随着努尔哈赤兵马越来越多，万历二十九年（1601年），努尔哈赤在吞并乌拉以后对属下人马进行一次整编，以三百人为一牛录，设置一牛录额真（后称佐领）管理，并以黄、白、红、蓝四色为四旗。
万历四十三年（1615年）十一月，随着努尔哈赤军队规模的不断扩大，于是以五牛录为一甲喇，设一甲喇额真（后称参领）；五甲喇为一固山（旗），设一固山额真（后称都统），以梅勒额真（后称副都统）二人副之；固山额真之上则由努尔哈赤之子侄分别担任旗主贝勒，共议国政。旗的数目又在原有四旗基础上再增镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗为八旗，分长甲、短甲、巴雅喇三兵种，分别是清朝时期前锋、骁骑和护军营的前身。
除了军事外，八旗制度还兼有行政、生产、司法、宗族诸职能。努尔哈赤创制八旗使凝聚力涣散的女真部民整合为一组织纪律性很强的社会整体，增强了军队战斗力的同时也成为了努尔哈赤成就霸业的一把利刃。
努尔哈赤还采取了正确的用兵策略，一般是由近及远，先弱后强，逐步扩大。他积极争取与蒙古联盟，尽力避免过早地遭到明朝的打击，直到万历四十六年（1618年）以七大恨发动叛乱以前，没有受到明军的征剿，这极大地有利于统一女真事业的顺利进行。充分发挥了军事指挥才干。他长于用计，重视保密，多谋善断，议即定，定即行，出兵犹如暴风骤雨，迅不可挡，经常以少胜多，变被动为主动。
正是由于努尔哈赤在政治以及军事上一系列的改革和创新，使得后金不断强大，为后来清朝建立奠定了非常重要的基础。
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