖项。常规赛结束后，火箭队以46胜36负的成绩列中西赛区第二。
但在季后赛中，火箭队在首轮以1-2败给超音速队。在赛季结束后，马龙得到了个人首个MVP的头衔。赛季后，摩西·马龙成为了一名自由球员，哈基姆·奥拉朱旺76人队提供了一份价值1320万美圆的巨额合同。
火箭队先拒绝并开出相同价格，再将马龙交易至76人队换来卡德威尔·琼斯和一个首轮选秀权。马龙的离去同时也带走了火箭的精神和灵魂，球队在接下来的两个赛季里苦苦挣扎。
1982-83赛季，火箭队创造了14胜68负的联盟最差战绩，并且没有一个队员单场能拿到超过15分。糟糕的成绩却为球队带来高位选秀，连续获得1983、1984两年的状元签。
火箭队在这两年分别选了拉尔夫·桑普森和阿基姆·奥拉朱旺（后改为哈基姆·奥拉朱旺），组成联盟前场的最高双塔，火箭队也确立了以两位状元为核心的技战术体系。
1984-85赛季，火箭队取得48胜34负的常规赛战绩列中西组第二，可是虽然重返季后赛，却在首轮2-3败给犹他爵士队。
1985-86赛季，在“双塔”的带领下，休斯敦火箭队轻轻松松地便杀进了这个赛季的总决赛，波士顿凯尔特人队再一次成为了火箭队在总决赛中的对手。与1980年的结果一样，年轻的火箭队再一次倒在经验丰富之下，再次无缘总冠军奖杯。
1986-87赛季，火箭队经历“后卫风波”，多名优秀后卫因为滥用药物而被联盟禁赛。火箭队为自己这种不成熟的做法付出了代价。80年的后期，火箭队有变成了一支碌碌无为的球队，再加上球队的明星桑普森因为受伤离队之后，火箭队在当时最好的成绩也不过是季后赛的首轮而已。
1988-89赛季，由哈基姆·奥拉朱旺、索普、弗洛伊德、迈克·伍德森和巴克·约翰逊组成首发阵容的火箭队在常规赛中取得45胜37负的成绩，排名中西组第二。
但在1989年的季后赛首轮中1-3被超音速队击败。奥拉朱旺在这个赛连续第三季进入联盟第一阵容，以场均13.5板成为篮板王，并史无前例地在同一个赛季同时还得到200+次抢断和200+次封盖
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