由此，引起巫妖大战。巫族有剩余十祖巫，妖族有东皇太一凭借周天星斗大阵和混元河洛大阵守护天庭。经此一战，东皇太一与祖巫俱身损。若干上古妖族身亡，剩余有的躲藏起来，有的归附仙道(如灵宝道君所创截教，被尊称为通天教主)，巫妖两族由此势弱。
此后阐教(元始天尊所创，其弟子有云中子、十二金仙等)、截教(大弟子多宝道人，无当圣母等等)兴起。接引道人演沙门，立西方教，接引道人即为佛主阿弥陀佛，准提道人则为二教主。人间界仍有大巫部落，视妖族、人类为一族(人为女娲所造)，仍大战不休。九黎部落蚩尤举部落之力，以巫族秘术造十二都天神煞大阵，欲聚十二祖巫之灵为己所用。但人教大兴，轩辕拜师于广成子(广成子为阐教十二金仙之首)，广成子助轩辕杀蚩尤，灭其部落，轩辕遂为人皇。
其后，轩辕孙颛顼氏又伤巫族首领九凤，灭其族。至此，巫族不成气候。至大禹时，人教达顶峰。后白起被真武荡魔大帝化身徐福用计镇压进山河社稷图，嬴政与勾陈双双身陨，此后，人间界巫族几乎销声匿迹。人间界经巫妖大战后，被打碎成无数块，散落成宇宙，再也不能合拢。六道轮回附近，因太阳星、太阴星残存下来，碎块形成地球，因被阴阳滋润，故有灵气。人间界居民剩余大部分仙、妖、人中，有神通者俱都搬往地仙界，与早先移民过去的居民共居地仙界，有大神通者纷纷开宗立派，地仙界中修行成风。而散落于洪荒深处的居民，因路途无限遥远，却回不来了。东皇太一身损后，三清推举鸿钧身边童子童女为天庭玉帝、王母。巫妖大战后，阿修罗一族出幽冥血海，在地仙界、人间界传下道统，为阿修罗魔教，亦名大乘魔教。偏颇教义的法门，结合了巫法、妖术，仙法，为小乘魔教。
盘古涅磐，元神结合清气上升而成三清，是为太上老君、元始天尊、通天教主。精血结合浊气下沉，集天地混沌五行成灵，是为巫族，传说化身有十二祖巫。是以十二祖巫以及三清皆乃盘古正宗。巫族天生肉身强横无匹，吞噬天地，操纵风水雷电，天山移海、改天换地。
妖族有帝俊、东皇太一，妖师鲲鹏，十太子(十大金乌)，十二妖神(商羊、陆吾/开明兽、计蒙、英招、白泽、穷奇、甪端、钦原、鬼车、毕方、九婴、重明鸟)，三百六十五周天妖神。还有亿万妖族妖兵。盘古开天后，妖族、巫族两族为洪荒天地主角。
祖巫好战，共工与祝融因水火不相容，在不周山大战，双双身损，其间共工怒触不周山，天柱断，女娲补天，期间五彩石碎片落于洪荒之中(该五彩石碎片吸收日月精华后，孕育出孙悟空，投奔于准提道人门下，此乃后话)。
巫族剩余十祖巫(帝江、句芒、蓐收、烛九阴、强良、奢比尸、天吴、弇兹、玄冥、后土)。
东皇十子(陆压)犯过天条，金乌游历太古洪荒大地，生灵涂炭。随后由于东皇责罚过轻，大巫夸父不满，行逐日之事，东皇十子杀夸父。于是，大巫羿大怒，举部落之力，加以巫族各种秘术，造箭射杀九只金乌。双方矛盾日益激化。羿被妖族杀死后，东皇第十子取夸父、后羿精气于一葫芦，是为斩仙飞刀。(后来，在封神一战中，东皇第十子化为陆压道人，大放异彩)
巫族有剩余十祖巫(共工与祝融在不周山陨落)，以及大量太古洪荒大巫(蚩尤、九凤、刑天、相柳等)，一同杀上太古洪荒天庭。
妖族有东皇太一(执掌混沌钟)、帝俊、妖师鲲鹏，以及众多太古洪荒妖神(十二妖神:商羊、陆吾/开明兽、计蒙、英招、白泽、穷奇、甪端、钦原、鬼车、毕方、九婴、重明鸟)，凭借周天星斗大阵、混元河洛大阵守护天庭。
剩余十大祖巫、大巫九凤和另一位强横古大巫一同，运转十二都天神魔大阵，对抗妖族摆下的周天星斗大阵、混元河洛大阵，以阵破阵。
由于十二祖巫没有聚齐，无法凝聚出等同于天道圣人出手的威力，而东皇太一又执掌东皇钟(混沌钟)，所以巫妖双方斗了个旗鼓相当。最终，双方发死力，双双破败，众祖巫合身自爆，与东皇太一、帝俊等人同归于尽。其中，妖师鲲鹏偷取河图、洛书，逃之夭夭。
经此一战，太一、帝俊与祖巫俱身损，妖神、大巫死伤无数。剩余残存者有的隐退躲藏，有的散落洪荒星辰之中迷失方向。许多巫族残存者退隐幽冥地府，妖族残存者退守北俱芦洲。巫妖两族由此势弱。
巫妖两族同归于尽，自此没落，人教大兴。
大战过后，先天种族(乃是由天地孕育的种族)各族损失惨重，彻底失去了争霸洪荒的实力，被迫退出历史舞台。巫妖二族退出争霸后，人族在三皇治世，五帝为君后兴盛，开始了称霸洪荒的时代。六大天道圣人之中，元始天尊抓住妖族屠戮人族女娲却见死不救的把柄，排挤女娲并剥夺了女娲拥有的人族气运。
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