瞿式耜看到这种暴行，遏制不住心头愤怒，挺身遮住张同敞大声说：”这是总督张同敞，是国家大臣，他和我一样抱定为国牺牲的决心，要死，我们一起死，不得无礼！”
孔有德乃止，复道：“我知公等孤忠，实不忍杀公等，公等何苦，今日降清，明日即封王拜爵，与我同似，还请三思。”
瞿式耜抗声道：“你是一个男子汉，既不能尽忠本朝，复不能自起逐鹿，？还得自夸荣耀么？本阁部累受国恩，位至三公，夙愿殚精竭力，扫清中原，今大志不就，自伤负国，虽死已晚，尚复何言。”
孔有德知道一时无法劝说，命令把两人囚禁在风洞山（今称叠彩山）临时监狱里。关在不同的房间，但允许二人互通消息，以图徐徐劝降。同时，他还派人送去精美食物，但都被两个人掀翻在地，斥为”猪狗食物”，直到送饭人换成了一个前明的礼部主事方才罢手。
瞿式耜在囚室里，孔有德仍然不止一次地派人劝降，都被拒绝。后来，孔有德降低了希望，提出只要二人剃发为僧即可免于一死，也被其严词拒绝。
瞿式耜被囚中他写了不少诗，期间与张同敞诗歌唱和，后来汇编为《浩气吟》，其中式耜的两句是这样写的：“莫笑老夫轻一死，汗青留取姓名香。”张同敞则回应：“衣冠不改生前制，名姓空留死后诗。”他把自己生死置之度外，却念念不忘国家的抗清大业。他写了一封密信给焦琏，告诉他清兵在桂林的虚实情况，要他迅速袭击桂林。恐怕因自己囚禁而焦琏有所顾虑，又叮嘱说：“事关中兴大计，不要考虑我个人得失。”这封信被巡逻兵搜获，献给孔有德，孔知道无法改变他报国的决心了。
十一月十六日这天的早晨，忽然有清兵开门，声称：“请瞿阁部、张大人议事。”二人自然知道是怎么一回事，于是瞿式耜神色不惊的对来人讲到：“稍等片刻，待我写完《绝命词》。”于是，瞿式耜提笔写道：“从容待死与城亡，千古忠臣自主张。三百年来恩泽久，头丝犹带满天香！”然后，二人整肃衣冠，向南行五拜三叩头之礼（辞帝之礼），置于几案诗稿之上，携手同步，出得门来。
瞿式耜二人行至桂林城北叠彩山，他眺望远处，目之所及，依旧满目风光，于是对刽子手说：“我生平最爱山水佳景，此地颇佳，可以去矣！”张同敞心情却是激荡万千，亦说道：“我听说忠臣孝子的德行会感动上天。”1650年（顺治七年、永历四年）农历闰十一月十七日两人在仙鹤岩（风洞山南），慷既就义。
瞿式耜、张同敞二人死后，已经出家为僧、法名性因的原明朝大臣，被瞿式耜营救下来的金堡出面安葬了二人。
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