章天雷看着屋里的一众将领，商量好了应对计划后，开始下令，
“现在我命令，冯宝之率领5000海军防守长崎海域并保证和大明福建、台湾等地航线的畅通，颜思齐、郑芝龙各率领2500海军袭扰倭国海疆，分散他们的注意力，闫志航带兵8000防守长崎北方，杨天生带兵8000守长崎南方，章三虎带兵8000守长崎东方，我亲自带兵6000居中指挥；你们要记住我们的目的不是歼灭他们，首要任务是要守住长崎，这也是侯爷给的死命令，尽量给侯爷争取调兵的时间，等我们援军抵达，就是我们彻底剿灭他们的时候，诸位立功的机会来了，就看谁能把握住了”
“是，将军，保证完成任务”
听到章天雷的命令，所有将领立即起立向章天雷敬礼，并大声喊道。
这些年他们一直都没有放松训练，加上黄煜足粮足饷、精良的铠甲武器装备，他们都非常的有信心，他们也都知道黄煜从来不会亏待立功的将士，赏赐更是非常丰厚，手下的将士都憋着一股劲，想多立点功，以后就算退伍了也能有一个富足的日子。
而颜思齐、郑芝龙、杨天生等投靠了黄煜的人，这些年黄煜一直对他们一视同仁，但是他们也都想立功来向黄煜证明他们的作用。
随着章天雷的一声令下，整个长崎开始行动起来，长崎暂时恢复军管状态；
第二天，海军战士陆续的登上战舰，之后战舰一艘艘的离开码头，向着他们各自的目标而去；陆军闫志航、杨天生、章三虎三人也各自带着军队，前往已经提前准备好的防御工事，他们的目标就是防御，为黄煜争取时间。
此时的京城黄家庄，黄煜已经收到了倭国之战开始的消息，当鸟取受到攻击时，闫志航撤退到了长崎后，章天雷就立即派遣蒸汽船向黄煜做的报告。
黄煜看了手里的报告，紧急找来了徐光启和徐骥商议对策。
徐光启和徐骥很快就来到黄煜的书房，他们看过章天雷送来的情报后，都是一脸的郑重，因为上次黄煜已经和他们说过了倭国可能要启动乱，当时商议了一下也是没有什么办法，南方的兵马暂时都没法调动，只能先拖延时间等拿下大明内的几个省后，人马充足了才能对倭国用兵；表面上看大明兵马众多，但是真正能够动用的还是不足。
“岳父，上次说的整编陕西、河南、江西、浙江、山东五省兵马的事怎么样了，”
“整编的事我已经以内阁的命令发出了，但是这才过去不到一个月，就算各地收到命令要完成整编的任务，最少也要等半年以后了，”
黄煜听了徐光启的话，他也都理解现在信息传递、兵马调动都太慢了，同时也让黄煜感到他手下急缺一些能够统筹兵马的帅才，徐光启和徐骥都是文人，对于军事上还是不太专业；黄煜本来准备等军校建好了在招那些人来的，现在看来要提前找来了。于是黄煜对徐光启说
“岳父，我这里需要几个人，把孙承宗、孙传庭、祖大寿、满桂、卢象升、曹文诏、毛文龙、秦良玉等人以内阁的名义全部招来京城，还有各地的一些有名气的将领都招来京城，我要好好安排一下。”
徐光启和徐骥没有问黄煜调这些人来京城做什么，但是这些人尤其前面几个都是统兵的的，想来是要商量兵马的事，现在徐光启是朝廷首辅，京城的武勋和官员基本都投靠了黄煜，也只有地方上有一些人阳奉阴违，总体上大明已经没有什么势力能影响黄煜的大势了。
黄煜暂时也没有什么办法，只能派出船只给章天雷传信让他做好长时间作战的准备，又让台湾优先保证日本的后勤补给和丹药补给，给南方各省传信补充兵员，每省最少要有陆军，还要再招收一批预备役，以防以后有突发情况。
章天雷在倭国收到黄煜命令的时候，双方已经进行了几场试探性的战斗，他们三家都是各自防备都不愿意全力进攻;最开始他们三家计划从东部一次攻破长崎的防御，但是当天为让谁当先锋争论不休，最后只能每家各派出一部最为先锋，在进攻时又相互防备，都不愿意尽全力，不想被明军针对，首次进攻就这样以失败告终了。
战斗结束后，三家再次商议决定每家负责一个方向，松浦家负责北方，岛津家负责南方，德川家负责东方，并且约定谁家先攻破长崎，将来谁就占有与明朝贸易的大头，至此三家开始分散兵力各自进攻一个方向，但是这样没有别人监督，他们经过一次猛攻被击退后，不但没有攻下任何的阵地反到是损失了不少的兵力；这就导致他们更没有心思主动进攻了，就这样长崎战场进入了僵持阶段；
三家的势力不愿意进攻又不愿意撤退，长崎的明军在黄煜的命令下只采取守势，并没有主动出击，现在看来就算是主动进攻应该也能拿下这些倭国军队，但是想要控制住占领的地方，以现在兵力是做不到的，这也是黄煜让章天雷只守不攻的原因。
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