1661年（清顺治十八年，永历十五年）五月初五，郑成功改赤崁为“东都明京”，设承天府及天兴、万年二县。敌军守将描难丁战败投降。于是成功留部将杨朝栋守赤嵌楼，亲自率军乘胜进攻赤嵌城。然而揆一仍然企图据险顽抗，成功命令大军把赤嵌城严密包围起来，发炮向城里进攻。赤嵌城被围困了七个多月，敌军官兵死伤一千六百多人，最后荷军水源被郑军切断，揆一只好扯起白旗，宣告投降。七月中旬，停泊于外海的荷兰援军遭遇强风侵袭，被迫离开大员海岸。
八月中旬，荷、郑两军于台江内海展开激烈海战，郑军大获全胜，击沉一艘荷兰军舰，并夺取船只数艘，自此荷军丧失主动出击的能力。荷兰大员长官揆一投降条约上签了字。在十二月二十日向郑成功屈服，揆一率领残敌五百人狼狈退出台湾。
自此，宝岛台湾正式回归南明国姓爷管辖之下。
1661年（清顺治十八年，永历十五年），顺治帝崩，皇三子康熙帝继位；郑氏降将黄梧向当权者鳌拜建议“平贼五策”，内容包括长达20年的迁界令，自山东至广东沿海二十里，断绝郑成功的经贸财源；毁沿海船只，寸板不许下水；同时斩成功之父郑芝龙于宁古塔流徙处（一说斩于北京菜市口）；挖郑氏祖坟；移驻投诚官兵，分垦荒地。
郑成功接连听闻噩耗，加上在台将士水土不服人心惶惶，其子郑经又在澎湖与四弟的乳母私通，使得郑成功内外交逼，于1662年（清康熙元年，永历十六年）五月初八（6月23日）急病而亡，年仅39岁。死前大喊：“我无面目见先帝于地下”，抓破脸面而死。
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