随后就见从船队中分出了四艘战船，分散式的试探着向岛边靠近；
岛上守军的负责人是原蒋世有手下的一个小队长孙大山。此时孙大山正看着靠近的船队，他收到的命令就是守卫澎湖岛，必要时可以把人放到岛上打；但是最好还是用炮台把他们逼退。等四艘船靠近澎湖1000米时，孙大山才下令开炮，其实炮台里装备的火炮都是大口径的火炮，最小的都是24磅火炮，使用经过黄煜改进后的火药，射程可以达到3000米；让船靠近了再打只是为了打得准一点。
随着几个炮台不断地开炮，并调整设计的角度，很快就有一艘船被火炮集中，但是因为用的不是开花弹，又没有集中要害位置，所以并没有造成太大的伤害。
荷兰的船只还在靠近中，中弹的次数开始增加，接着有一艘船被击透船舷，应该是击中了火药库，引发了爆炸，船体开始进水，船员纷纷跳进海里。
另外的几艘船也中了好几枚炮弹，不同程度的出现损伤；最后莱尔森看着岛上炮台比较坚固，登陆困难，下令撤退；剩下的三艘战船加速撤离，回归船队。
莱尔森又换了几个方向，试图登陆都被炮台击退，登陆没有成功还损失了两艘船；使得莱尔森非常气愤，原本计划是抢夺葡萄牙人占领的澳门，没想到抢夺失败，牺牲了一百多人；这才选在占领澎湖的计划，现在看来又失败了，就算自己不惜一切代价拿下澎湖，损失也不是自己能够接受的；舰队缓缓离开澎湖，到了外海后，莱尔森召集各个船长商议对策，现在强攻澎湖不太现实，需要重新制定一个计划。
等另外几艘船的船长都上莱尔森的旗舰，开始商议下一步的计划，有两个船长希望全力进攻登陆澎湖，强攻下来，要给遇难的士兵报仇；更多的船长则是希望向葡萄牙人一样，靠近明朝廷的大陆抢占一处地方，现在看大明的厦门是比较合适的，随后所有人达成一致，进攻大明沿海，已逼迫大明朝廷给自己提供移除落脚的地方。
经过短暂的调整后，荷兰舰队开始向大明的厦门进发；
黄煜舰队派出的哨船因为怕被发现没有没敢靠的太近，但是又黄煜从现代带回的高倍望远镜，一直观察着荷兰舰队的动向，当发现他们舰队撤离时立即报告了腾锐；腾锐安排哨船继续跟踪观察，同时开始调派舰队分批次远远地跟踪上去；
就这样跟了5个小时候，天黑了，荷兰舰队选择原地休息；黄煜的舰队也跟在后面休息，派出哨船随时监视。
一夜过去，天刚刚蒙蒙亮，荷兰舰队开始再次向厦门方向前进，过了2个多小时，时间来到7点钟，荷兰建队已经靠近了厦门外的金门，并突然发动进攻，随后总兵徐一鸣帅兵交战；双方才取的都是试探性攻击，见明军抵抗顽强，莱尔森暂时撤退；派人前往谈判，要求租借一处港口或澎湖岛给荷兰舰队驻扎，不然荷兰舰队会再次来攻；其请求被徐一鸣拒绝。
第二天，荷兰舰队再次开始进攻厦门，遭到徐一鸣的猛烈袭击；腾锐见双方交战激烈，当即下令全队进攻，黄煜的40多艘大小战舰，加速从荷兰舰队侧后方发起攻击。很快荷兰舰队面对两面夹击，战舰纷纷被击中；最后莱尔森带领2艘战舰逃脱。
至此第一次明荷海战以大明胜利告终。
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