黄煜这次没有亲自前往，而是派人去向驻守四川的主将傅彦东、湖广主将钱江勇各率兵人前往平乱；不是他不想去，实在是在黄煜收到调令之后，又收到了安南海军送来的情报，最近有大量的佛郎机探船出现在大明海域；安南的海军主将郑士永猜测，佛郎机可能最近会有什么大的行动。
黄煜收到消息后，安排好陕西流民起义的平叛事宜后；就紧急赶到了福建向林远清和王祥雨交代让他们注意防守福建和台湾海域，然后又匆匆的赶到广州，抽调了300艘战船余海军士兵，剩余的人员留守在广东，负责周边海域的安全。
又派人去钦州调了3000海军，100艘战船，5000陆军士兵，让他们赶到岘港集合。
黄煜带着广州海军前往了安南岘港海军基地。他这次准备先发制人，以安南和广东海军为主力，对马六甲发动攻击，彻底占领这处进入南亚的咽喉要道，以后再也不用日夜防贼了。
欧洲人想要进入南海没有他的点头，就只能从南边绕行了，会增加很多的航行时间。
用了三天时间的时间，黄煜率先抵达了岘港海军码头，在等待广西海军的时候，黄煜让郑士永向马六甲派出大量的探船，探索消息，准备伏击佛郎机海军，为占领马六甲创造条件。
终于在广西海军抵达岘港后的两天，派出的探船来报，发现了佛郎机舰队一共有40余艘战舰，已经过了昆仑群岛正在向南海驶来。
终于等到了佛郎机舰队的消息，黄煜立即命令安南海军的郑士永为此次战役的指挥官，广东的周杨波、广西的马传山为副指挥，率领700艘战船，海军人，陆军人，兵分两路向南海而去。
到了南海后舰队一分为二，周杨波率领200艘战船伏击佛郎机舰队；郑士永和马传山则率领其余舰队和士兵直接驶向马六甲，准备直接占领马六甲。
一天后，周杨波率先在南海南部和佛郎机舰队展开了激战，因为佛郎机舰队进入了周杨波提前不好的埋伏全额，又有强大的火力优势，在战船的数量上更是有巨大优势，所以海战进行的很顺利，这是经过了3个小时的战斗，整支佛郎机舰队除了有五艘战舰被俘虏外，其余战舰全部被击沉，又俘虏了一些跳海的水手，最后一共得到5艘800余吨的佛郎机战船，俘虏佛郎机水手3000多人。
周杨波派遣船只将佛郎机俘虏全部送回了岘港，等待黄煜的处理决定；他则带着剩余的舰队继续向马六甲进发。
郑士永和马传山率领的舰队，经过三天的航行率先抵达了马来西亚半岛南端，经过探船探查后，郑士永和马保山决定再次进行分兵，这次直接兵分五路，每支队伍100艘船、2000陆军，依次从淡马锡向北每航行半天分出一支船队，就近登陆向南北两端攻击，直到各支队伍完全占领整个半岛。
周杨波的舰队因为歼灭佛郎机舰队，比郑士永和马传山晚了一天，所以他在淡马锡见到了马传山，直到了两人的战斗计划后，他则准备占领马六甲海峡西岸的苏门答腊；之后他告别了马传山，开始按照计划向苏门答腊进军。
整个战场的战斗进展的都非常的顺利，因为这里以前就是大明的属国，而且还有大明的一些移民和大明的商人从中协助，再加上柔佛王国本就不满佛郎机人的统治，之前还联合荷兰人一起进攻过马六甲，意图赶走佛郎机人；现在大明的军队过来消灭了佛郎机人，柔佛国王立即就派大臣前来投降，登陆的部队原本是要攻城的，最后全变成接收了。
整个马六甲行动一共历时两个月，当黄煜在岘港收到消息时，已经完成了整个马来西亚半岛和苏门答腊的占领；剩下的就只是建设问题了。
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