三方达成协议后各自返回；
王祥雨返回奄美向黄煜报告这次谈判过程和结果。
松浦隆信在返回后追上了岛津忠恒，两人又密谈了一次；他们还是不太相信黄煜付出这么大的代价，就只是为了在倭国做生意还有那两成石见银山的份子，但是他们也确实对幕府不满很久了；所以两家决定到时候利用黄煜，让黄煜的福建兵马做先锋和幕府斗的两败俱伤，他们就坐收渔利。
他们两人这点倒是目标一直，他们不知道的是，黄煜从开始就没打算信任他们，只要让他顺利登陆，那么想让他撤退可就不那么容易了。
王祥雨回到奄美见了黄煜，将谈判的经过和结果都向黄煜做的详细的说明，黄煜做到心中有数，让他下去做最后的准备，战争就快要打响了。
时间来到了半个月后，这天岛津和松浦家的信使一同来到了奄美，告诉黄煜他们已经准备好了，希望黄煜能按约定先出兵占领长崎，等德川家收到消息就会派兵前来围剿黄煜的兵马，他们两家应该也会被德川家征召，这样他们就可以混在德川家的兵马里，到时突然起义三方共同进攻德川家兵，这样一定能以最小的代价取得更大的战果，更能消灭德川家在西部的兵马势力，为他们向东部进攻提供便利。
黄煜没有考虑这么多，也不担心他们反叛，自己现在两万陆军，一万多海军，以自己的火力配置，就算他们真的反叛也得不到丝毫好处，大不了占了长崎在慢慢图谋别的地方。
黄煜开始做了最后的动员，计划两天后出兵长崎，除了颜思齐他们他们召集的人马外，黄煜在奄美岛还留下了两千人和50艘战船，其余人马全部进攻长崎。
两天后黄煜看着部队开始登船，真是心情澎湃啊，对于一个从小接受过爱国主义教育的青年来说，出兵倭国那是多么崇高的理想；船队向着北方长崎拔锚起航。
因为长崎是倭国两个开放对外贸易的港口，所以平时就有不少船只往来，当侦查船只带回了长崎没有什么防备的时候，黄煜直接命令林远清接管军队作为总指挥，章天雷、王祥雨、冯宝之为副指挥，共同指挥对长崎的作战。
林远清第一时间和章天雷、王祥雨、冯宝之商量制定作战计划，随后命令部队开始进攻。
海军全速前进抢占有利位置，率先对颜思齐等人提供的岸防炮台位置进行了炮击，当第一轮火炮响起时长崎的守军才知道长崎被攻击了，接着就是混乱的正军，他们都不知道是谁在进攻长崎，因为这么多年长崎都没有经过来自海上的进攻。
德川家驻守长崎的将军是德川义直，他是德川家康的九男，上任幕府将军德川秀忠的异母兄弟；本来在长崎也是轮值守备一段时间，过段时间他就要回自己的封地了，没想到一直无事的长崎居然被被攻击了，这是谁居然敢挑战德川家的威严。
德川义直匆匆的召集军队，并联系其他藩主准备共同抵抗这次入侵。
黄煜海军的主力就在福建和台湾两军，装备了大量的四级战舰，火力有非常凶猛，就在德川义直召集军队时，海军已经完成了对岸防炮台的攻击，已经完全摧毁了长崎的岸防系统，为陆军登陆扫清了障碍，很快战舰上开始向岸边靠近，放下小船准备进行登陆作战。
战舰以火炮为掩护协助登陆部队，很快首批部队已经完成登陆并快速建立防守线，接着大批的部队开始登陆，并开始向港口行进，准备占领港口，这样战舰就能靠岸，大部队才能更快的上岸，以应对四面出现的倭国防守军队。
一切进展都非常顺利，陆军的很快就占领了港口并在外围建立了防守线，港口周边的葡萄牙人和荷兰人还有别的客商都躲在屋子了不敢露头；陆军向海上的舰队发去了消息，舰队开始有几艘战舰护送运兵船向码头驶来。
随着码头的占领，大量的士兵从船上岸，陆军开始组织反攻长崎的倭国守军，黄煜的军队一直执行的都是黄煜当初制定的方针，对待外族从来不手软，只要是敢反抗的无论男女老幼一律射杀；
战争持续了一上午，除了少量的守军逃跑外，其余六成士兵被俘虏，三成被击毙，陆军在长崎主要的道路都建立了防守线，并四处派遣了哨探。
林远清看已经控制了长崎就把黄煜请上了岸，黄煜看着四处低矮的木质建筑，还真是倭里倭气的，简单的看了看就没了兴趣，安排注意防备倭国势力的反扑，安顿好士兵和后勤物资，重新修复炮台，海军留下一部负责长崎的海上安全，其余海军把俘虏运回台湾和福建充当矿工和建筑工，并再次运送弹药等后勤物资。
黄煜准备安排好倭国的攻势后就返回台湾了，倭国的战争是一个耗时很长的计划，从他占领了长崎后就没有打算还给倭国。他要在长崎修建永久攻势，让长崎作为他在倭国西部的重要据点，以此为跳板逐步蚕食倭国，等过段时间自己实力再强一些就能彻底的征服倭国；
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